בלשכת ראש הממשלה מכחישים כי הוחלט להקפיא את הבנייה בירושלים. גורמים בלשכה אמרו כי לא התקבלה שום החלטה כזו, וכך גם הובהר לנשיא בוש במהלך ביקורו בישראל.
בדיון בוועדה של הכנסת התברר היום, כי הוקפאה הבנייה בכל השכונות היהודיות בירושלים, שמעבר לקו הירוק, ובהן גילֹה, הר-חומה, פסגת זאב ורמות. נציגוֹת משרד השיכון ומשרד הביטחון הבהירו בדיון כי כל בנייה בשכונות ממזרח ומצפון לירושלים מחייבת כעת הֶיתֵר של משרד הביטחון ושל משרד ראש הממשלה. בעקבות הפרסום, הודיעה עיריית ירושלים כי תמשיך להאיץ את הבנייה בכל שכונות העיר.
ועדת המשנה לענייני התיישבות של ועדת חוץ וביטחון התכנסה (ב', 21.01.08) לדיון על הפסקת הבנייה ביהודה ושומרון לבקשתם של חברי הכנסת זאב אלקין (קדימה) ורובי ריבלין (ליכוד).
משתתפים בדיון טענו כי בוועדה נמסר שכוונת ועדת השרים לענייני התיישבות להקפיא כל בנייה מעבר לקו הירוק, כולל בשכונות בירושלים, וכן להפקיע משר הביטחון את סמכות אישורי הבנייה. למעשה הבניה נעצרה לחלוטין גם בשטחים ריבוניים של מדינת ישראל שמצויים מחוץ לקו הירוק, למשל בהר חומה.
ראשי הרשויות ביהודה ושומרון אשר השתתפו בדיון התריעו כי לא יוכלו לשרת את התושבים מבחינת הקמה ותחזוק של מבני ציבור, בתי ספר, מעונות ומבני דת, ואישורי בנייה אפילו ביחס להליכים פשוטים, כמו סגירת מרפסת או תוספת חדר - דבר הפוגע ביכולתם לתת מענה לגידול הטבעי בערים וביישובים.
לטענת חברי כנסת אשר השתתפו בדיון, הודיעו פקידים ממשלתיים שכל בקשה לאישור בנייה מועברת ישירות ללשכת ראש הממשלה. חברי הכנסת טענו כי המשמעות היא "שאולמרט נטל לעצמו את הסמכויות לאישור הבנייה מעבר לקו הירוק, וכך בעצם נבלמה כל בנייה. אין מדובר בהצהרת כוונות של ועדת השרים לענייני התיישבות, אלא מציאות דה-פקטו, וזאת ללא החלטת ממשלה או דיון בכנסת, ובניגוד להחלטות ממשלה קודמות".
"מדובר בדבר מסוכן ביותר שמכרסם בהישגים מדיניים של מדינת ישראל לגבי מעמד של גושי התיישבות שהושגו עם הממשלה האמריקני", אמר ח"כ אלקין. "אם אנחנו לא נותנים מעמד לגושי התיישבות אין שום סיבה לצפות שהאמריקנים יתנו. לגבי ירושלים, מדובר בפגיעה בריבונות הישראלית. הכנסת צריכה לעשות הכל להניע את ראש הממשלה והממשלה להחזיר את ההסדרים הקודמים ולבטל את הקיימים שחונקים את כל מרקם החיים המינימאלי".
לדברי ריבלין, "האמת התבררה במלוא חומרתה. אין בנייה מחוץ לקו הירוק אפילו בשטח ריבוני של מדינת ישראל, כולל בשכונותיה של ירושלים. ראש הממשלה נטל לעצמו סמכויות בלי החלטת ממשלה, בלי דיון בכנסת וגם בניגוד למסמך בוש מאפריל 2004 שמכיר בזכותה של ישראל להרחיב את גושי ההתיישבות לפי קצב הגידול הטבעי. יש קונצנזוס בקרב כל המפלגות הציוניות, למעט מרצ, שאזורים אלו יישארו בכל הסדר תחת ריבונות ישראלית, וראש הממשלה מתעלם מכך".