המחלקה לחקירות שוטרים ניהלה בשנת 2016 חקירה פגומה במיוחד נגד סגן-ניצב יעקב לופז, שהיה ראש יחידת התביעות ביחידת להב, ואילו התביעה המשטרתית בהליך המשמעתי נגדו פעלה גם היא בצורה פסולה. כך קובע, בפסק דין יוצא דופן בחריפותו, בית הדין המשמעתי של המשטרה.
נגד לופז הוגשו שורה של תלונות ולפיהן התבטא כלפי פיקודיו באופן בלתי הולם; פסק הדין אינו מפרט במה מדובר. כתב האישום נדון בפני ניצב-משנה רקפת לוין-גורדון, ניצב-משנה דרור אסרף וסגן-ניצב תמר עמית. הם אומרים (26.11.19), כי לאחר שמיעת כמה מן העדים, החלו לחשוש שמא העדויות אינן משקפות נכונה את העובדות, ולכן שלחו את הצדדים לגישור בפני נשיאת בית הדין המשמעתי לערעורים -
שולמית דותן, לשעבר נשיאת בית משפט השלום בירושלים.
הליך הגישור והראיות לעונש חשפו בפני בית הדין שורה של ליקויים חמורים בהתנהלותן של מח"ש והתביעה. בית הדין קובע, כי לא הייתה כל הצדקה לעכב את לופז בנתב"ג כאשר שב מטיול בר-מצוה עם בנו. אחת מחוקרות מח"ש הייתה עורכת דין שבקשתה להתגייס ללהב נדחתה בידי לופז. מספר פעמים ניהלו החוקרים "תשאולים פתוחים", בו לא רשמו את חקירותיו של לופז. עוד נקבע, כי מהחקירה היו הדלפות מגמתיות נגד לופז, אשר לא יכלו לבוא מההגנה: באותה עת ייצגה אותו רעייתו.
מסקנתו החמורה ביותר של בית הדין היא, כי "החוקרים ירו אץ החץ, חץ אשמתו של הנאשם, ורק לאחר מכן סימנו את המטרה". לופז מסר לחוקריו שמות של עדים שיכלו להסביר את הרקע להגשת התלונות נגדו, על-רקע של אווירה תחרותית, סכסוכים אישיים, רכילויות ורגשות קנאה בין המשרתים בלהב. ביחידה הייתה מחנאות: האחד של לופז והאחר של מתנגדיו. אולם חקירת מח"ש התמקדה בעדים ממתנגדיו של לופז ולדבר הייתה השפעה ברורה על תוצאות החקירה. החוקרים גם נמנעו מאיסוף ראיות אובייקטיביות שיכלו להוכיח את חפותו של לופז.
פסק הדין ממשיך ומונה את כשליה של התביעה המשטרתית. כאשר לופז ביקש לצלם את חומרי החקירה, אך כל שהותר לו ולסניגורו היה להעתיק בכתב יד את העדויות; היה צורך בעתירה לבג"ץ ובהתערבות של פרקליט המדינה,
שי ניצן, כדי שיורשו לצלם את החומר. כתב האישום לימד על אימוץ מלא של טענות המתלוננות, תוך התעלמות מוחלטת מטענותיו של לופז.
גם במהלך הדיון, ממשיך בית הדין, לא תמיד פעלה התביעה כמצופה ממנה. התנהלותה הביאה לזליגת ראיות בין המתלוננות ולדליפה מתוך דיון שהתנהל בדלתיים סגורות. בית הדין מעיר גם לגבי המתלוננות - שהן גם עורכות דין וגם קצינות משטרה - ואשר לא הפנו את תשומת ליבה של התביעה להתנהלותה הבעייתית. הסדר הטיעון מנע את הצורך לבחון את התנהלותן של השתיים ואולי אף להסיק מסקנות כלפיהן.
לאחר הליך הגישור בפני דותן, בוטל כתב האישום המקורי ובכתב האישום המתוקן אין התייחסות למתלוננות ולקונוטציות מיניות. בית הדין קובע, כי לופז "כשל באופן שחרג קמעה מההתנהגות המצופה ממפקד" - ולצד זאת אומרים, שחובתם של מפקדיו הייתה להיות ערים למתנהל ביחידה. הדיינים מאריכים בשבחו של לופז ומאמצים את הסדר הטיעון - נזיפה. הם הורו להעביר את פסק הדין לידיעת סגן המפכ"ל, ראש אגף משאבי אנוש וראש מח"ש.
