תנ"צ אפרים ברכה, העומד בראש היחידה הארצית לחקירות הונאה, ניהל שיחות רבות בטלפון עם הרבנית דבורה פינטו - גם ביום שבו נחקרה הרבנית יחד עם הרב יאשיהו פינטו, על-ידי המשטרה, בפרשת חזון ישעיה. ל-News1 נודע, כי ברכה הסתיר שיחות אלה ממפקדיו - שיחות שנערכו על-רקע הקשר האישי לבני הזוג. מאוחר יותר, כשנדרש לעדות בנושא, הוא מסר גירסה כוזבת ומפלילה. למרות כל זאת, תנ"צ ברכה זוכה לגיבוי וחיפוי מצד פרקליט המדינה שי ניצן ומצד היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין.
