מרכזי הפיקוד והשליטה של שירות בתי הסוהר לא פעלו כנדרש בהוראות השב"ס בעת השריפה בכרמל. החריגות היו הן בדרג נציבות שב"ס (בראשה עמד אז רב-גונדר
בני קניאק), בדרג מחוז צפון (בראשו עמד גונדר
מיקי חלפון, כיום סגן הנציב) ובדרג כלא דמון (עליו פיקד גונדר-משנה בני תייאר). כך קובע (יום ד', 20.6.12)
מבקר המדינה,
מיכה לינדנשטראוס.
בכלא דמון, שהיה במוקד השריפה, לא הוקם חמ"ל, החמ"ל המחוזי הוקם באיחור ומרכזי השליטה לא תוגברו בכוח אדם כנדרש. מרכזי השליטה לא יצרו תמונת מצב עדכנית ושוטפת על מהלך פינוי האסירים, ולא אספו מהמשטרה מידע על צירי התנועה הזמינים באזור הכלא; כך בוצעו חלק מסבבי הפינוי בכביש 721 מערבה, למרות הסכנה הגוברת בו. קוניאק והמפקדים שתחתיו יצאו לשטח ונתנו פקודות, אך לא וידאו שהן מועברות הלאה. מפקדים אחרים לא קראו הודעות מבצעיות חשובות מאוד שהועברו אליהם בזימוניות.
רק בשעה 16:15 - לאחר אסון האוטובוס - נקבע בכלא כרמל שטח כינוס לכוחות שעסקו בפינוי מכלא דמון, וגם אז תפקודו היה לקוי, וכל זאת תוך הפרה ברורה של פקודות שב"ס. כך לא ניתן היה לווסת את תנועת הכוחות, ולאזור דמון הגיעו כוחות רבים של המשטרה ושב"ס שיצרו עומסי תנועה קשים.
אחריות אישית לגונדר מיקי חלפון נציג שב"ס לא השתתף בחפ"ק של מפקד משטרת החוף דאז, תת-ניצב
רוני עטיה, ולא במשל"ט של מחוז הצפון, בראשותו של ניצב
שמעון קורן. נציג שב"ס הצטרף לצובר החפ"קים המשטרתי רק לקראת חצות. ואילו בחמ"ל המחוזי של שב"ס בכלא כרמל לא היה נציג של המשטרה עד לשעה 18:00. לפיכך, לא קיבלה המשטרה עידכון על החלטת מג"ד נחשון צפון (היחידה לליווי אסירים) שכוחותיו יגיעו מכביש 672 במקום מכביש 721, ועל ההחלטות לפנות את האסירים דרך כביש האוניברסיטה משעה 14:30. במקביל, התראות נציגי שירותי הכבאות לפיהן יש לסגור את כביש 721 ממערב לכלא, לא הועברו בידי מפקדי שב"ס למרכזי השליטה של השירות. כך נוצר המצב בו הגיע אוטובוס הצוערים ללב האש בכביש 721. כל המגע בין המשטרה לשב"ס התנהל בין מפקדים ולא בין מִפקדות.
על חלפון אומר לינדנשטראוס, כי הוא פיקד על פינוי דמון תוך סיכון אישי רב. הוא נושא באחריות הכוללת למחוז ובאחריות הישירה לפינוי הכלא. הוא לא וידא שמרכזי השליטה המחוזיים פועלים כסדרם, לא וידא ששטח הכינוס הוקם ופועל ולא קיים הערכות מצב מתועדות. הוא לא בחן את תקפותה של ההחלטה לפנות את האסירים דרך כביש 721 ולא התאים אותה למציאות בשטח. "חלפון לקה בהיבטים שונים של מילוי תפקידו", מסכם המבקר. "מדובר בכשל פיקודי".
לינדנשטראוס מטיל אחריות אישית גם על תת-גונדר אלברט לנקרי, שהיה סגן מפקד מחוז הצפון; סגן-גונדר שמואל לביא, שהיה ועודנו קמב"ץ מחוז צפון; גונדר דב לוצקי, שהיה סגן מפקד השב"ס שנטל חלק בפיקוד על הכוחות בשריפה; וגם על הנציב קוניאק, כאחריות כללית לליקויים שהתגלו בפינוי כלא דמון. בסכמו פרק זה אומר לינדנשטראוס, כי השב"ס לא היה ערוך כנדרש לפינוי כלא דמון בהיבטים של פיקוד ושליטה על הכוחות, הפעלת מרכזי שליטה ויצירת תמונת מצב עדכנית.
