הביקורת שמותח מבקר המדינה ביחס להתנהלות ראשי הממשלה בנימין נתניהו, אהוד ברק, אריאל שרון ואהוד אולמרט נוגעת לאי העמידה בצורך לתעד ולעגן במסמכים את כל המגעים והסיכומים עם בכירי הממשל האמריקני בנוגע לפולארד. כמו-כן, היעדרם של דיונים בדרג שרים על אפשרויות הסיוע לפולארד וכן היעדר בחינת אפשרויות למצות הליכים משפטיים אפשריים כדי לחלצו מהכלא האמריקני בו הוא כלוא 24 שנים.

לינדנשטראוס ציין כי "נושא שחרור פולארד מהכלא האמריקני עמד לנגד עיני ראשי הממשלה בישראל ופעולותיהם היו רציפות ועקביות, כל אחד בתקופת כהונתו ועל-פי מדיניות שקבע. הנושא עלה במסגרת פגישותיהם ובשיחותיהם עם נשיאי ארה"ב". עם זאת, בבדיקה "לא נמצא, לצערנו, ששיחות אלו תועדו. בבדיקה עלה כי ראשי הממשלה דנו בכך בפורומים מצומצמים. לא נמצא בכתובים כי ראשי הממשלה קיימו דיונים שבחנו דרכים לשחרור פולארד בפורום שרים".

הוא מוסיף כי "אי תיעוד הפגישות בעניין זה הוא ליקוי בעל משמעות וראוי היה כי הפגישות בין ראשי הממשלה לנשיאי ארה"ב בעניין פולארד יתועדו - כך בעבר, קל וחומר - בעתיד, ושיוכן סיכום לקחי הפעולות בנושא זה. במסמכים אלה יוטמעו תובנות מצטברות מפעולות שבוצעו למען שחרור פולארד שיהוו בסיס משותף להבנה ומתווה לפעולות בעתיד. מתווה כזה ישמש את ראשי הממשלה ועוזריהם המתחלפים כזכרון ארגוני חיוני וכתשתית שלמה ואחודה לבחינה מתמשכת של כיווני פעולה".

עוד קובע המבקר כי הסוגייה המשפטית, קרי בחינת דרכים נוספות לסייע לפולארד "לא נדונה בפני פורום שרים כלשהו", וכי "ראוי לבחון להציג את הנושא בפני ועדת שרים מצומצמת לענייני ביטחון (בעיקר, שר החוץ, שר הביטחון ושר המשפטים)". זאת כדי לבחון "תיאום הפעולות ויצירת שפה משותפת בעניין הטיפול בדרכים לשחרורו מהכלא האמריקני".

בסיכום הדוח קובע המבקר כי "ראוי שממשלת ישראל תבחן סוגיות אלו לעומק, תגבש את דרכי הפעולה ההולמות מכך... ראש הממשלה בנימין נתניהו, וממשלתו חייבים לעשות כל צעד אפשרי, כדי להביא לשחרורו של האזרח והסוכן הישראלי, יהונתן פולארד הכלוא מאז 21.11.85 היינו - כמעט 24 שנים. מדינת ישראל חבה לפולארד חוב זה של קיום מצוות פדיון אסירים ומוטב שעה אחת קודם, נוכח בריאותו הרופפת של פולארד".

יהונתן פולארד הורשע בריגול למען ישראל בעת ששימש כמנתח חומרי גלם מודיעיניים במרכז ההתרעה האנטי טרוריסטי בשירות המודיעין של הצי האמריקני. פולארד טען כי במהלך עבודתו נחשף למידע מסווג הנוגע בין היתר לנשק להשמדה המונית בידי מדינות ערב. כשראה שארה"ב אינה עומדת בהסכם עם ישראל להעביר את המידע החיוני, החליט להעבירו בעצמו. הוא יצר קשר עם הלשכה לקשרי מדע (לק"מ) בראשות השר לשעבר לענייני גימלאים, רפי איתן, והעביר מידע במשך כשנה וחצי עד שנחשף. ביום המעצר, בנובמבר 1985 נמלטו פולארד ורעייתו אן לשגרירות ישראל בוושינגטון כדי לקבל מקלט, אך שערי השגרירות נותרו נעולים ובני הזוג פולארד נעצרו בידי ה-FBI. פולארד הורשע בריגול ונדון למאסר עולם ללא קצובת זמן.

בישראל גרמה חשיפת הפרשה למבוכה. בין היתר בשל העובדה כי פעילותו נעשתה במסגרת הלק"מ, גוף שהיה אז שנוי במחלוקת, וכן בשל העובדה כי העסקתו נגדה הנחיות האוסרות העסקת יהודים "מקומיים" לצרכי ריגול, כחלק מהפקת לקחי "עסק הביש" - פרשת ריגול של יהודים אזרחים מצריים במצרים.

על כך יש להוסיף את "משבר האמון" שיצרה הפרשה בין ארה"ב לישראל בגין מה שכונה ריגול נגד "מדינה ידידותית". הרשויות בארץ ניסו במשך השנים להצניע את הפרשה וגם להתנער מהקשרים עם פולארד. הוא קיבל אזרחות ישראלית רק בשנת 1995 ואת ההכרה בהיותו סוכן ישראלי קיבל פולארד בשנת 1998 בתקופת הקדנציה הקודמת של ראש הממשלה בנימין נתניהו.

