ראובן דגן המיתולוגי, הלא הוא אסי דיין, חוזר לתת מודע ולנבכי מוחנו עם סדרת המופת, עטורת השבחים והפרסים, "בטיפול". העונה מתחילה כשנה אחרי שראובן עזב את הבית, נפרד מאשתו ומילדיו, וויתר על אהבתו לנעמה, המטופלת שהתאהבה בו. הוא עבר לדירה חדשה, שבה גם הקים מחדש את הקליניקה שלו, ושם הוא חי עתה לבדו.
בעונה הקודמת נהרג ידין הטייס בתאונת מטוס, לאחר שעזב את הטיפול אצל ראובן. הפרק הראשון בעונה נפתח בדפיקה בדלת. מנחם ירושלמי, אביו של ידין (אותו משחק ישראל (פולי) פוליאקוב ז"ל), מגיש תביעה משפטית בגין רשלנות מקצועית נגד ראובן, שמבחינתו אשם במות בנו. העונה השניה כולה תתרחש בצילה של התביעה המשפטית.
גם בעונה החדשה ימשיך ראובן לפקוד את גילה, המטפלת שלו, בימי חמישי. בשאר ימות השבוע יגיעו אל ראובן מטופלים חדשים:
יום ראשון - טליה (אסי לוי), עורכת דין מצליחה, רווקה בת 40, היא מטופלת של ראובן מלפני 15 שנה שחוזרת לטיפול אצלו לאחר שהוא פונה אליה בבקשה שתייצג אותו בתביעה שהוגשה נגדו. זו ההזדמנות שלה לסגור עם ראובן חשבון על חלקו במה שהיא רואה ככישלון חייה, ולהתמודד עם מה שהוא בו בזמן הפחד הכי גדול שלה ותשוקתה הגדולה - להפוך לאם. (תסריט: יעל הדיה)
יום שני - איתי, ילד בן 10 (ניב זילברברג), סובל מבעיות השמנה, ומגיע לטיפול אצל ראובן לאחר ששרד בקושי רב את גירושיהם הסוערים של הוריו, אורנה ומיכאל (רמי הויברגר ועלמה זק) אותם פגשנו בטיפול הזוגי בעונה הראשונה. איתי מגיע לטיפול כשהוא מלווה באביו ואמו, והמשפחה המפורקת והפצועה מנסה למצוא יחד את דרכה. (תסריט: דפנה לוין)
יום שלישי - אפי ברעם (מוני מושונוב), מנכ"ל בכיר וכל יכול בן 63, מגיע לראובן עקב התקפי חרדה שפוקדים אותו. בהדרגה מסתבר שמפעל הכימיקלים הענק שבו הוא עומד מואשם בזיהום סביבתי חמור - ושמעמדו של אפי עצמו בסכנה. בו בזמן, הוא אחוז דאגות עמוקות לבת הזקונים השברירית שלו השוהה בהודו, ומנסה להתמודד עם האיום של הזקנה המתקרבת. (תסריטאים: שירי ארצי ועוזי וייל)
יום רביעי - איריס (טלי שרון), סטודנטית בת 26, מתבשרת שהיא חולה בסרטן. ראובן הוא היחיד שיודע על-כך - היא שומרת בסוד את מחלתה מפני אמה, משפחתה וחבריה - ומסרבת לקבל טיפול רפואי כלשהוא. ראובן מוצא עצמו במירוץ נגד הזמן ובדילמה אתית: האם להודיע למשפחתה? כיצד להביא אותה במהירות דרך הטיפול להכרה שהיא חייבת טיפולים רפואיים (תסריט: קרן מרגלית).
יום חמישי - גילה (גילה אלמגור), מובילה הפעם את ראובן אל עבר ימי ילדותו הטראומטיים - אביו שעזב את הבית, ואימו שהתמוטטה נפשית; תחילת המסע שלו אל עבר החלטתו להפוך לפסיכולוג, החלטה שעומדת עתה תחת איום בעקבות מות מטופל ותביעה משפטית. מחוץ לקליניקה של גילה פוגש ראובן מדי שבוע את תמי מסר (מיכל בת אדם), אהובת נעוריו. המפגש המפתיע מתפתח להתאהבות מיוסרת. (תסריט: אסף ציפור)
ב-28.1.08 תעלה הסדרה "בטיפול" ברשת HBO האמריקנית הנחשבת תחת השם "In Treatment" ובמשך השנה הקרובה גם בערוץ Xtra HOT בישראל. הסדרה האמריקנית הופקה בשיתוף חגי לוי, רודריגו גרסייה (שגם ביים) סטיבן לבינסון ("הפמליה"), מארק וולברג ונועה תשבי, ולוקחים בה חלק שחקנים אמריקנים נודעים: גבריאל ביירן ("החשוד המיידי", "צומת מילר"), דייאן וויסט (זוכת האוסקרים על "חנה ואחיותיה" ו"קליעים מעל ברודויי"), ג'וש צ'ארלס ("ללכת שבי אחריו"), אמבת' דיוויץ ("רשימת שינדלר", "יומנה של ברידג'ט ג'ונס"), מליסה ג'ורג ("מלהולנד דרייב", "זהות בדויה"), ובלייר אנדרווד ("פרקליטי אל.איי", "סקס והעיר הגדולה").
בטיפול, א-ה ב-22:00 ב-HOT 3.