קוה הוא היחיד שחתם בשם האוניברסיטה על ההסכם להעסקתו של גליק, ללא חתימה נוספת וללא חותמת האוניברסיטה, בניגוד לתקנון האוניברסיטה ולנהליה. ההסכם כלל תנאי העסקה חריגים, אשר הוענקו לגליק בניגוד להחלטת הוועדה לשכר בכירים. קוה לא העביר את ההסכם עם גליק לאישור הממונה על השכר במשרד האוצר, ונאמן אישר לו לנהוג כך.

פחות משנה לאחר חתימת ההסכם המקורי עם גליק, קיבלה הוועדה לשכר בכירים את בקשתם של קוה וגליק, ואישרה להעלות את שכרו של גליק החל מיום החלטתה. ואולם, התיקון לא נעשה כראוי אלא בהחלפת העמוד בו מצויים תנאי השכר – תוך יצירת מצג שווא כאילו תנאים אלו סוכמו כבר במקור. גליק גם קיבל הבטחה לתשלום של 70,000 שקל לשנה בגין פרויקט ה-ERP (מערכות מידע מוכללות) באוניברסיטה, אשר החל לפני תקופתו; ההבטחה ניתנה בניגוד להחלטת הוועדה לשכר בכירים ובניגוד לייעוץ משפטי שקיבלה האוניברסיטה. עוד קיבל גליק זכות להקצבה שנתית המקבילה לקרן לקשרי מדע בינלאומיים, וזאת בניגוד להערות מבקר המדינה, בניגוד לייעוץ משפטי ובניגוד למטרות הקרן העוסקת בעידוד המחקר האקדמי. הוא גם קיבל תשלום כפול בגין אחזקת רכב.

"בפועל לא התקיים בוועדה דיון של ממש בשאלת שכרו של המנכ"ל המיועד, והלכה למעשה שימשה הוועדה לקביעת שכר בכירים חותמת גומי לשכר שנקבע מראש. על פרופ' נאמן היה להימנע מלהביע דעתו מראש בפני פרופ' קוה ולהקפיד על קיום דיון ממשי בוועדה קודם לאישור ההצעה", קובע שפירא.

בהסכם עם גליק גם נקבע, כי אפילו אם יקבע הממונה על השכר ששכרו אינו תקין – הוא יישאר בעינו. על כך אומר המבקר: "סעיף זה הוא בלתי ראוי, בהיותו עוקף את מנגנוני הפיקוח של הממונה על השכר, ולמעשה נוגד את תקנת הציבור".

על-פי תקנון האוניברסיטה, חבר הנאמנים ממנה ועדת חיפוש לבחירת נשיא. לפני ישיבת חבר הנאמנים ביוני 2008, שבה אמורה הייתה להתמנות ועדת חיפוש, הכינה לשכתו של קוה במעורבותו טיוטת מסמך שבה מצוינים שמותיהם של חברי הוועדה – שטרם מונו. בטיוטא זו גם מצוינת החלטתם להמליץ למנות את קוה לכהונה נוספת. "הנשיא הכתיב את עבודת הוועדה, והתערב בהליך שבו אינו אמור לקחת חלק, לטובת אינטרס אישי ברור - המשך כהונתו", קובע שפירא.

במכרז להפעלת מסעדה באוניברסיטה נבחרה חברה הקשורה לבני משפחתו של קוה: את חברת-הבת של החברה הזוכה מנהל גיסו של קוה; אחותו של קוה ורעייתו של מנהל חברת-הבת היא מרצה בכירה בבר-אילן; אחיינו של קוה הוא בעל זכויות חתימה בה. חברת-הבת לא יכלה להשתתף במכרז מאחר שלא עמדה בתנאי הסף שלו, למרות שבפועל היא שמפעילה את המסעדה; החברה הזוכה היא רק מסך שנועד להסתיר את הקשר המשפחתי אל קוה. "משרד מבקר המדינה רואה זאת בחומרה", נאמר בדוח.

המבקר מצא, כי גם שלושת הרקטורים האחרונים של בר-אילן – פרופ' יוסף ישורון, פרופ' יוסף מניס ופרופ' חיים טייטלבאום – נהנו מתוספות שכר ניכרות ובלתי חוקיות. קוה אישר לישורון מענק של 100,000 שקל ללא סמכות, ללא בסיס, בניגוד מוחלט לדין ותוך "הנחיה לתשלום כספי ציבור שלא כדין". קוה קיבל לכאורה את אישור יו"ר ות"ת דאז, פרופ' שלמה גרוסמן, להעניק לישורון שכר גבוה מזה שאישרה המדינה. ואולם, תשובתו של גרוסמן לפנייתו של קוה הוכנה בלשכתו של האחרון; גרוסמן היה פרופסור בבר-אילן לפני שהושאל לות"ת. הוועדה לשכר הבכירים אישרה את השינוי בשכרו של ישורון על-פי מכתבו של גרוסמן, בלא שבדקה את הנושא, ובכך הביאה לתשלום כספים בניגוד לכללים.

כאשר מונה מניס לרקטור בספטמבר 2006, החליטה הוועדה לשכר בכירים ששכרו יהיה לפי החלטות ועדת זוסמן. ואולם, לבקשתו של קוה היא שינתה את החלטתה והצמידה את שכרו של מניס לזה של עמיתיו באוניברסיטאות אחרונות. השינוי נעשה רטרואקטיבית במאי 2007, בניגוד להנחיות הממונה על השכר, והביא גם להעלאת שכרם של סגני רקטור ומשנים לנשיא. ואילו כאשר מונה טייטלבאום לתפקיד במאי 2010, הוצמד שכרו לשל קודמו – שכאמור היה בלתי תקין. קוה וגליק גם מינו עובדים לתפקידים שאינם קיימים בתקן וקבעו להם שכר, ולאחר מכן ניתנה למשאבי אנוש הוראה ליצור משרה בהתאם להגדרה ולשכר אלו.

