ראש הממשלה בנימין נתניהו התייחס בפתח ישיבת הממשלה להודעת התובעת בבית הדין בהאג, שלפיה יש לחקור טענות על פשעי מלחמה בשטחים: "בעוד שאנחנו הולכים קדימה למחוזות חדשים של תקווה ושלום עם שכנינו הערבים, בית הדין הבינלאומי בהאג הולך אחורה. ביום שישי הוא הפך סופית להיות נשק במלחמה הפוליטית נגד מדינת ישראל".

"בהחלטת התובעת נגד ישראל יש שלושה אבסורדים. האבסורד הראשון - החלטת התובעת מנוגדת לחלוטין לעקרונות היסוד של בית הדין עצמו. בית הדין הבינלאומי הוקם אחרי הזוועות של מלחמת העולם השנייה, בעיקר הזוועות הנוראות שנעשו לעמנו, והוא נועד לטפל בבעיות שמדינות מעלות נגד פשעי מלחמה, כגון רצח עם או הגליה המונית. הוא נועד לעשות זאת במדינות שאין להן מערכות משפט אמיתיות בחוק, כמו שיש כמובן בעולם המערבי".

עוד אמר נתניהו: "הם לקחו תביעה של הפלשתינים, שלכל הדעות אין להם מדינה, ובאו להאשים את הדמוקרטיה היחידה במזרח התיכון שמתנהלת על-פי אמות המידה המשפטיות הגבוהות ביותר של הדמוקרטיות המערביות, שלבית הדין אין בכלל סמכות עליהן. זה האבסורד הראשון".

"האבסורד השני - החלטת התובעת מנוגדת לאמת ההיסטורית. היא פועלת נגד זכותם של היהודים להתיישב במולדת היהודים. להפוך את העובדה שיהודים גרים בארצם לפשע מלחמה - זה אבסורד שקשה שיהיה גדול ממנו".

"האבסורד השלישי - החלטת התובעת מנוגדת לאמת העכשווית. את מי הם מביאים כאן? את מי הם מאשימים? את אירן? את טורקיה? את סוריה? לא. את ישראל - הדמוקרטיה היחידה במזרח התיכון. זו צביעות נוראה. אנחנו נמשיך להילחם נגד שלושת האבסורדים הללו. אנחנו נמשיך לנפץ אותם. אנחנו נאבק על זכויותינו ועל האמת ההיסטורית שלנו בכל הכלים העומדים לרשותנו.

אנו מודים מעומק ליבנו למזכיר המדינה האמריקני, מייק פומפאו, על שהוא והממשל של הנשיא טראמפ, נאבקים בעיוותים הללו, בחוסר הצדק הזה, ובשקר הזה מדי יום ביומו. אנחנו נמשיך להיאבק בזה כל הזמן."

מוקדם יותר התייחס שר החוץ ישראל כ"ץ להחלטת ביה"ד בהאג והסביר בראיון לכאן ב' מדוע לא מפנים את חאן אל אחמר: "אנחנו לא מפנים בגלל החשש מבית הדין הבינלאומי הפלילי, חשש שזה יהיה "הקש האחרון" מבחינתם".

"בקבינט הגענו למסקנה שחאן אל-אחמר זו נקודה רגישה שיכולה להיות הגורם המכריע בקבלת ההחלטה של התובעת מגמביה לפתוח בחקירה נגד ישראל. כל הזמן עקבנו בדיונים איפה עומד התהליך הזה של התובעת", ציין כ"ץ. ראש הממשלה בנימין נתניהו דחה בעבר את פינוי חאן אל אחמר למרות שהתקבל אישור פינוי מבג"ץ.

שר המדע אופיר אקוניס התייחס גם הוא להחלטה ואמר כי כי "השופטת הביעה את עמדתה האנטישמית. היא כנראה חיה בחללים חיצונים".

ח"כ גדעון סער שמתמודד מול נתניהו בפריימריז של הליכוד תקף את הממשלה בנושא וכתב בחשבון הטוויטר שלו: "לפני מספר ימים אמרתי בחאן אל אחמר כי לא הובאה סיבה מדוע הפינוי מתעכב. היום גילינו מה הסיבה: ממשלת ישראל פוחדת מהאג. זה גם מבהיר את אוזלת היד מול ההשתלטות הפלשתינית על שטחי C בשנים האחרונות. נדרש שינוי ונעשה אותו בעוד ארבעה ימים כדי להאבק על עתיד יהודה ושומרון במעשים ולא בדיבורים".

במהלך ביקורו החודש ח"כ סער בחאן אל אחמר ח"כ סער:"בחאן אל אחמאר, כמו בשטחי C בכלל, השאלה היא פשוטה: מי בעל הבית? ישראל או הרשות הפלשתינית, הפועלת בסיוע האיחוד האירופי כדי לקבוע עובדות בשטח. צו ההריסה הראשון ניתן עוד ב-2009, וארבע פעמים דחה בית המשפט העליון את העתירות בנושא." סער הוסיף: "עתיד יהודה ושומרון יקבע במעשים ולא במילים", וקרא "לפנות את חאן אל אמר מיד!".

השר כ"ץ התייחס בראיון לההתקפות של סער על נתניהו ואמר כי "ההתקפות מזכירות את כחול לבן יותר מאשר ויכוח פנימי בליכוד. הוא לא הבין את היקף התמיכה בנתניהו, הוא עשה טעות פוליטית. אני לא רואה הנאה גדולה בלהיות מובס בדרך להתמודדות עתידית. יש המון ביקורת על מה שעשה. הוא בעצם חובר לקבוצת אנטי-ביבי", הוסיף כ"ץ.

בהמשך ענה השר כ"ץ לסער: "הממשלה לא פוחדת, יש לה אחריות על חייליה בשיקוליה בעניין חאן אל אחמר. כשסער תמך בממשלה בהקפאת ההתיישבות ושחרור מחבלים תמורת חידוש המו"מ עם אבו מאזן, אני התנגדתי. ניסיונו להציג את השיקולים ככניעה כדי לקושש קולות בפריימריז מעיד על חוסר בגרות מדינית".