ממצאי שתי ועדות באמ"ן ודברים שמסרו מפקדים במערך מסווג באמ"ן בהווה ובעבר לנציגי משרד מבקר המדינה ממחישים, כי המגעים המקצועיים שהם קיימו עם בועז הרפז לאחר פרישתו מצה"ל, נתפסו על ידיהם כלגיטימיים.

מגעים אלו היו מושתתים על בסיס נורמה מושרשת של שיתוף פורשי מערך מסווג באמ"ן (בכינוים הרווח: "לשעברים") בהתנהלות של יחידות מסווגות ושל יחידות שמפקדיהן באו מיחידות מסווגות אלה, כולל התנהלות מבצעית-ייעודית. זאת, בלי לבדוק תחילה את הכשרם הביטחוני. המבקר קובע, כי באי-בדיקת ההכשר הביטחוני של הרפז, טרם שיתופו בהתייעצויות כאלו, היה משום חשש לסיכון מערך מסווג זה באמ"ן.

לגורמים בכירים בצה"ל היו קשרים מקצועיים בלתי ממוסדים עם הרפז ברמות שונות של אינטנסיביות. במסגרת קשרים אלה נחשף הרפז גם למידע עדכני הקשור למערכת הביטחון. כמו-כן, גורמים שונים במשרד הביטחון קיימו קשרים עם הרפז, חלקם קשרי עבודה ממוסדים.

מפקדי יחידות וקצינים בכירים באמ"ן נועצו בהרפז במחצית השנייה של העשור הקודם בהקשר להיבטים ארגוניים ביחידות שעליהן הם מפקדים, ובהם לשינויים שביקשו לערוך בהן ולאופן הצגה אפקטיבית של נושאים בפני הרמה הממונה. זאת, לדבריהם, נוכח ההכרה ביכולותיו של הרפז ובקשת היכרויותיו הנרחבת בצה"ל, וכן נוכח ההבנה שנוצרה אצלם לגבי קשריו עם גבי אשכנזי (שהיה לאורך התקופה מנכ"ל משרד הביטחון ולאחר מכן הרמטכ"ל). התייעצויות אלה נעשו ככלל ביזמות ובתהליכים פרטיים, ללא בקשת היתר וללא אישור והסדרה רשמיים של ראשות אמ"ן.

קשרים אלו התקיימו למרות הוראת ראש אמ"ן דאז, אלוף אהרון זאבי-פרקש, משנת 2004 להרחיק את הרפז מפעילות במערך מסווג באמ"ן (ללא קשר לרמת הכשרו הביטחוני הפורמאלי); על-אף שהכשרו הביטחוני מאז יוני 2005 לא איפשר לו להיות שותף לתחומים רגישים באמ"ן; על-אף שגם הכשר ביטחוני זה התבטל מאליו ביוני 2009; ועל-אף שבאפריל 2009 ובמרס 2010 התרה ראש אמ"ן דאז, אלוף עמוס ידלין, במפורש במפקדי מערך מסווג באמ"ן להימנע מלשתף את פורשי המערך בסודות עדכניים, ולהקפיד על מידור מחמיר מול מפקדים וחיילים מהעבר.

מאז שחרורו מצה"ל קיים הרפז קשרים עם בעלי תפקידים במשרד הביטחון במסגרת פעילותו העסקית בייצוא ובשיווק ביטחוניים. בין השאר, היו לו קשרים עם בעלי תפקידים באגף הפיקוח על הייצוא, במינהל הרכש, במשרד קצין הביטחון של משרד הביטחון, באגף משאבי אנוש, באגף הכספים ובמשלחת הקניות בארה"ב.

ועדה שפעלה במשרד הביטחון קבעה בדיעבד: "בועז הרפז, שהוגדר כ'איש לשכות', מקבל במשרד הביטחון יחס מועדף, עם דלתות פתוחות לכל ראשי האגפים וללשכת המנהל הכללי. התנהלות משרד הביטחון מול הרפז הינה בעייתית, תמוהה ומוזרה לאור העובדה שבכל אגפי המשרד בהם היה פעיל... זכה לחיסיון ולקיצור תהליכים". עוד קבעה הוועדה, כי "ההילה סביב בועז הרפז, יוצא מערך מסווג באמ"ן, והיכרותו עם גורמי משרד [הביטחון] בכירים, תרמו לעיוורון של המעורבים ולנטרול מנגנוני הבקרה הקיימים במערכת".