דוח מבקר המדינה חושף אי סדרים בניהול עסקות בין צים, חברת השיט הישראלית לבין קבוצת האחים עופר. על-פי הדוח, בין הצדדים קיים הסכם שיתוף פעולה החל מסוף שנות ה-60', ואשר חודש לאחרונה ב-1997.
באפריל 1999 רכשה קבוצת האחים עופר את השליטה בחברה לישראל (המחזיקה ב-48.9% ממניות צים), ומאז גדל היקף העסקות בין צים לבין חברות הקשורות בקבוצה.
המבקר קובל על כך, כי פעמים אחדות לא הקפידה צים שהליכי האישור של עסקות בינה לבין קבוצת עופר יעמדו בדרישות חוק החברות לעניין עסקות שלנושא משרה בחברה יש בהן עניין אישי.
בהסכם שיתוף הפעולה נקבע כי לצדדים יהיו אוניות בבעלות משותפת, בחלקים שווים. קבוצת עופר תפעיל אותן וצים תחכור אותן לשם הובלת מטענים. קבוצת עופר התחייבה שלא להתחרות בצים בהובלת מטענים בקווים לישראל וממנה.
בחודש מרס 1998, חתמו הצדדים על חוזים שקבעו כי צים תשלם לקבוצת עופר דמי תפעול הכוללים את רכיב עלות שכר צוות הימאים של 3 אוניות. למרות שינויים בתקנות הספנות, שהובילו להפחתת מספר אנשי הצוות, לא הגיעו הצדדים להסכם על הפחתת התשלומים.
ביקורת נוספת הוטחה במיזם המשותף של צים והאחים עופר ב-1999. המיזם עוסק בהחכרת אוניות לצים, ורוב הכנסותיו מעמלות שהמחכיר משלם. קבוצת עופר אינה משלמת, זה שנים רבות, עמלות בגין אוניות שצים חוכרת ממנה. הסדר זה לא עוגן בכתב, וצים לא דיווחה עליו לדירקטוריון, ולא הביאה אותו לאישורו גם לאחר שקבוצת עופר הפכה לבעלת עניין בחברה לישראל.