היועץ המשפטי לממשלה,
יהודה וינשטיין, הורה למשטרה (יום ג', 29.1.13) לחקור חשדות לכאורה לעבירות פליליות בפרשת הרפז מצד הרמטכ"ל לשעבר,
גבי אשכנזי, ומי שהיה ראש לשכתו,
ארז וינר. החקירה תתמקד רק בתחום המצומצם של התנהגות שאינה הולמת קצין ותנוהל בידי המשטרה הצבאית החוקרת.
הוראתו של וינשטיין באה למעלה משנה לאחר ש
מבקר המדינה הקודם,
מיכה לינדנשטראוס, פנה אליו וביקש להורות על חקירה בהיבטים הפליליים שאינם בסמכותו של משרד המבקר, כולל הפרת אמונים. הדוח המלא של המבקר בפרשת הרפז, שפורסם לפני מספר שבועות, הועבר גם הוא לוינשטיין - רמז ברור לכך שלדעת משרד המבקר יש צורך בחקירה פלילית.
דוח המבקר, שהוכן ברובו בידי לינדנשטראוס ונחתם בידי המבקר הנוכחי,
יוסף שפירא, מותח ביקורת קשה על אשכנזי, וינר וגם על שר הביטחון היוצא,
אהוד ברק. את רוב הביקורת סופגים אשכנזי ווינר, כאשר המבקר קובע שהם עסקו בצורה פעילה באיסוף מידע על ברק ומקורביו. עוד נקבע, כי השניים כשלו בטיפולם במסמך שזייף
בועז הרפז, ואשר התיימר להיות תוכנית פעולה של
יואב גלנט כדי להבטיח את מינויו לרמטכ"ל.
לאחר פרסום הדוח הודיע יו"ר ועדת הכנסת לביקורת המדינה,
אורי אריאל, כי יפעל להקמת ועדת חקירה ממלכתית אם וינשטיין יימנע מפתיחת חקירה פלילית. נראה שאיום זה פעל על וינשטיין, המעדיף שהחקירה תתבצע בידי הרשויות שתחת סמכותו.
לדברי משרד המשפטים, ההחלטה התקבלה לאחר שוינשטיין עיין בחוות דעת שהוכנו בפרקליטות המדינה ובפרקליטות הצבאית, אשר נכתבו על יסוד חומר הראיות שנאסף בחקירה הפלילית שבוצעה החל מאוגוסט 2010 על-ידי משטרת ישראל, על יסוד דוח מבקר המדינה בפרשת הרפז שפורסם לפני כחודש, ועל יסוד חומר הראיות הרב שנאסף על-ידי מבקר המדינה.
לדעת וינשטיין, המעשים המיוחסים לאשכנזי ולוינר אינם מגיעים, בשלב זה, כדי חשד סביר לעבירה של הפרת אמונים. "המעשים המפורטים בדוח מבקר המדינה מצדיקים לכאורה ביקורת ציבורית נוקבת והפקת לקחים כדי למנוע הישנותם, אך כאמור, הם לא מעוררים, על יסוד החומר הקיים, חשד המאפשר בשלב זה טיפול במישור הפלילי 'האזרחי' על-ידי המשטרה", הוסיף משרד המשפטים.
בשל החקירה נגד אשכנזי ווינר, החליט וינשטיין שלא להכריע האם להגיש כתב אישום נגד הרפז. "עם תום החקירה יוחלט אם יש מקום להגשת כתב אישום נגד מי מהמעורבים. במסגרת זו תישקל השאלה מה המשמעות של פרישת המעורבים מן הצבא לעניין זה, וזאת כמובן נוכח ממצאי החקירה שייאספו", נמסר עוד.