ליקויים קשים בתהליך קבלת ההחלטות ערב המשט הטורקי ובמהלכו, במיוחד בדרך בה פעל ראש הממשלה, בנימין נתניהו. כך אומר (יום ד', 13.6.12)
מבקר המדינה,
מיכה לינדנשטראוס, בדוח על המשט במאי 2010 ועל תפקודו של המטה לביטחון לאומי.
לינדנשטראוס מצביע על כך שקבלת ההחלטות בנושא המשט לא לוותה בעבודת מטה מסודרת, והחשובות שבהן התקבלו רק לאחר שהמשט יצא לדרך, בדיון של השביעייה אותו כינס נתניהו בחופזה. נתניהו נפגש בנפרד עם שר הביטחון,
אהוד ברק, ועם שר החוץ,
אביגדור ליברמן - אך מעולם לא כינס פגישה משולשת בנושא המשט. שרים וקצינים בעלי נגיעה ישירה לנושא המשט לא השתתפו בדיון המכריע ב-26.5.12, וברק סירב למסור בו פרטים על התוכנית להשתלטות על הספינות.
עוד מגלה לינדנשטראוס, כי צה"ל לא התכונן לאפשרות של התנגדות אלימה להשתלטות, אלא רק להתנגדות פסיבית. הוא מצביע גם על ליקויים קשים בתחום ההסברה בזמן המשט ואחריו, ובין היתר על כך שדובר צה"ל היה "ברירת המחדל" ואנשיו נשלחו גם למשימות הסברה מדיניות - בניגוד לראוי במדינה דמוקרטית. לינדנשטראוס מגלה, כי פרסומו של החומר המצולם מן הספינות התעכב שעות ארוכות, בשל ההתלבטות האם להראות את לוחמי השייטת המוכים. לאחר המשט, עבר זמן רב עד שמשרד הביטחון שחרר לפרסום את העובדה שבספינות כמעט שלא היה ציוד
הומניטרי ראוי לשימוש.
בפרק על המטה לביטחון לאומי קובע לינדנשטראוס, כי למרות שבשלוש השנים האחרונות נרשמה התקדמות רבה ביישום החוק לפיו הוקם המטה, הוא עדיין רחוק מלמלא את תפקידו כראוי. הדבר נובע משני גורמים עיקריים: התנגדות עניינית של נתניהו לחלק מהוראות החוק בנושא, וסירוב של גורמי הביטחון האחרים - ובראשם משרד הביטחון, צה"ל, המוסד והשב"כ - לשתף פעולה עם המטה. לינדנשטראוס קובע, כי על נתניהו מוטלת החובה להבטיח שהחוק יקויים כלשונו ובמלואו.
נתניהו הודיע למבקר, בתגובה לממצאים בתחום ההסברה, כי הורה להכין תוכנית חירום לתיאום מערך ההסברה הלאומי בנושאי חוץ וביטחון. ברק מסר בתגובה, כי ממצאי המבקר ייושמו. יו"ר ועדת הכנסת לביקורת המדינה,
אורי אריאל, הודיע שיכנס את הוועדה באופן מיידי לדיון בממצאים.
