אומ"ץ ציינה בתגובתה, בהתבסס על החשיפות ב-News1, כי הגשת כתב האישום נגד יאשיהו פינטו נעשתה לאחר חקירה שנוהלה תוך ניגוד עניינים. זאת, בשל ליקויים רבים, ובהם: ניצב (כתוארו אז) סגלוביץ' היה הקצין הממונה הישיר על תנ"צ ברכה, שהיה מעורב בפרשה.

"לא נשוב ונפרט את היקפו של העיוות הטמון בביצוע חקירה בעניין חשדות נגד קצין משטרה בידי משטרת ישראל, ולא בידי הגוף המוסמך לכך - המחלקה לחקירות שוטרים. זאת, בניגוד מפורש להוראת סעיף 49ט(א) לפקודת המשטרה. אלא שבעניין דנן, לא מדובר אך בליקוי במישור העקרוני אלא בתקלה שנגרמה הלכה למעשה כתוצאה מניגוד העניינים הבולט, החריף, חסר התקנה, שאליו נקלעו הן משטרת ישראל והן החוקרים בתיק החקירה כנגד המשיב 5 (פינטו) והן המשיב 4 (ברכה) עצמו, ששימש בתיק זה הן כממונה על החוקרים ו/או עמיתיהם לעבודה, הן 'קרבן העבירה' שבה נחשד המשיב 5 (פינטו, והן עד בחקירה", לשון התגובה.

עוד ציינה אומ"ץ כי עובר לגביית עדותו של ברכה בחנה המחלקה לחקירות שוטרים את התיק וסברה כי "בנסיבות העניין אין מקום להעברת סמכות החקירה ממשטרת ישראל אליה". "העותרת תוהה כיצד זה לא נתבקשה חוות דעתה של מח"ש גם לאחר גביית עדותו של ברכה לצורך קבלת החלטה על בסיס חומר הראיות השלם".

בתשובתה לבג"ץ טוענת אומ"ץ עוד כי מכלול הראיות בחומרי החקירה והפרכות בגרסתו של ברכה מוליכות למסקנה חד-משמעית בדבר הצורך לפתוח בחקירה פלילית נגד ברכה.

בין היתר ציינו כי החשדות נגד ברכה אינם נסמכים אך ורק על עדותו של פינטו, אלא נתמכים בגרסאות ובעדויות חיצוניות - גם לשיטתם של פרקליט המדינה ושל היועץ המשפטי לממשלה. כך, מציינים באומ"ץ את עדויותיהם של יוסי עמוס, משה עזיזה, אריה עמית, חיים קליין ודורון וייס.

עוד הם מציינים כי וינשטיין וניצן ציינו כאחד הנימוקים לכך שאין בסיס לחקירה נגד ברכה את עדותו בפני ה'חוקרים' כי לא קיבל בעבר טובות הנאה מפינטו. "ומה בכך? האם ציפו ממי ש'חקרו' אותו או 'גבו' ממנו עדות כי יודה מיוזמתו בקבלת טובות הנאה לאורך שנים, שעליהן לא דיווח?", תמהו.

בהקשר זה של מחדלי החקירה, ציינה העתירה את חשיפת News1 אודות הימנעות וינשטיין וניצן מבדיקת חשבונות הבנק של אפרים ברכה. "מחדל זה מרוקן מתוכן את בדיקת כל יתר החשבונות שבהם פעל המשיב 4 (ברכה). שוו בנפשכם אדם החשוד בלקיחת שוחד המבקש מחוקריו שלא לבדוק חלק מחשבונות הבנק שבהם פעל, וחוקרי המשטרה נענים לבקשה משונה מעין זו. הדבר מעורר תהיות חמורות הן באשר למניעיו של המשיב 4 (ברכה) לבקש הטבה חריגה כזו, והן באשר לדרכי הפעולה של החוקרים - האם חקר האמת עמד לנגד עיניהם, או שמא הרצון להימנע מלהיתקל חלילה בראיה שתפליל את חברם".

התגובה לבית המשפט העליון כוללת גם טענה בדבר סתירות בעמדותיהם של פרקליט המדינה, היועץ המשפטי לממשלה, ראש מח"ש ואפרים ברכה.

"תגובותיהם המשלימות מלמדות כי המסקנות ה'מנקות' את המשיב 4 (ברכה) נובעות משורה של ספקולציות, מסקנות לוגיות ערטילאיות הנגזרות כביכול מהעובדות - ואולם אין כל הצדקה להיגרר לטיעונים ספקולטיביים כשניתן בקלות לבדוק לאשורן את העובדות עצמן", נכתב בתגובה.

