שר הביטחון לשעבר, משה יעלון, פנה (יום א', 11.11.18) אל היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, בשורת טענות על מחדלי חקירה שנעשו, לטענתו, בחקירת פרשת הצוללות. בין היתר טען כי כלל לא בוצעו חיפושים במשרד ראש הממשלה ובמשרדים של עורכי הדין שמרון ומולכו, מקורביו של נתניהו.

"מדוע לא הוצאו מייד צווי חיפוש במשרד ראש הממשלה, במל"ל, ובמשרד עורכי הדין שמרון ומולכו? (ככל הידוע, לא בוצעו חיפושים במשרדים אלה עד היום)", כתב. עוד הוסיף כי הוא אינו מבין מדוע מנדלבליט הודיע שוב ושוב שראש הממשלה אינו מעורב בפרשה למרות שהיו בידי החוקרים שני מסמכים המעידים אחרת.

"מדוע זומן ראש הממשלה להעיד עדות פתוחה בשלב כל כך מאוחר של החקירה, כאשר כבר בתחילתה היו ברשות החוקרים מסמכים המעידים על מעורבותו האישית וחייבו חקירה באזהרה?", כתב.

במכתבו תמה יעלון מדוע מיהר מנדלבליט להגיב על התחקיר של העיתונאי רביב דרוקר בנובמבר 2016 באמירה שלפיה 'אין חשד לפלילים בפרשה', אמירה שהתבררה כטעות לנוכח ההמלצות להגיש כתבי אישום חמורים נגד שורת בכירים. עוד טען כי מנדלבליט היסס בפתיחת החקירה מיד לאחר התחקיר ולאחר שהוא, שהיה שר הביטחון, פנה אליו וכי כשכבר החליט לפעול - הורה על פתיחת 'בדיקה' ולא 'חקירה'.

לטענתן יעלון, מנדלבליט כיוון את הבדיקה למשרד הביטחון, כולל הוצאת צו חיפוש במשרד היועץ המשפטי של משרד הביטחון. כמו-כן, השתהה מנדלבליט עד יולי 2017 עם המעצר ועם צו החיפוש שהוציא למשרדו של מיקי גנור.

עוד טען כי לא בוצעה חקירה של האישור שניתן לגרמניה למכור צוללות מתקדמות למצרים, ולא נחקר נשיא המדינה, ראובן ריבלין, שניסה לברר את פרשת הצוללות מול קנצלר גרמניה, אנגלה מרקל.

יעלון הוסיף כי מעבר להיבט הפלילי עולות מן הפרשה ומחקירתה שאלות נוספות הנוגעות להיבט הציבורי ובהן שאלת האחריות המיניסטריאלית של ראש הממשלה למתרחש בלשכתו ובסביבתו, במיוחד על-רקע העובדה שאף גורם במשרד הביטחון לא נחקר כחשוד בפרשת הצוללות.

לדבריו, הוא אינו חסיד של ועדת חקירה ממלכתית, אך אם הגורם האחראי - קרי נתניהו - לא יקבל אחריות, או שהמערכת לא תגרום לו לשאת באחריות - "נראה לי שאנחנו מתקרבים לצורך בזה", חתם את מכתבו.