משרדי הביטחון והחינוך למעשה אינם מפקחים על המכינות הקדם-צבאיות בכלל, ועל פעילות החוץ שלהן בפרט. כך קובע משרד
מבקר המדינה (יום ג', 2.7.19), בסיום הבדיקה המקדמית שערך בעקבות אסון נחל צפית באפריל 2018, בו נספו עשרה מחניכת מכינת בני ציון בטיול שקיימו למרות התראות מוקדמות מפני שטפונות. משרד המבקר הודיע, כי יבדוק שוב את נושא המכינות, הפיקוח עליהן והפקת הלקחים מן האסון.
משרד המבקר קובע, כי הפיקוח של משרד החינוך ושל משרד הביטחון על המכינות היה דל ביותר. הדבר בא לידי ביטוי בכך שלשני המשרדים אין תוכנית עבודה שנתית לפיקוח על המכינות, ואין כוח אדם ייעודי שעליו הוטלו משימות הפיקוח. המשרדים לא קבעו את מתכונת הפיקוח שלהם, לא קבעו מה האירועים שבנוגע אליהם חלה על המכינות חובת דיווח - למשל באירועי תאונה או כמעט-תאונה, ולא קבעו כיצד יבוצע פיקוח על התוכנית החינוכית-לימודית.
כתוצאה מכך, שני המשרדים לא זיהו את מוקדי הסיכון שיש לפקח עליהם - הן מבחינת סוגי הפעילויות והן מבחינת זהות המכינות. בפועל, פעולות הפיקוח מבוצעות ללא תיאום בין שני המשרדים, הן אקראיות ולא מתוכננות מראש. נציגי המשרדים ביקרו רק בחלק מצומצם בלבד של המכינות במהלך שנת לימודים, לא לכל הביקורים הכינו סיכומים, ואילו שקיימים - דלים מאוד בתוכנם.
נושא פעילות החוץ של המכינות והבטיחות של פעילות זו, המהווה נדבך משמעותי בפעילויות של המכינות, ואשר בו אירע אסון נחל צפית, כלל לא קיבל התייחסות בביקורים של נציגי משרדי החינוך והביטחון. המשרדים לא ביקשו מהמכינות להציג בפניהם הנחיות לפיהם הן מפעילות את פעילות החוץ; לא ביקשו דיווח על סוגי פעילויות החוץ והבטיחות בהן; ולא ביקשו דיווח על אירועים חריגים, לרבות תאונות או כמעט תאונות, והאם אירועים אלו תוחקרו והוסקו מהם מסקנות.
נציגי משרד מבקר המדינה ביקשו ממשרדי החינוך והביטחון לקבל דוחות וסיכומי תחקירים על-אודות אירועים חריגים לפני אסון נחל צפית, אולם לא היו בידי המשרדים מסמכים כאלו. מכאן, שאף שידוע על אירועים חריגים שאירעו בפעילות חוץ של המכינות, המשרדים לא תחקרו אותם באופן סדור - ובכך נפגעה יכולתם למנוע כשלים עתידיים.
מתוך תפיסה של עצמאות המכינות ומזעור המעורבות של משרדי החינוך והביטחון, הם לא גיבשו עקרונות לתוכנית חינוכית-לימודית (לא בתחום ההכנה לשירות בצה"ל ולא בתחומי הרוח והחברה), שתהווה מסגרת סף ללימודים ולפעילות ליבה, כשעליה כל מכינה תוכל להוסיף בהתאם לאופיה. כתוצאה מכך, כל מכינה פועלת כראות עיניה בתחומים אלה, מבלי שניתן להבטיח שיתקיימו פעולות הליבה, שהמשרדים רואים אותן כמחויבות.
כאשר מוקמת מכינה קדם-צבאית, משרד הביטחון אחראי על הקמתה ועל השנתיים הראשונות לפעילותה - ואז עוברת האחריות למשרד החינוך. נציגי משרד מבקר המדינה לא קיבלו נימוקים ענייניים לתהליך זה, שיש בו כדי לפגוע ברצף האחריות על המכינות ובפיקוח ובבקרה עליהן, ולכן ראוי לשקול את הצורך בהמשכו.
למשרד הביטחון אין מדיניות סדורה באשר למאפייני המכינות שניתן לאשר את הקמתן. המשרד לא קבע אמות מידה לאישור בקשות כאלו ואת התנאים הנדרשים לשם כך. בהעדר מדיניות סדורה ואמות מידה ברורות המגובות בתיעוד ההחלטות, הדבר מהווה פתח לקבלת החלטות לא עניינית ואף לא שוויונית. הדבר מעיד על כך שאין למשרד הביטחון תפיסה מגובשת באשר לצורך בהקמת מכינה, להרכבה ולתחומי עיסוקה.
משרד המבקר מסכם: "מפעל המכינות הקדם-צבאיות הוא מפעל ערכי התורם תרומה משמעותית לצה"ל ולחברה. ברם קיימת חשיבות עליונה - בבחינת צו ערכי עליון - לשמירה על בטיחותם של החניכים. כמו-כן, חשוב, כי משרד החינוך ומשרד הביטחון יממשו באופן מלא את אחריותם לפקח על פעילות המכינות בתחומים שהוגדרו ושיוגדרו בעקבות האסון שארע בנחל צפית. בנוסף, חלה החובה להבטיח שיושגו יעדי מפעל המכינות המצדיקים את דחיית השירות הצבאי של בני נוער, שניתן להבטיח שהפעילות הולמת את ערכי הצבא והמדינה, שתקציב מדינה שהוקצה לשם כך מנוצל ביעילות וליעדים שנקבעו, שניתנת הזדמנות שווה לכל נערה ונער לקחת חלק בתוכנית זו ושהיא נעשית תוך הקפדה על מירב כללי הבטיחות להבטחת שלומם של משתתפיה".
לדברי משרד המבקר, יחסי הגומלין המשולשים בין משרד החינוך, משרד הביטחון והמכינות, דורשים הסדרה - בעיקר בתחום הפיקוח והבקרה. הסדרה נדרשת גם בתחומים אחרים, לרבות בנוגע לבטיחות פעילויות המכינות והכשרת הסגלים ובעלי תפקידים שלהן. משרדי הביטחון והחינוך חייבים לפעול ללא דיחוי לתיקון הליקויים העיקריים בנושאי פיקוח ובקרה, בטיחות, הכשרות ודרישות סף מהצוות החינוכי, אורחות החיים במכינות, התוכניות החינוכיות המופעלות ועוד.
כמו-כן, יש צורך בבחינה מעמיקה של שאלות יסוד הנוגעות למכינות הקדם-צבאיות - מהותן וייעודן, ושילוב בני נוער מכל גווני קשת האוכלוסייה. כמו-כן נדרש לעמוד על יחסי הגומלין והממשקים בין משרד החינוך ומשרד הביטחון ובין המכינות, ועל גבולות האחריות והסמכות של כל אחד מהמשרדים כלפי המכינות.