משרד הביטחון ביצע שינוי ארגוני רחב-היקף, מבלי לבחון כיאות את הצורך בו, מבלי להציב לו יעדים ומבלי לקבל את אישור השר דאז, אהוד ברק. כך אומר (יום ד', 12.3.14) מבקר המדינה, יוסף שפירא.

את השינוי הניע בדצמבר 2010 המנכ"ל דאז, אלוף (מיל.) אודי שני. בין השינויים: איחוד אגף ארגון, בקרה ומינהל עם אגף משאבי אנוש והקמת אגף מינהל ומשאבי אנוש; ביטול אגף היועץ הכלכלי למערכת הביטחון כאגף עצמאי, ומיזוגו והכפפת יחידותיו לאגף התקציבים; העתקת יחידת תובלה ושינוע חו"ל ממינהל ההרכשה והייצור לאגף מבצעים לוגיסטיים ונכסים; והעתקת החטיבה להרכשת שירותים בכיוון ההפוך.

הנהלת משרד הביטחון לא גיבשה מסמך המסכם ומבסס את הצורך בשינויים, מפרט את יעדיהם וכיצד הם עשויים להוביל לשיפור עבודת משרד הביטחון. נוסף על כך, אף שמדובר בשינויים ארגוניים מהותיים רבים, לא נמצאו סימוכין לכך ששני הציג אותם בפני ברק וקיבל את אישורו לביצועם.

אגף הארגון במשרד לא נטל חלק בעיצוב השינויים, למרות שיש לו ידע וניסיון רבים בתחום השינויים הארגוניים. בהזמנה לקבלת שירות של ייעוץ לבחינה אסטרטגית ארגונית עבור מנכ"ל משרד הביטחון, לא פורטו מהות הייעוץ ומטרותיו, התכנים שאליהם נדרש היועץ להתייחס ועוד. לא נמצאו במשרד הביטחון מסמך מסכם של תוצאות בחינה ארגונית שערך היועץ, ומסמכי מצע והכוונה שהכין לקראת הדיונים שהתקיימו במשרד הביטחון בעניין השינויים הארגוניים.

ניירות המטה, שעליהם התבססו הדיונים בעבודת המטה שקדמה לביצוע השינויים הארגוניים, לקו בחסר, כיוון שלא כללו בחינה והתייחסות לסוגיות שלהן השפעה מהותית על ההחלטות בדבר השינויים הדרושים, כגון: רמת התפקוד של היחידות ושל האגפים, ניתוח הצורך בשינויים, והשפעתם על איכות השירות שניתן לצה"ל ולגופי משרד הביטחון.

לא נקבעו לשינויים הארגוניים יעדים, אבני דרך ומדדים לבקרה ולבחינת תוצאותיהם - לא בהיבטים איכותיים של שיפור תהליכי עבודה ושירות, שהשינויים היו אמורים להוביל, ולא בהיבטים כמותיים של חיסכון עקב שינויים במבנה הארגון ובתקינה.

אגף היועץ הכלכלי היה גוף אזרחי, ואגף התקציבים הוא גוף שיש לו גם כפיפות צבאית. בביטול התפקיד של ראש אגף היועץ הכלכלי ובמיזוג והכפפת יחידותיו לאגף התקציבים, עלולה להיות פגיעה ביכולתו לשמש גורם אזרחי, עצמאי ואוביקטיבי, שיכול להציג בפני מנכ"ל משרד הביטחון עמדה מקצועית נוספת, שאינה נשענת בהכרח על עבודת המטה שמקיים צה"ל, ובכך לאפשר קבלת תמונה כלכלית רחבה ומאוזנת יותר הנדרשת לגיבוש עמדות מנכ"ל משרד הביטחון ושר הביטחון בנושאים כלכליים.

נציבות שירות המדינה היא הגוף המוסמך לאשר שינויים של תקני כוח-אדם בכל משרד ממשלתי. עם זאת, בכל הנוגע לשינויים הארגוניים במשרד הביטחון, פעילותה באה לידי ביטוי באישור השינויים המוצעים בלבד, ולא נמצא שהיא בחנה ביסודיות את הצעות משרד הביטחון לשינויים ארגוניים, לרבות השפעותיהם האפשריות על סדרי העבודה במשרד הביטחון.