יתרה מכך, בחירתו של היועץ במסלול הבירור המנהלי באמצעות ועדת מינוי דיינים הביאה לתוצאה עליה הוגשה העתירה, וכי בירור הנושא באמצעות הכלי הפלילי או המשמעתי, קרי: שימוש "בכלי חקירה נגדית, העדה באזהרה ושמיעת עדויות מכלי ראשון, תוך התנהלות בפני טריבונל בעל מומחיות בקביעתן של עובדות", היה משנה את התמונה.

כוחה של הוועדה "אינו ביישובה של מחלוקת עובדתית או בהכרעה בין גרסאות סותרות. עיקר מיומנותה אינו שימוש בכלי הבירור השיפוטיים שהוזכרו... אף אין היא מורגלת בקביעתם של ממצאי מהימנות. ההליך שבפניה, אפילו שותפים לו באי-כוחם של שני הצדדים, אינו הליך אדברסרי במהותו. אין היא מורגלת בהערכת קבילותן או משקלן של ראיות. דבר זה אף משתקף במובהק בדברים שאמרו משתתפים בישיבות הוועדה, כעולה מן הפרוטוקולים שהוצגו לבית המשפט".

השופט הדגיש כי אם היה הרב מצגר מובא בפני ערכאה שיפוטית "הייתה המסקנה המצטיירת שונה. אפשר שהתמונה הייתה קרובה יותר לזו שתיאר היועץ המשפטי בחוות דעתו", ו"לא היה מקום לצפות מהוועדה לשים עצמה בנעליה של ערכאת שיפוט ממש".

השופט לוי ציין עוד כי חלק מהקושי של אומ"ץ "להשית בסיס להתערבות" נבע מ"אמות המידה הראויות בעיני הוועדה לדיין". הוועדה לדבריו לא ראתה "פגם חמור" במעשיו של הרב מצגר. "חבריה ניתחו את התנהלותו וקבעו כי להשקפתם היא בגדר הנורמה...בין משום שאין המדובר אלא בכשלים טכניים, בין משום שבפרט בימינו אלה - הרושם החיצוני הוא חלק בלתי נפרד מעשייתם של שליחי הציבור".

ועדת המינויים החליטה לדבריו "כי מעשיו של הרב מצגר אינם פוסלים אותו מלשבת בדין, על-פי המסגרת הנורמטיבית שהוועדה אמונה על קביעתה. הוועדה סברה כי דבר אינו מונע ממצגר לשפוט אחרים, ללמדם מוסר ונורמות התנהגות ראויות, ולצפות כי הכרעותיו יזכו לאמונם של המתדיינים ולאמון הציבור בכלל. זהו המנדט שניתן לה וזוהי תוצאת ההחלטה להפקיד בידיה את כוח ההכרעה".

בהחלטה כתב השופט אדמונד לוי כי "היבטים מרכזיים בגרסה שהציג הרב הראשי לישראל אינם יכולים לעמוד אל מול חומר הראיות המוצק שפרשׂ היועץ המשפטי לממשלה בחוות-דעתו. יתרה מכך, חלק מן ההסברים שנמסרו מפיו של הרב ובשמו נראים בעיני, על-פניהם, תמוהים ואף מופרכים". הוא הוסיף כי הרב מצגר היה "מתקשה לצלוח את מבחנה של חקירה נגדית".

עוד כתב לוי כי "אינו מוצא ממש בטענה, ש"היעדר ראיות ברמה מספקת להגשתו של כתב אישום, די בו כדי לשמוט את הבסיס מתחת לממצאי העובדה המפורטים בחוות-דעתו של היועץ המשפטי לממשלה. ממילא, וזה העיקר, אין בכוחה של טענה זו להשיב על שטעון הסבר, היינו, על התנהגות שאף אם אינה עולה כדי עשייה פלילית, היא קלוקלת ופסולה מן הבחינה הציבורית".

עוד כתב השופט כי אינו שותף לעמדת היועץ המשפטי לפיה "בעייתי הוא להעמיד אדם לדין משמעתי מקום בו עומד הוא בראש המערכת שבה נהוגים כללי המשמעת הנדונים".

בסוף החלטתו התייחס השופט לוי גם להתנהלות הרב מצגר בפרשה, וכתב כי בעודו נדרש לעובדות "המצערות של הפרשה" עלו בעיני רוחו "דמויותיהם של פרנסי ציבור שלימים עברו ובהם, דרך משל, שר החינוך לשעבר, זלמן ארן, שהיה ידוע בצניעותו המופלגת וביושר התנהלותו. סופר עליו, כי לאחד מעסקני הציבור, שהתגאה בכך שהעמדתו לדין הסתיימה בזיכוי, השיב בזו הלשון: 'אני מתקנא בך. בכל שלושים שנותי בארץ הזו לא זוכיתי ולו פעם אחת'".

השופט כתב כי "אך מקרה הוא שעדות לדרך התנהלותו של אותו שר הובאה ימים ספורים לאחר הדיון בעתירה זו, בכתבה שמתוכה צדה את עיני פסקה יחידה בה תואר לאמור: 'אם נדרש גם ללון בת"א, הוא מעולם לא לן בבית מלון. לאחר שובו לממשלה, כבר הפך מלון 'דן' לאכסניה של האח"מים. אבל ארן היה מאוהב בקיטון הדל ובמיטת הסוכנות העלובה שלא עלו פרוטה לאיש, שעמדו לרשותו מימי קדם בבית פעילי ההסתדרות הסמוך לבית הוועד הפועל. בימינו, גם פשוטי-עם היו בורחים משם, אפילו אם היו משלמים להם'. ... דומה כי כך נוהג שליח הציבור, שגדולתו אינה בתואר המשרה או בהידור הנלווה לה, כאז כן היום, כי אם באישיותו ובאופן בו בוחר הוא לנהל את אורחותיו".

בעקבות פסק הדין של בג"צ, קוראת תנועת אומ"ץ לרב הראשי יונה מצגר להתפטר לאלתר. יו"ר התנועה, אריה אבנרי אף התרה ברב מצגר כי "אם לא יסיק מסקנות אישיות ממה שנאמר עליו ע"י בג"צ, תמשיך אומ"ץ לפעול, במישור המשפטי, להעמדתו לדין משמעתי, עד להרחקתו משורות מערכת השפיטה".