זכותו של החייל לשמור על אורח חיים דתי היא אחת המוסכמות הברורות בצה"ל, המעוגנות היטב בפקודות הצבא. אולם חלק ממפקדי צה"ל, הממונים על שמירת הפקודות, במקום לקיימן בחרדת קודש, חרף אילוצים מסוגים שונים, לא מנעו פגיעה ברגשותיהם ובאמונתם של חיילים המקפידים על אורח חיים דתי.

מספר הקבילות בנושאי דת ב-2017 היה 68 לעומת 36 בשנת 2016 - עלייה של כ-19%. עם זאת מדובר באחוז מזערי של הקבילות (0.6%), לנוכח העובדה שחיילים דתיים ממעטים לקבול. דוגמאות לכך מביא (יום ב', 25.6.18) נציב קבילות החיילים יצחק בריק בדוח שפרסם:

חייל ביחידת בינוי מרחבית אולץ לעבוד במהלך השבת כדי לתקן תקלת חשמל בבסיס. החייל, שהיה חשמלאי תורן ביום שישי, הוזעק לתקן תקלה בכבל חשמל שנפגע בקו הביוב הנמצא באזור המטבח, עבודה שהוגדרה כדחופה מאחר שהמטבח נסגר לבישול בעקבות התקלה. החייל טען כי לא ניתן לתקן את קו החשמל בזמן סביר, ולכן המליץ להמתין ליום ראשון ולהעביר את המזון לחדר אוכל אחר, ולחלופין - לחבר מחולל (גנרטור) נייד לצורך הספקה זמנית של החשמל.

האפשרות היחידה לספק חשמל למטבח מיד הייתה באמצעות חיבור מחולל נייד. אולם חיבורו הושלם כשעה וחצי לאחר כניסת השבת. מאחר שמדובר בבסיס מבצעי, הספקת החשמל למטבח הייתה הכרחית למען המשך תפקודו התקין של הבסיס. נוסף על כך, במקררי המטבח הייתה כמות רבה של מזון, שהיה מתקלקל אלמלא חודשה הספקת החשמל, וחיילי הבסיס שנשארו בו במהלך סוף השבוע היו נותרים ללא מזון.

אולם בניגוד לפקודות, הדיווח לרב הבסיס נעשה כבדרך אגב, כחצי שעה לפני כניסת השבת. הרב החילי הבהיר כי הייתה חובה להיוועץ בו או עם רב הבסיס מראש ולקבל את אישורם טרם ביצוע העבודות בשבת. בעקבות האירוע נערך תחקיר והופקו לקחים למניעת הישנות המקרה.

במקרה אחר, המזון המוגש לחיילי צה"ל הסועדים בחלק ממטבחי המוצבים של משמר הגבול לא עמד בקנה אחד עם דרישות הכשרות בצה"ל, אף שהאחריות לכשרות המזון והפיקוח על הכשרות במטבחים אלו היא של רבנות מג"ב. בדיקת העניין ע"י הנציב גילתה כי מאז שנחתמה אמנה בעניין בין צה"ל למג"ב ב-2007 - לא נתנו גורמי צה"ל מענה הולם לסוגיה זו. בצה"ל הודיעו שהליקוי יתוקן.

באחת הקבילות הלין חייל על שלא ניתן לו ולחבריו ביחידה לממש את מלוא זכאותם לימי "השתלמות תורנית". באחריות גורמי הרבנות הצבאית לערוך השתלמות תורנית לחיילים דתיים בתדירות שלא תפחת מממוצע של יום אחד בחודש. על-פי פקודות מטכ"ל, על מפקדים לאפשר לחיילים להשתתף בהשתלמויות בתדירות של שלושה ימים לפחות, על פני תקופה של שלושה חודשים.

בדיקת הנציב מצאה כי במקרים מסוימים, ימי "השתלמות תורנית" ביחידה התקיימו בהתאם להבנת גורמי הפיקוד את פקודות הצבא בנושא, אשר אינן מגדירות בבירור מהו מספר השעות הנדרש ליום "השתלמות תורנית". גם הרבנות הצבאית הראשית לא הגדירה עד לאותה העת מהו פרק הזמן המוגדר ליום "השתלמות תורנית". במהלך בירור הקבילה הורה מפקד היחידה להאריך את משכו של יום "השתלמות תורנית" בהתאם להנחיית הרבנות הצבאית הראשית,
שהתקבלה באותם הימים וקבעה כי יום "השתלמות תורנית" יכלול ארבעה שיעורים.

הנציב המליץ לגורם הרלוונטי ברבנות הצבאית הראשית כי יפעל להבהרת משך הזמן הנדרש לקיום יום "השתלמות תורנית" בפקודות הצבא בנושא. בהתאם לכך יהיה אפשר לחדד את הסוגיה בקרב כל גורמי הצבא הרלוונטיים כדי למנוע אי-הבנות דומות בעתיד.

ממשטרת ישראל נמסר: "בגזרת איו"ש של משמר הגבול כ-14 מטבחים מבשלים העומדים באמות המידה המחמירות של משטרת ישראל, אולם לאור היותם פועלים בגזרת איו"ש, צה"ל היה צריך להקצות במסגרת הסכם האמנה כ-15 תקנים (חיילים) למשגיחי כשרות במטבחי מג"ב. לאחרונה דן ראש המטה של פיקוד מרכז בסוגיה והחליט להקצות מיד את התקנים למג"ב. בימים אלו מיישמים את החלטתו להצבת התקנים כנדרש".