עד סיום הביקורת לא נקבע לאוניברסיטת בר-אילן תקן, הכולל את המבנה הארגוני שלה, תיאור המשרות, הגדרות תפקיד, כפיפויות, מתח דרגות ותנאים נלווים שקופים, קבועים וברורים. הליך קבלת העובדים המינהליים, המכונה "מכרז", מאפשר לממונה הרלוונטי לבחור את המועמד המועדף עליו, ו"ועדת הקבלה" משמשת רק חותמת גומי. הליך זה אינו מבטיח מתן הזדמנות שווה למועמדים בכוח, וקבלת עובדים משיקולים ענייניים בלבד. במקרים רבים קודמו עובדים על סמך הנחיית נשיא או מנכ"ל בלי שהתקיים "מכרז" כנדרש. במועד סיום הביקורת נמצא, כי לפחות כל עובד חמישי הוא קרוב-משפחה של עובד אחר.

מחלקת משאבי אנוש באוניברסיטה אינה מנהלת חלק ניכר ממקבלי השכר באוניברסיטה ואינה מפקחת עליהם. חלקם מועסקים ברשות המחקר על חשבון תקציבי מחקר; מועסקים ברשות המחקר שלא על חשבון התקציבים המתנהלים בה, היא רק חותמת על הסכמי ההעסקה שלהם, ואין עליהם פיקוח או בקרה של גורם כלשהו. המידע החלקי שבידי מערך משאבי אנוש ומעורבותו החלקית בכל הקשור לקליטה וניהול של כוח האדם נוגדים כללי מינהל תקין ואף עלולים לגרום לאוניברסיטה הפסדים.

זה שנים רווח באוניברסיטת בר-אילן דפוס פעולה המתאפיין בהתעלמות מהתרעות של בעלי תפקידים, שומרי סף ומוכיחים בשער. היועץ המשפטי התריע בעניינים שונים והתעלמו מדבריו; היועץ המשפטי החיצוני חיווה דעתו, וגם ממנה התעלמו; אליהו ספרוני, סמנכ"ל משאבי אנוש, הסתייג ללא הועיל, עד שלבסוף נאלץ להתפטר; יואב לאב, מנהל מחלקת קרנות והשקעות, התריע ולא התקבלה דעתו; השופטת בדימוס בלהה כהנא, חברת ועדת הביקורת, התריעה פעם אחר פעם ונאלצה להתפטר; יחזקאל ברנהולץ, חבר דירקטוריון חברת המסחור וחבר ועדת הקבע והוועד המנהל, התריע חזור ושנה, וסופו שהתפטר; כך גם לגבי מבקר הפנים.

שפירא אומר, כי היה על חברי ועדת הביקורת להתעמק בנושא שכר הבכירים, נושא שכהנא העלתה שוב ושוב ואשר אף הביא לבסוף להתפטרותה. "הנסיבות המתוארות מעוררות חשש בדבר קיומה של בעיה עקרונית ומהותית הנוגעת להתנהלות הנהלת האוניברסיטה בענייני הטבות שכר. על כל אחד מחברי הוועדה חלה חובה לעמוד על מיצוי הבירור הנדרש של נושא זה עם הגורמים הרלוונטיים, לרבות נשיא האוניברסיטה", הוא אומר. הסיבה שהוועדה לא עשתה זאת אולי נעוצה בממצא נוסף: קוה וגליק השתתפו בישיבותיה, תוך פגיעה בעיקרון היסוד של אי-תלות ועדת הביקורת.

"האחריות לחריגות השכר הניכרות באוניברסיטת בר-אילן מוטלת בראש ובראשונה על נשיא האוניברסיטה, פרופ' קוה, שטיפל בנושאים אלה באופן ישיר – מצד אחד העניק לבכיריה באופן מתמשך ושיטתי תנאי שכר מועדפים וחריגים, ומצד אחר סיכל ניסיונות לפקח על האוניברסיטה כדין. הוועדה לשכר בכירים ובראשה פרופ' יעקב נאמן, לא מילאו את תפקידם בקביעת שכר הבכירים באופן אפקטיבי ואפשרו לנשיא האוניברסיטה להכתיב את עמדותיו בנושא זה", קובע שפירא.

שפירא מסכם: "מערכת האיזונים והבלמים כשלה. הלכה למעשה האוניברסיטה מתנהלת לפי רצונם של נשיא האוניברסיטה והמנכ"ל, תוך כדי החלשת הפיקוח והבקרה על פעולותיהם. מצב זה פוגע בכוחה של האוניברסיטה לפעול על-פי כללי מינהל תקין, על יסוד שיקולים ציבוריים, על-פי עיקרון השמירה על הקופה הציבורית ובאופן המבטיח הגנה על האינטרסים שלה.

"ממכלול הממצאים המתוארים בדוח זה, על חומרתם, כמותם והיקפם, משתקפת תמונה קשה המלמדת על התנהלות בלתי תקינה של נשיא האוניברסיטה, פרופ' קוה, ומנכ"ל האוניברסיטה, מר גליק, עד כדי חשש לפגיעה בטוהר המידות. לדעת משרד מבקר המדינה, יש להפסיק לאלתר מודל התנהלות זה. הממצאים החמורים המתוארים בדוח זה מובאים להנהלת האוניברסיטה ולפתחו של חבר הנאמנים של האוניברסיטה, של מל"ג-ות"ת ושל הממונה על השכר, כדי שיפעלו ללא דיחוי לתיקון הליקויים, כל אחד בתחומו".