בג"ץ הורה (יום ב', 4.3.19) לשר המדע,
אופיר אקוניס, לשקול מחדש עוד לפני הבחירות את החלטתו שלא לאשר את מינויה של פרופ' יעל אמיתי למועצת הנגידים של קרן גרמניה-ישראל למחקר ולפיתוח מדעי. מן ההחלטה עולה, כי אקוניס למעשה חייב למנות את אמיתי - גם אם השופטים
ניל הנדל ו
אלכס שטיין נמנעו מלכפות עליו את המינוי. השופט
ג'ורג' קרא סבר, כי יש להורות במישרין על המינוי.
אקוניס לא קיבל את המלצת הדרג המקצועי במשרדו, מאחר שבשנת 2002 חתמה אמיתי על עצומה שהביעה תמיכה בסרבנות לשרת בשטחים וקראה לקהילה המדעית לסייע לסרבנים, והסביר שמדובר בעבירה פלילית. היועץ המשפטי לממשלה דחה את עמדתו והציע לבג"ץ לקבל את עתירתם של אמיתי ושל ועד ראשי האוניברסיטאות, בעוד אקוניס הופיע בעצמו בדיון ונימק את עמדתו.
הנדל אומר כי אמיתי תמכה בסרבנות סלקטיבית היא בלתי חוקית, המהווה איום ממשי על הדמוקרטיה הישראלית, והתחשבות בכך אינה מהווה שיקול זר. אולם אמיתי לא הייתה אז בעלת תפקיד ציבורי, חלפו 16 שנים ולא הוכח שגם כיום היא עומדת מאחורי חתימתה (אם כי לא הביעה חרטה עליה). אקוניס היה רשאי להתייחס גם להתאמה הערכית של אמיתי, אך העובדה שהיועץ המשפטי סבר - בניגוד אליו - שהעצומה לא הייתה עבירה פלילית, משמיטה את הקרקע מתוך לנימוק עליו הצביע.
הנדל מוסיף: "שר המדע לא היה רשאי להסתמך על קריאתו הסובייקטיבית את הראיות והדין הרלוונטיים בחוק העונשין, תוך התעלמות מהבהרת היועץ המשפטי לממשלה כי מדובר בקריאה שגויה ונטולת עיגון. כאמור, השר הציג את עמדתו בצורה פסקנית, וללא כל ביסוס בדין ובפרשנותו. אינני מתעלם מכך כי השר אינו משפטן, ולא מצופה ממנו להיות כזה. אך דווקא חסר זה מבליט את הקושי בסטייתו מעמדת היועץ המשפטי לממשלה בכל הקשור לפרשנות ויישום הדין הפלילי בנסיבות תיק זה". מדובר בהגדרה שרירותית של אקוניס, שהיא בלתי סבירה ואינה יכולה לעמוד.
שטיין אומר כי אקוניס רשאי היה להביא בחשבון שיקולים ערכיים ו"לבחור מבין המועמדים הראויים לתפקיד מבחינת כישוריהם המקצועיים את האדם שמחזיק בערכים ובהשקפת עולם מדינית-חברתית הקרובים לאלו שלו. זאת, על-מנת להקל על השר להוציא את מדיניותו אל הפועל...שיקולים לבר-אקדמיים של התאמה ערכית הם שיקולים כשרים למהדרין במינוייהם של אלו שייצגו את השר, משרדו ומדינת ישראל במוסדות בינלאומיים". אולם הסמכות לקבוע האם אמיתי ביצעה עבירה פלילית אינה בידיו אלא בידי היועץ המשפטי לממשלה - שכאמור סבר שלא הייתה עבירה כזאת.
עוד אומר שטיין כי העובדה שלא ניתן לאקוניס ייצוג משפטי, עלולה להוביל לכך שעמדתו לא הוצגה לבג"ץ בצורה מיטבית; לדעת שטיין, זהו מקרה מובהק בו היה צריך לאפשר לשר ייצוג משפטי נפרד משל המדינה. אולם הוא מצטרף לעמדתו של הנדל, מאחר שאקוניס עצמו השמיע את עמדתו, "וכן מטעמים של ניקיון הדעת ועל-מנת להבטיח שמועמדותה של אמיתי כמדענית עתירת הישגים, ששמה הולך לפניה, תישקל על-ידי השר מחדש מבלי לקחת בחשבון את השיקול הפלילי השגוי".
קרא סבר בדעת מיעוט, כי "ענייננו אפוא במועמדת אחת שמועמדותה נפסלה בשל התבססות השר על סיבה אחת ויחידה. משנפסלה החלטת השר בנימוק של חוסר סבירות, ומשנפלה הסיבה היחידה שבה תלה השר את סיבת התנגדותו למינוי, לא נותר אלא להורות לשר להפעיל את סמכותו ולמנות את העותרת לתפקיד". את אמיתי וראשי האוניברסיטאות ייצגו עוה"ד רחל בן-ארי וענת לזר, ואת המדינה - עוה"ד יונתן נד"ב וענר הלמן.