יחסיו של השר לביטחון פנים עם המפכ"ל הנוכחי, רב-ניצב
יוחנן דנינו, מתאפיינים גם הם בנתק לסירוגין - למרות ששני הצדדים טורחים להכחיש זאת בהזדמנויות שונות. כך, לדוגמה, מבקש אהרונוביץ' לכפות על דנינו הפרדה של מחוז המרכז בדומה להפרדת המחוז הצפוני. עוד הוא מנסה להכריח אותו להעביר את אכיפת התנועה בערים לאגף התנועה של המשטרה, מהלך מנוגד לעמדת המשטרה אשר עלול ליצור כאוס אכיפתי.
עוד במשטרה מותחים ביקורת על אהרונוביץ', שהיה בעבר מפקד משמר הגבול, על כך שהוא מקדם אנשי מג"ב במינויים. כך לדוגמה מונה ניצב יוסי פריינטה, שהיה המזכיר הביטחוני של השר אהרונוביץ', לדרגת ניצב ובאופן חריג קיבל כתפקיד ראשון את המחוז הדרומי הנחשב לאחד המשמעותיים והגדולים במשטרה. לאחר זמן קצר בלבד הועבר מן המחוז הדרומי ומונה למפקד מחוז ירושלים, מחוז משמעותי לא פחות, לאחר שניצב
ניסו שחם נאלץ לפרוש בשל החשדות נגדו.
רב-ניצב דנינו, מצידו, מתייחס גם הוא בקרירות רבה אל השר. מקורבים לו סיפרו כי הוא מכנה את השר אהרונוביץ' בכינוי 'הכפרי'.
בכירים במשטרה אומרים בתקופה האחרונה כי קיים חשש שהיעדר הגבולות הברורים אצל השר אהרונוביץ', ניסיונות ההתערבות שלו והנתק בין לשכתו ללשכת המפכ"ל יפגעו עוד יותר במשטרה - ביישום תהליכים, במינוי אנשים לא מתאימים. בין היתר מדברים במשטרה על הקידום התמוה של חתנו של אהרונוביץ', ניסן בן ארויה, אשר הסתבך משמעתית ובכל זאת ממשיך להיות מקודם. "על
מבקר המדינה לבדוק את הסוגיה לפני שיהיה מאוחר מדי", אמרו.