אחת הדוגמאות לכך היא טענת המשיבים על-אודות אי-איזכור מתן טובות הנאה בהקלטות שנאספו בחקירה הסמויה. אומ"ץ ציינה בתגובתה כי המשיבים עצמם הודו כי ההקלטות הסמויות למכשיר הטלפון של ברכה לא התנהלו ברציפות בשל רצון לשמירת פרטיותו. "האם כך פועלת משטרה במטרה להפריך או לאשש חשד פלילי נגד חשוד?".

עו"ד יועז ציין כי הקו המנחה הנשקף מטיעוניהם של וינשטיין, ניצן וברכה, שעל-פיו נקודת המוצא היא שקצין המשטרה הוא נקי וזך ומצוי מעל לכל חשד, ואילו הרב נותן השוחד - כל טענותיו מרמה, ומשקל עדותו אפס.

"הרי לך סיבה נוספת לכשל הטמון בניהול חקירה זו בידי המשטרה ולא בידי מח"ש", כתב.

"קיומה של חקירה פלילית בעניינו של המשיב 4 (ברכה) מתחייב אפוא, הן כעניין נורמטיבי והן כעניין עובדתי. יש לשלול את ניסיונם של המשיבים 1-3 ושל המשיב 4 (ברכה) עצמו ביתר שאת, לייצר דה-פקטו נורמה אחרת בעניינם של נושאי משרות ציבוריות, ובפרט בעניינם של קציני משטרה, המציבה כביכול רף גבוה יותר מאשר בעניינו של אזרח מן השורה, לצורך פתיחת חקירה פלילית. זאת, בניגוד להלכה פסוקה של בית משפט נכבד זה, בניגוד לדין ובניגוד לשכל הישר", ציינה אומ"ץ בתגובתה.

עוד ציינה כי למרות שוינשטיין וניצן מסכימים ברמה העקרונית כי אם מרחפת עננת חשדות מעל לראשו של עובד ציבור, ובמיוחד קצין משטרה בכיר, הרי שהאינטרס הציבורי מחייב פתיחת חקירה - במישור המעשי הם נמנעים מהחלת עיקרון זה על תנ"צ ברכה.

בתגובה לטענות ברכה בפני בית המשפט כי לפתיחת חקירה פלילית נגד קצין משטרה יתלוו תוצאות קשות - הן לקצין עצמו והן למערכת המשטרתית כולה - ציינה אומ"ץ כי בכך רמזה באת-כוחו של ברכה כי בשאלת פתיחת חקירה פלילית נגד קצין משטרה יש להחיל רף נורמטיבי שונה.

"אם נחפש הבדל בין החלטה בדבר פתיחה בחקירה פלילית נגד אזרח מן השורה לבין החלטה בעניינו של קצין משטרה - נגלה כי דווקא עם קצין המשטרה יש לנקוט בגישה מחמירה יותר", טוענת אומ"ץ, בהזכירה את דברי בית המשפט העליון בפרשת ראש אגף החקירות דאז משה מזרחי (בעקבות החשיפות ב-News1 הועבר מזרחי מתפקידו ולאחר מכן פרש מהמשטרה), שבה ציין כי תפקידם של אנשי המשטרה אינו מציב אותם כחסינים בפני חקירה אלא דווקא מציב בפניהם סטנדרטים גבוהים יותר של חובת אמון, הגינות והקפדה על החוק.

לסיכומם של דברים ציין עו"ד יובל יועז כי היועץ המשפטי לממשלה, פרקליט המדינה וראש מח"ש לא עמדו בחובתם לוודא שחקירתו של אפרים ברכה תעבור לידי הרשות המוסמכת לכך - המחלקה לחקירות שוטרים במשרד המשפטים. "בכך נגרם ניגוד עניינים חריף ועיוות מהותי בחקירה", טען והוסיף כי לא מדובר בשאלה של שיקול דעת העומד למבחן סבירות אלא בהפרה בוטה של נורמות חקוקות.

עוד הוסיף כי החקירה במשטרה כוונה אך ורק נגד הרב יאשיהו פינטו ולא ניתן לראות בה הליך חקירתי של ממש בעניינו של ברכה. זאת, בזמן שנגד ברכה הצטברו ראיות רבות העולות בהרבה על התשתית העובדתית הראשונית. "ניסיון להפריך ראיות אלה הוא ספקולטיבי וערטילאי", ציין.

לדבריו, מכלול הכשלים הללו מבסס עילה להתערבות שיפוטית מצד בית המשפט העליון בהחלטותיהם של היועץ המשפטי לממשלה, של פרקליט המדינה ושל ראש מח"ש.