פולארד ניהל במשך שנים מאבקים ציבוריים וגם משפטיים כולל דרך בית המשפט העליון בטענה כי מהליכי משפטו עלה "ריח" של עסקה מפוקפקת לכאורה עם האמריקנים. בעתירה שהגיש בשנת 2005 באמצעות באת-כוחו, עו"ד ניצנה דרשן-לייטנר, טען פולארד כי הורשע באמצעות הפרה לכאורה של הסכם סודי בין מי שהיה אז ראש ממשלת ישראל וכיום נשיא המדינה שמעון פרס, למזכיר המדינה האמריקני דאז ג'ורג' שולץ. מדובר בהסכם משנת 1985 במסגרתו התחייבה ישראל להחזיר לארה"ב את כל המסמכים המסווגים שהעביר אליה פולארד. בתמורה ארה"ב התחייבה שלא להשתמש בהם בתביעה נגד פולארד.

לטענת פולארד, ארה"ב הפרה את ההסכם ועשתה שימוש במסמכים החוזרים. פולארד, שהיה נתון באותה תקופה בבידוד מוחלט, לא ידע על קיומו של ההסכם המונע שימוש במסמכים. החוקרים האמריקנים הביאו אותו להודאה ולהרשעה באמצעות שימוש בארגז המסמכים שהוחזר מישראל. פולארד טען עוד כי ישראל מעולם לא הביעה מחאה על הפרת ההסכם וגם לא מסרה לו על קיומו, מידע שיכול היה לסייע לו במאבקו המשפטי.

עתירה דומה הגיש פולארד שנתיים לאחר מכן, על-רקע מועמדות שמעון פרס לנשיאות. בעתירה טען פולארד כי בדוח ועדת חקירה בראשות אבא אבן, ועדה שמונתה לבחון את הפרשה זמן קצר לאחר שהתפוצצה, התייחס פרס להחזרת המסמכים המפלילים וטען כי האמריקנים הפרו את ההסכם בינו לבינם לפיו המסמכים לא ישמשו להפללתו של פולארד. המידע על קיומו של דוח ועדה זו הובא לידי פולארד על-ידי שר התיירות שנרצח השר רחבעם (גנדי) זאבי.

כאמור, באותה עתירה שנייה טען פרקליטו האמריקני של פולארד, עו"ד לארי דאב, כי מסמכים אלו היו קריטיים להרשעת פולארד, שכן בידי הרשויות האמריקניות לא היו די ראיות ואלו התגבשו רק באמצעות המסמכים הללו. הוא טען עוד כי מסמכים אלו הופיעו גם במסגרת הטיעונים לעונש וגרמו לכך שעל פולארד נגזר עונש חריג בחומרתו - מאסר עולם ללא קצובת זמן.

עוד טען דאב, כי המדינה ערכה בירור שכלל שיחות עם "גורמים שהיו מעורבים בנושא", וכי בתשובתה נטען כי "בכל השיחות הללו לא נמצאה אמירה חותכת לפיה אכן היה סיכום כזה ואף לא מסמך המעיד על התחייבות כזאת". בג"צ דחה אז דרישת באת-כוחו של פולארד לזמן לעדות את פרס עצמו בפרשה. העתירות של פולארד נדחו על-ידי בג"צ בשל "עניינן המדיני" כטענת המדינה.

חבר ועדת ביקורת ח"כ פינס אומר בתגובה לפרסום הדוח כי על הממשלה לפעול ללא היסוס למען משפט חוזר לפולארד. פינס מוסיף כי "מקומם שאף ממשלה ב-24 השנים האחרונות לא ניסתה לתקוף את ההליך המשפטי למרות שפולארד טען מן היום הראשון כי לא נעשה לו משפט צדק". פינס מתח ביקורת על החלטת ועדת המשנה של הוועדה לביקורת המדינה להטיל חיסיון על רוב הדוח, "תת הוועדה פסלה לפרסום את רוב רובו של הדוח מטעמים מעורפלים של בטחון המדינה. אין ספק שפרסום דוח כ"כ מצומק פוגע באופן בלתי מידתי בזכות הציבור לדעת, ומסתיר את העיקר".

יו"ר מנהיגות יהודית בליכוד משה פייגלין אומר כי יש לברך את החלטת המבקר לטפל בנושא פולארד, "אולם למי שמוכן להביט באמת העירומה אין כל צורך בכך.מדינת ישראל בגדה בסוכן שלה בכך שמעולם לא הגישה בקשה רשמית לשחרורו של יהונתן. המסר הישראלי לאמריקנים הוא חד וברור. 'אנו מעוניינים במותו של פולארד אצלכם'". פייגלין מוסיף כי מאז "הבגידה", כלשונו, בפולארד לפני 24 שנים "שום חייל ישראלי לא שב בחיים מן השבי
אמות המידה שנקבעו בעניינו דרדרו את המדינה אל השפל בו אין היא מסוגלת יותר להגן על בניה המוסרים עבורה את נפשם".