לאחר שבכירים בצה"ל הצהירו כי פקודת השירות המשותף החדשה לא תשונה, נראית התחלה של ירידה מן העץ, לאחר הרמטכ"ל החל להבין את גודל הקרע שיוצרת הפקודה באמון שרוחשת הציונות הדתית לראשי הצבא.

הכתב הצבאי של השבועון מקור ראשון, יוחאי עופר, מדווח (יום ו', 17.3.17) כי בשבועות האחרונים, עוד לפני התלקחות הפרשה החדשה הקשורה ברב יגאל לוינשטיין, החלו לעמול בצבא על הכנסת שינויים בפקודת השירות המשותף. ועדה מיוחדת, המתכנסת אחת לכמה חודשים, עסקה בניסוח את הפקודה החדשה. בין השאר חברים בוועדה יועצת הרמטכ"ל לענייני מגדר, קצין החינוך הראשי, הרב הצבאי הראשי, ראש מנהל אוכלוסיות, קצין השלישות הראשי, ראש מחלקת מדעי ההתנהגות, מפקד בדרגת אלוף-משנה מהמערך הלוחם וראש ענף משטר ומשמעת.

בפקודה המקורית נאמר כי חייל דתי יוכל לבקש פטור מתורנות או מנסיעה משותפת עם חיילת, וכן לבקש להימנע מכל פעילות משותפת עם בנות כולל תרגולי ספורט או שמירה. כמו-כן הוא יוכל לקבל פטור מפעילות משותפת כלשהי ומהאזנה לשירת נשים באירוע שאינו רשמי. למעשה, עוד לפני שיבוצו ליחידה בתחילת שירותו הצבאי הוא יישאל אם יש לו מניעה דתית לשרת ביחידה מעורבת. אם ישיב בחיוב, הוא יוצב ביחידה מגדרית.

בנוסח המקורי של פקודת השירות המשותף, חופש הבחירה של קצינים או נגדים מצומצם הרבה יותר. נאמר בה ש"לא תינתן לו (לקצין או לנגד) בהכרח האפשרות לשרת במסגרת מגדרית. שובץ קצין או נגד שאורח חייו דתי ביחידה לוחמת מעורבת וביקש כי הדבר ייבחן בשנית, יובא הדבר טרם תחילת תפקידו להחלטת ראש אגף כוח אדם בהתבסס על המלצת הרב הצבאי הראשי, וזאת מתוך התחשבות ברגשותיו של הקצין או הנגד".

אמש דווח בחדשות 2 כי הצבא מנסה להרגיע את רוחות הסוערות, ושולח מסרים מרגיעים לראשי ישיבות ההסדר והמכינות הקדם-צביות, הטוענים כי כל הסיכומים וההבטחות שנתן להם הרמטכ"ל גדי איזנקוט הופרו. כעת מתנהל דין ודברים על ריכוך הסעיף הזה. גורם הבקיא בשיח בין הרבנים לצבא, סיפר למקור ראשון כי עלתה בקשה לא לחייב קצין דתי לשרת בגדודים מעורבים. עוד עלתה לדיון סוגיית ההפרדה בבית הספר לקצינים בה"ד 1, והתקבלה כבר בקשת הרבנים כי צוערים דתיים יוכלו לשרת בפלוגות מגדריות, ולא יידרשו עוד להצטוות לפלוגות מעורבות כפי שקרה בחודשים האחרונים לאחר סגירת פלוגות שבהן שירתו בנים בלבד.

נושא הגדודים המבצעיים המעורבים עלה אף הוא. הרבנים דורשים לחדד את הפיקוח על הנעשה בגדודים אלה ולהקפיד על אכיפת פקודות הצבא גם בהם, כדי לשמור על אופיו של הצבא.