בעקבות ההתחייבות של רשות המיסים לפרסם את כל ההחלטות של ועדות הכופר בבקשות של נישומים להטיל עליהם כופר כחלופה להליך הפלילי, פורסמו ההחלטות בפעם הראשונה בישראל ביום 17.04.07 בנוגע לשנת המס 2006.
בשל חובת הסודיות, ההחלטות פורסמו ללא שמות הנישומים ובדרך שלא ניתן לזהותם. עם זאת פורסמו נתונים רלוונטיים ביחס לכל אחת מההחלטות, כגון, סכומי המס שהועלמו, סכומי הכופר אשר הושתו ושיקולי ההחלטה.
מההחלטות עולה, כי החשש המוקדם של רשות המיסים מפני גל של פניות לבג"צ על-ידי אלה אשר בקשותיהם נדחו, היה מוצדק, שכן לדעתם צפויות פניות מוצדקות לבג"צ בנושא זה בטענה להפליה, לחוסר סבירות ומידתיות, לחוסר הגינות ולהפרת כללי המשפט המנהלי על-ידי רשות המיסים.
כך לדוגמא, ועדת הכופר קיבלה בקשה מסוימת לכופר בגין השמטת רווח הון בסכום של 5 מיליון ש"ח, בתמורה לכופר בסכום של מיליון ש"ח, ובקשה אחרת בגין השמטה של למעלה מ-3 מיליון ש"ח בתמורה לכופר של 170,000 ש"ח.
מנגד, ועדת הכופר דחתה בקשות רבות בגין סכומי העלמה נמוכים בהרבה, כשהנימוק לדחייה הוא "לאור סכום המס המועלם", ומדובר בלמעלה מ-20 בקשות כאלה, אשר סכום ההעלמה בהן נמוך מ-5 מיליון ש"ח. בבקשות רבות שנדחו סכום ההעלמה נמוך ממיליון ש"ח.
במילים אחרות, ההחלטות של ועדת הכופר מעלות תמיהות רבות. כיצד יתכן לאשר לנישום אלמוני שהעלים 5 מיליון ש"ח הסדר כופר, כשמנגד דוחים בקשות רבות אחרות, שהסכום המועלם בהן נמוך בהרבה, בנימוק היחידי שהסכום המועלם גבוה ואיננו מאפשר הגעה להסדר כופר.
עוד יצוין, כי כמעט כל הסדרי הכופר נתמכו בהמלצת היחידה החוקרת, וניתן לומר שבלעדי המלצתה הסיכוי לקבלת הסדר כופר שואף לאפס.
לאור החלטות ועדת הכופר, אשר ספק אם תעמודנה במבחן הבג"צ, יש לשקול האם לקדם את הצעת החוק של חבר הכנסת אופיר פינס, שהציע לבטל את מוסד הכופר בפקודת מס הכנסה בטענה ש"שיטת הכופר היא שורש הרע" וכי "צריך לעקור אותה" הואיל והיא "מאפשרת מקח וממכר והלבנה של עבירות".
