המשרד להגנת הסביבה הגיש לבית משפט השלום בחיפה כתב אישום נגד חברת כרמל כימיקלים, הבעלים של מפעל כרמל כימיקלים בעתלית, גיל (יעקב) דנקנר, מעין הוד, בעל השליטה ומנכ"ל המפעל, זאת באשמת הפרת תנאי רישיון העסק של המפעל בכל הנוגע לפינוי פסולת החומרים המסוכנים והשפכים התעשייתיים במפעל.
בכתב האישום נאמר כי מפעל כרמל כימיקלים מייצר שפכים תעשייתיים אשר הוזרמו עד לנובמבר 2008 לבריכה הממוקמת בשטח המפעל (בריכת האידוי). בחודש מאי 2009 נשלחה לחברה ולבעליה גיל דנקנר התראה והזמנה ל
שימוע לפי חוק רישוי עסקים בגין ניהול עסק תוך הפרת תנאי רישיון העסק.
בהתראה נאמר כי הופרו התנאים המוקדמים ברישיון העסק בכל הנוגע לפינוי בריכת השפכים עד לחודש מרס 2009, בכך שבריכת האידוי טרם רוקנה או פונתה, וכי פליטות החומר המסוכן פורמלדהיד (פורמלין) מהבריכה גורמות לזיהום אוויר חזק ובלתי סביר.
כעבור שלושה שבועות נשלחה התראה לחברה ולדנקנר לפי חוק חומרי מסוכנים ולפי חוק רישוי עסקים, בה נקבע כי עליהם לפנות לאלתר את פסולת החומרים המסוכנים המוחזקת למעלה משישה חודשים במפעל, ובכלל זה את תכולת בריכת האידוי לרבות הבוצה שבתחתיתה והשפכים התעשייתיים המאוחסנים בקוביות בשטח המפעל.
לאחר מכן נערך שימוע לנאשמים ומנהל מחוז חיפה במשרד להגנת הסביבה הוציא צו פינוי רעלים וסירוב למתן היתר רעלים מחודש למפעל.
לדברי התביעה, החברה ודנקנר התחייבו בבית המשפט לפנות בתוך שישה שבועות ולא יאוחר ממחצית חודש אוגוסט 2009 את בריכת האידוי המצויה במפעל לרבות השפכים והבוצה שבתוכה לאתר מאושר. אולם עד למחצית חודש ספטמבר 2009, כחמישה שבועות לאחר מתן ההתחייבות האמורה לא הושלם פינוי בריכת האידוי ותוקפו של היתר הרעלים של המפעל פג.
אשר על כן, נטען בכתב האישום כי הנאשמים פעלו ללא רישיון עסק כדין מאחר שלא קיימו ואף הפרו את התנאים המוקדמים שברישיון העסק. בנוסף לא קיימו הנאשמים והפרו את התנאים שבהיתר הרעלים של המפעל, עסקו ברעלים ללא היתר רעלים כדין, ולא ביצעו את צו פינוי הרעלים שניתן להם.
סעיפי האישום המיוחסים לנאשמים בכתב האישום הם: ניהול עסק ללא רישיון, הפרת תנאים בהיתר רעלים בנסיבות מחמירות, עיסוק ברעלים ללא היתר רעלים, הפרת צו פינוי רעלים וזיהום מקור מים. בדצמבר 2010 אושרה תביעה ייצוגית נגד מפעל כרמל כימיקלים בשל מפגעי ריח.
