בתהליך קבלת ההחלטות של ראש הממשלה, בנימין נתניהו, לקראת המשט הטורקי במאי 2010 התגלו ליקויים מהותיים ומשמעותיים. ההחלטות התקבלו בלא עבודת מטה מסודרת, למרות שהיה ידוע זמן רב קודם לכן שזהו אירוע יוצא-דופן. כך קובע (יום ד', 13.6.12)
מבקר המדינה,
מיכה לינדנשטראוס.
המבקר בדק בצורה חסרת-תקדים את קבלת ההחלטות בדרג המדיני הבכיר ביותר, תוך התייחסות בין היתר להמלצות
ועדת וינוגרד בנוגע לתהליך הראוי של קבלת החלטות. לדברי לינדנשטראוס, אין מסקנותיו מצביעות על כך שהתוצאות יכולות היו להיות אחרות, אלא יש לראות במשט מקרה משל שממנו צריך להסיק מסקנות לקראת אירועים עתידיים. הדוח סוקר בהרחבה את הפעילות המדינית שריכז נתניהו בניסיון למנוע את הפלגת המשט, ומציין שגם פעילות זו לא הובאה לדיון בוועדת השרים לביטחון או בשביעייה.
שלושת הבכירים לא נפגשו הפגישות החשובות, אומר לינדנשטראוס, התקיימו בין נתניהו לבין שר הביטחון,
אהוד ברק, ובינו לבין שר החוץ,
אביגדור ליברמן - אך לא בין שלושתם יחדיו. משרד ראש הממשלה טען בתגובה, כי עמדותיהם של ליברמן וברק היו ידועות ולכן לא היה צריך להפגישם. הפגישות התקיימו ללא כל ניירות מטה מוקדמים או היערכות פורמלית מתועדת, הן לא תועדו ולכן לא ברור האם ואלו החלטות התקבלו במהלכן; היעדר התיעוד, אומר לינדנשטראוס, הוא ליקוי חמור ופוגע במתן ההנחיות ובמעקב אחרי ביצוען. ועדת השרים לענייני ביטחון לא דנה במשט, והמטה לביטחון לאומי לא הונחה בידי נתניהו לעסוק בנושא; כאשר ביקש המל"ל לעשות זאת מיוזמתו, הוא לא זכה לשיתוף פעולה מצד משרד הביטחון וצה"ל.
הדיון המקיף הראשון התכנס רק ב-26.5.10 - לאחר שהמשט כבר יצא לדרכו. באותו יום כינס נתניהו את פורום השביעייה (נתניהו, ברק,
דן מרידור, משה יעלון, אלי ישי ובני בגין; ליברמן לא השתתף בדיון), ולמרות שמדובר בפורום בלתי רשמי להתייעצויות בלבד - בתום ישיבה זו החליט נתניהו למנוע בכוח את הגעת האוניות לעזה. דיון זה, קובע לינדנשטראוס, התכנס מעכשיו לעכשיו, באופן חפוז וללא עבודת הכנה. נעדרו ממנו שרים רלוונטיים - השר לביטחון פנים ושר המשפטים - וגורמים צבאיים בכירים שהייתה להם נגיעה ישירה לנושא המשט. לאור זאת, הדיון התקיים בלא קבלת המידע המקצועי שאמור לשמש כבסיס להחלטות.
הכחשת נתניהו נוגדת את העובדות ליקוי נוסף התגלה בצה"ל. ברק והרמטכ"ל
גבי אשכנזי אומנם הביעו חשש מפני תגובה אלימה של נוסעי המשט, אך צה"ל לא גיבש דרך פעולה אפשרית (דפ"א) להתמודד עם תגובה כזו - וממילא הדרג המדיני לא דן בה. ההנחה הייתה שצפויה התנגדות פסיבית, ושאם ייעשה שימוש בנשק קר או חם - הוא יהיה ספוראדי בלבד ולא מצריך היערכות שונה. נתניהו ושרי השביעייה גיבשו את עמדתם בנוגע לפעולה הצבאית מבלי שזו הוצגה בפניהם במפורט ובלי שהיו בפניהם חלופות של ממש, ותוך שברק מסרב למסור לנתניהו וליתר השרים פרטים על תוכנית ההשתלטות. ברק מצידו אומנם דן במתווה הפעולה הצבאית, אך לא בחן את מוכנותו של צה"ל להתמודד עם תגובה אלימה של הנוסעים.
משרד ראש הממשלה טען בתגובתו, כי "הדרג המדיני, כמו כל גורם אחר, לרבות מערכת הביטחון עצמה, לא היה מודע ולא יכול היה להיות מודע למסוכנות הנשקפת ממשתתפי המשט". זאת, למרות שבדוח מובאים מסמכים המעידים שהרמטכ"ל דאז, גבי אשכנזי, הזהיר בדיון בשביעייה ב-26.5.12 שלוחמי צה"ל לא יתקבלו במחיאות כפיים ושצפוי להם מאבק. לינדנשטראוס אומר: "הגורמים הביטחוניים השונים, ובהם שר הביטחון והרמטכ"ל, העריכו כי מדובר באירוע עם חיכוך, אשר עלול להגיע עד כדי שימוש בנשק ופתיחה באש נגד כוחותינו, וכי הנחת המוצא הייתה שתהא התנגדות לפעילות צה"ל, וכי יהיה עימות עם המפליגים במשט".
ממצרים העתיקה שבה העבדים העברים סיפרו על יציאת האבות מהגלות, עד ליציאת מצרים של תקופתנו היא מדינת ישראל
