רשם העמותות מתכוון לבקש לפרק את עמותת בית הכנסת הגדול בירושלים, אם לא יקבל מענה מספק לליקויים החמורים ולחוסר החוקיות עליהם מצביעה ביקורת שנערכה מטעמו.
כוונתו של הרשם נחשפה בפסק דינו של שופט בית המשפט המחוזי בירושלים,
עודד שחם, אשר דחה (25.2.16) את בקשת היכל שלמה לפרק את עמותת בית הכנסת. היכל שלמה - השוכן בצמוד לבית הכנסת ובמשך שנים רבות היה קשור אליו ארגונית - טען ששילם לרשות מקרקעי ישראל דמי חכירה בסך 7 מיליון שקל, מתוכם אמור היה בית הכנסת לשלם מחצית אך לא פרע את חובו.
לדברי שחם, היכל שלמה הציג "תשתית לא מבוטלת" לטענתו זו, בעוד חלק מטענות בית הכנסת אינן מצביעות על מחלוקת כנה שיש לפתור בהליך כספי רגיל. עם זאת, בשורה התחתונה הוא קובע שאינו יכול לשלול את קיומן של טענות ראויות מצד בית הכנסת, ויש לנקוט בגישה זהירה לנוכח משמעותו מרחיקת הלכת של הליך פירוק. בשולי ההחלטה מציין שחם, כי רשם העמותות הודיע שהוא מאיים לפרק את העמותה, וכי במידת הצורך יוכל לבקש עד 1.5.16 להחליף את היכל שלמה כמבקש בתיק הקיים.
הודעתו של רשם העמותות נשלחה לבית הכנסת ב-9.2.16 והיא מגוללת למעלה מעשור של מגעים לתיקון שורה של ליקויים שהתגלו בביקורות שערך הרשם, ואשר מנעו מהעמותה אישור על ניהול תקין. הליקויים מתמקדים במשפחת יפה: ד"ר משה יפה המנוח ייסד את בית הכנסת, אלמנתו אלה יפה מקבלת מבית הכנסת קיצבה, בניו עו"ד זלי יפה וזאב יפה היו שנים רבות חברי הנהלה, ובנו אלי יפה הוא מנצח מקהלת בית הכנסת.
הרשם טוען, כי הקיצבה המשולמת לאלה יפה - 250,000 שקל בשנה - היא חלוקת רווחים אסורה, שכן בעלה המנוח היה נושא משרה בעמותה פחות מארבע שנים, והיא מקבלת את הקיצבה מזה כ-30 שנה. עוד צוין, כי שכרו של אלי יפה מגיע ל-350,000 שקל בשנה, וכי מדובר בחריגה מן הכלל הקובע ששכרם של בני משפחתם של חברי הנהלה לא יעלה על 10% מכלל הוצאות השכר בעמותה. הרשם גם הצביע על כך שבשנת 2013 היה לעמותה גרעון של 11.8 מיליון שקל, בעוד הכנסותיה עמדו על 3.2 מיליון שקל; היא אינה מפעילה מאז 2012 את אולם האירועים שלה; והיא חייבת מיליוני שקלים לרמ"י.
בדוח הביקורת שהוגש לרשם הומלץ לפעול לפירוק העמותה, ואם היא תסכים לפעול לתיקון הליקויים - להפסיק מיידית את התשלומים לאלה יפה ולתבוע החזרים ממנה ו/או מחברי ההנהלה שאישרו את תשלומי היתר. הרשם דחה את הסבריה של העמותה, והזהיר, באמצעות עו"ד אתי ברנפלד-לוי, כאמור שהוא יבקש את פירוקה אם לא יקבל תשובות מספקות.
בית הכנסת השיב, באמצעות עו"ד ליאור פרי, באומרו שמדובר בטענות מקוממות המלמדות שהרשם מתבסס על דוח מגמתי שמטרתו האחת והיחידה היא לפרק את העמותה. לדברי פרי, הרשם מתעלם מכך שמשה יפה הקדיש עשרות שנים לבית הכנסת; ההחלטה על הפנסיה לאלמנתו התקבלה לפני שחוק העמותות אסר חלוקה; זלי יפה וזאב יפה התפטרו מוועד העמותה; העמותה הסכימה למינוי חשב מלווה; אלה יפה הפחיתה את הפנסיה ב-35% בשל מצבה של העמותה; אלי יפה הוא מהמובילים בעולם בתחומו ומקבל שכר נמוך משל מנצחים אחרים. עוד אומר פרי, כי הטענות שמעלה הרשם הן פרי "סיכול ממוקד" של בני משפחת יפה שבחרו לבצע מקטרגים שנותרו בעילום שם.
ברנפלד-לוי השיבה באומרה, כי מכתבו של פרי הוא מחזור של הטענות שהעלתה העמותה לאורך שנים ואשר נדחו בידי הרשם. לדבריה, דוח הביקורת שהוגש באפריל 2015 מלמד שהליקויים עומדים בעינם, ובראשם הגרעון הכבד, תשלום הפנסיה לאלה יפה והחוב לרמ"י. עוד היא מציינת, כי העמותה לא חתמה על תוכנית לתיקון הליקויים, ולכן אין ממש בהסכמתה למינוי חשב מלווה.
"לא מצאנו כי מכתבך מעלה טענות או עובדות חדשות אשר יש בהן כדי להוכיח, כי הליקויים הרבים שנמצאו בהתנהלות העמותה תוקנו לשביעות רצון הרשם", מסכמת ברנפלד-לוי. "לפיכך, הרינו להודיעך, כי בכוונת הרשם לפנות לבית המשפט הנכבד בבקשה להורות על פירוק העמותה".