הקבינט הכלכלי-חברתי אישר (יום ד', 24.10.12) את פירוקו של מכון היין הישראלי, בהמשך להחלטת ממשלה משנת 1997.
בחודש אפריל 2012 הוגש לשר התמ"ת ולשרת החקלאות דוח צוות בינמשרדי, שהוקם על-ידי השרים לצורך בחינת ענף היין. בין מסקנות הצוות נקבע כי מכון היין איננו מקיים את עיקר מטרותיו, כגון פרסום יינות בכל דרך בארץ ובחו"ל; ייזום, עידוד וסיוע למחקר אודות בעיות ייצוא היין הישראלי ושיווקו; ליזום ולסייע בהקמת מרכזי פרסום, מוסדות מחקר ומוסדות אחרים שיכולים לסייע במימוש מטרות המכון; לרשום את החברה ברחבי העולם על-מנת שתהווה יצוג חוקי בחו"ל; וכן כי המכון אינו מייצג את היקבים הקטנים שהתפתחו בשנים האחרונות, ואינם חברים בו ובכך נוצר
ניגוד עניינים מובנה בפעילותו.
על-רקע זה הודיע הממונה על התקינה במשרד התמ"ת למכון היין כי הוא לא יכול להיות מעבדה מאושרת לבדיקות עמידה בתקן יין, ולפיכך יש בעיה בכיבוד בדיקות המכון לצורכי הפקת רישיונות ייבוא וייצוא.
רשות החברות הממשלתיות והגורמים המקצועיים במשרד התמ"ת מאוחדים בדעה כי הדרך המתאימה לסיום פעילותה של החברה הינו בדרך של פירוק, כאשר מסלול הפירוק המתאים לפירוק החברה הינו פירוק מרצון של החברה. החלטת הקבינט החברתי כלכלי התקבלה לאחר קיום היוועצות עם דירקטוריון מכון היין, שאינו מתנגד למהלך.
במשרד התמ"ת הדגישו כי הפסקת פעילותו של המכון - איננה צפויה ליצור משבר בשוק, ומבדיקה שנעשתה על-ידי המשרד קיימת כבר כיום חלופה לביצוע הבדיקות הנדרשות לצורך בחינת עמידת המשקאות בתקינה הרלוונטית - בדמותו של מכון התקנים הישראלי, שגם כיום מוכר כדין לעניין זה ומבצע כ-10% מן הבדיקות, והוא ערוך לקליטה מיידית של הפעילות. בתמ"ת אמרו כי בטווח הארוך יותר ברור שקיימת גם אפשרות להכיר במעבדות נוספות כמעבדות אשר יוכלו לבצע הבדיקות הנדרשות, וכל בקשה כזו תיבחן על-ידי הממונה על התקינה כנדרש.
ענף היין כולל יבוא יינות בסך של כ-38 מיליון דולר ויצוא בסך של כ 25 מיליון דולר.
סה"כ הכנסות מבדיקות משקאות אלכוהוליים לצרכי יבוא ויצוא ובדיקות איכות מוערך בסך של 4.5 מיליון ש"ח (מכון היין מתוך הנ"ל כ-3.9 מיליון ש"ח). בדיקות אלו מבוצעות, בעיקרן, על-ידי שני גופים בישראל - מכון היין ומכון התקנים. כאשר כ-90% משוק הבדיקות מצוי בידי המכון.
"אני שם דגש על כך שהיבואנים והיצואנים לא יפגעו וגם לא העובדים של המכון, לכן אני שמח על היערכות מכון התקנים שערוך לקליטת כל הפעילות, גם תוך הליכי הפרוק של מכון היין, ולנכונות לעשות הכל להבטחת המשך העסקתם של עובדי מכון היין", אמר שר התמ"ת
שלום שמחון.