הרב שמואל אליהו הגיב (יום ה', 18.1.18) לדבריו של יו"ר הבית היהודי, השר נפתלי בנט, לפיה קריאתו לפטר את הרמטכ"ל גדי איזנקוט חצופה, ובראיון לרדיו גלי ישראל אמר כי הוא שמח שבנט חזר בו.

"הוא היה צריך להילחם נגד המגמות הפמיניסטיות שחדרו לצבא והנסיונות לטשטוש המגדר שצמחו ממוח מעוות. אנחנו היינו מצפים שיושב-ראש הבית היהודי יעמוד לכל הפחות מאחורי החיילים שבחרו בו. במקום זה, אנחנו לא רואים אותו בכלל, שום דבר, הוא בדממה גמורה, לא ראינו אותו פעיל בשום שלב של המאבק מול הצבא.

"לפי דעתי, זו נקודה שלילית מאוד בהתנהלות שלו, ואני באמת חושב שהוא צריך לעשות חישוב מסלול מחדש ולראות אם הוא באמת פועל נכון מול הציבור שבחר בו. הציבור שבחר בו מצפה שהוא יפעל, והוא לא פועל. בזה שאתה מתקיף אותי אתה לא פותר שום בעיה. יש הרבה קולות שאומרים שהבית היהודי הוא מתפקד לפעמים, כמו ליכוד ב', כמו מפלגה ימנית שמאגפת קצת את הליכוד. הבית היהודי צריך לייצג את הנושאים הדתיים. מתי שמעת שלמשל הבית היהודי פעיל בנושא מינוי רבנים? מינו עכשיו רב בטבריה ורב במבשרת ציון ורב לבת ים. הבית היהודי לא נקף אצבע, כלום, לא מעניין אותו. לא מעניין אותו, כי כל מה שקשור לנושא דת ויהדות זה מחוץ לתחום בשבילו. חבל, חבל מאוד. היינו מצפים שהבית היהודי בהחלט יתעסק בנושאים האלה שהם חשובים מאוד לציבור הדתי ולציבור שבחר... ההתיישרות האוטומטית של בנט ברגע הראשון שאמרתי את דברי וביציאה כל כך מחוצפת מבחינתו, זה טעות זה טעות, זה מייצב אותו ממש לא בציבור של הבית היהודי".

הרב אליהו הוסיף כי איזנקוט קשר לחיילים את הידיים כמו בפרשת אלאור אזריה והביא לביטול שיעור תורה לחיילים בתחנת המתנה להסעות. לדבריו, קריאתו לפטרו הגיעה רק לאחר שההגיעו מים עד נפש.

ראש ישיבת ההסדר בקריית שמונה, הרב צפניה דרורי, אמר מנגד כי הוא מקבל את התנצלותו של בנט ומאמין כי לא התכוון לפגוע.

הרב הראשי הספרדי יצחק יוסף גיבה את הרב אליהו ובשיחה בינהם גיבה אותו על עמידתו האיתנה לצד עמדת הרבנות הראשית בעניין גיוס בנות. לדברי הראשון לציון: "אביך הרב מרדכי אליהו זצ"ל שמח בך בשמיים, אל תירא ואל תחת". עם זאת, בגיבוי לא הייתה תמיכה בקריאה להתפטרות הרמטכ"ל.

בתוך כך החתימו פעילים דתיים של מפלגת העבודה, יאיא פינק וחילי טרופר, עצומה המבקשת לעמוד לצד הרמטכ"ל נגד הקריאה לפיטוריו. בחותמים גם הדתל"ש יועז הנדל. מנגד, החתימו צעירים הציונות הדתיות רבים לתמיכה בדברי הרב אליהו והרב אבינר.

ח"כ יעקב פרי (יש עתיד), שנאם בפורום בר-אילן, תקף את הציונות הדתית: "האם אנו לקראת הפיכת ישראל למדינה דתית? והאמנם זהו איום? נראה כי ישראל דועכת לקראת היותה בעלת רוב דתי. להוציא הערות שוליים, רובן ציניות, אף אחד בישראל לא בוחן לעומק את המשמעויות וההשלכות. אפשר כבר היום לזהות בקרב גורמים מרכזיים בציונות הדתית גבהות-לב, רהב ויותר מקורטוב של חשיבה משיחית. אסור להפוך את הסכסוך למלחמת דת. אסור לנו לדחוף את עם ישראל ואת מדינת ישראל למעמד חסר כבוד של עם לבדו ישכון ובגויים לא יתחשב". על תחקיר עובדה שחשף כי שיקר, אמר: "אני בעד חופש העיתונות והביקורת, אך כתבות שכאלו צריכות להיות יותר מדויקות ויותר שלמות. מי שמכיר את מגבלות מכשיר הפוליגרף יכול להבין את כוונתי. אסתפק ואומר כי אני ממשיך ואמשיך גם בעתיד לפעול למען הציבור בישראל".