לאחר שמבקר המדינה, מיכה לינדנשטראוס, העביר לאל"מ ארז וינר את כל חומרי החקירה בעניינו בפרשת הרפז, עתירתו של וינר מיצתה את עצמה. וינר ישיב על טיוטת הדוח עד 25.6.12 בשעה 12 בצהריים. כך קבעו (יום ג', 12.6.12) שופטי בית המשפט העליון עדנה ארבל, אליקים רובינשטיין ונעם סולברג. משמעות ההחלטה היא שאם לא יהיו עיכובים של הרגע האחרון, יספיק לינדנשטראוס לפרסם את הדוח בפרשה לפני סיום תפקידו ב-2.7.12.

עוד קבעו השופטים, כי על לינדנשטראוס לשקול האם להעמיד לעיונו של וינר עדויות שמסרו בפניו עיתונאים, כמובן מבלי לחשוף את מקורותיהם. הם הציעו "לשקול אם אין בעדויותיהם המלאות חומר שעשוי להיות רלוונטי לתגובתו של העותר לטיוטת דוח הביקורת, כגון תוך מסירתו ללא ציון שמות". ארבל, רובינשטיין וסולברג הוסיפו: "אנו יוצאים מהנחת ההגינות האישית והמוסדית המחייבת את המבקר ואת עובדי משרדו, שמשמעה בין השאר כי יתנו דעתם למשאלות העותר, באופן שמה שייצא, ככל שייצא, מתחת ידיו של המבקר יהא רק לאחר שנחה דעתו בבירור כי ניתן לעותר כל הדרוש לתגובתו בפני הביקורת".

לפני כן טענו באי-כוחו של המבקר, עוה"ד דוד ליבאי וניצן וולקן, כי וינר, שהיה ראש לשכתו של הרמטכ"ל גבי אשכנזי בזמן פרשת הרפז, מעוניין להביא למצב בו הדוח בפרשה זו לא יפורסם בידי לינדנשטראוס.

וינר עתר לבג"ץ בבקשה לקבל את כל החומר בעניינו כדי שיוכל להגיב עליו לפני שלינדנשטראוס יסיים את הכנת הדוח. בעקבות הדיון בעתירה הועבר לווינר מידע רב נוסף, אשר לטענת המבקר הודלף מיד לאחר מכן לאמצעי התקשורת. לדברי באי-כוחו של המבקר, ברור שאם לינדנשטראוס לא יפרסם את הדוח - עלול פרסומו להתעכב זמן רב לאחר שיוחלף בידי השופט יוסי שפירא.

למרות שלינדנשטראוס סבור שיש לפתוח בחקירה פלילית של הפרשה, ואף אמר שבמידת הצורך יעכב לשם כך את פרסום הדוח, באי-כוחו שבים ומביעים את התקווה שהוא יוכל לסיים את העבודה הרבה שהושקעה בבדיקת פרשת הרפז. זאת, לדבריהם, בשל החשיבות העצומה שהמבקר מייחס לבדיקת הפרשה וללקחים העקרוניים, המעשיים והציבוריים שניתן וצריך להפיק ממנה.

לדברי לינדנשטראוס, מבוקרים רבים, ובהם מבוקרים מרכזיים בפרשה, עמדו בלוח הזמנים ומסרו את תגובותיהם לטיוטת הדוח במועד שנקבע להם. לדבריו, אין להפלות בין מבוקרים, ויש לנהוג כלפיהם באופן שוויוני ומידתי, ואין לתת אפשרות למבוקר (קרי: וינר) לקבוע באופן בלעדי אם דוח ביקורת יפורסם.

בג"ץ קבע שעל וינר להגיש את תגובתו לטיוטת הדוח עד 26.6.12 - שבוע לפני תום כהונתו של לינדנשטראוס. "מבקר המדינה ישקול היטב כל טענה של אל"מ וינר, וכן ישקול אם נותר לו זמן מספיק להשלים את הדוח. מבקר המדינה יכול גם לשקול את הצעת באי-כוחו של וינר להוציא דוח חלקי בלבד. ראוי להשאיר שיקולים אלו למבקר המדינה", אומרים וולקן וליבאי.

הם גם מסבירים, כי וינר לא קיבל את התגובה ששלח בועז הרפז למבוקרים אחרים ואת התגובה ששלח למבקר העיתונאי אמנון אברמוביץ (שפירסם את המסמך שפיברק הרפז), משום שהכלל הוא שאין מבוקר אחד מקבל את תגובתו של מבוקר אחר לטיוטת הדוח. עם זאת, הם אומרים, היה ותגובת מבוקר עשויה להשפיע על טיוטת הדוח הסופי, היא או קטע רלוונטי ממנה יועברו לידיעת וינר ותינתן לו הזדמנות להגיב.