ניצב ירון בארי ואשתו, אילנית בארי, נחקרו במאי 2015 שלא באזהרה בפרשת רונאל פישר. זאת, למרות שכאשר ביקשה וקיבלה מח"ש צווי חיפוש בביתם וצווים להיכנס לחשבונותיהם, נאמר שהם חשודים בקבלת שוחד ובמרמה והפרת אמונים. כך אישר (יום ב', 23.12.19) החוקר אלון שפיצר.

מח"ש חשדה, כי בארי קיבל שוחד מפישר בדמות תרומות לעמותה בה תמכה אשתו - חשדות שהופרכו. שפיצר אמר, כי אינו ידוע מדוע הוחלט שלא לחקור באזהרה את השניים; "זה מתקבל כמה דרגות מעלי", הוסיף. לדבריו, נראה ששהחלטה התקבלה בידי מי שהיו אז ראש מח"ש וסגנו - אורי כרמל ומשה סעדה. הוא עצמו חקר את אילנית בארי, "והגעתי במכנסיים קצרים ואולי בכפכפים". החקירה נערכה באחד מימי שישי, אם כי לא ברור לשפיצר מה הייתה הדחיפות. בארי היה ראש אגף משאבי אנוש וראש אגף התנועה.

תמלול החקירה העלה, כי אופי השאלות לאילנית בארי היה של חקירה באזהרה - כפי שאישר שפיצר. "אני ידעתי שאני חוקר אותה בהודעה פתוחה, לא באזהרה. אחרת הייתי מזהיר אותה", אמר. עם זאת העיד שפיצר, כי לא קיבל הנחיה גורפת שלא לעבור בשום מקרה לחקירה באזהרה. שפיצר ציין, כי גם אם הייתה הנחיה כזאת - לא ניתן להימנע מחקירה באזהרה אם היא הייתה מפלילה את עצמה.

עוד אמר שפיצר, כי אינו יודע מדוע תת-ניצב אפרים ברכה לא זומן לחקירה, לאחר שמלכה ייחס לו שתי עבירות: סגירת תיק נגד הרב יאשיהו פינטו, ושינוי עילת סגירת התיק נגד קובי כחלון (אחיו של השר משה כחלון). אותה תשובה נתן לגבי ניצב מני יצחקי, שהיה ראש אגף החקירה, אשר לא נחקר באזהרה למרות שלטענת מלכה - הוא היה מעורב בסגירת תיק כחלון, והעלים הוכחות לקבלת שוחד בידי ראש עיריית נצרת עילית דאז, שמעון גפסו. כמו-כן, לא נגבתה כלל עדות מעו"ד נסים מרום, למרות החשד שנעשה ניסיון להציע לו שוחד בדמות תפקיד היועץ המשפטי של נתיבי ישראל.

קודם לכן אישר שפיצר, כי לא הצליח למצוא את תיקי אלון חסן שנלקחו ממשרדו של רונאל פישר, למרות שקיים תיעוד על נטילת כמות משמעותית של מסמכים.

ההגנה גם טענה, כי החוקר דובי שרצר הכניס לפיו של ערן מלכה את דבריו ולפיהם הדליף לפישר את חקירתו של עפר נמרודי, שכן לוחות הזמנים מלמדים שהדלפה כזאת לא יכלה להתרחש. מלכה אמר תחילה "אני לא זוכר", שרצר טען "זה כן היה" - אך חילופי דברים אלו לא נכתבו בתמליל שכתב שפיצר. הוא השיב, כי לעיתים יש השמטות ולשם כך קיימים תיעוד וידאו ואודיו. השופט משה סובל שאל: "האם שינוי התשובה לא הצדיק תיעוד?". שפיצר: "בדינמיקה של החקירה לא שמים לב לכל דבר". הוא אישר שלא הקליד את הדברים, שכן ראה בהם שיח פתוח.

ההגנה הראתה, כי במספר מקרים לא לחץ שפיצר על מלכה למסור מידע שסירב למסור, גם לאחר שהתחייב לשתף פעולה בצורה מלאה. הסניגור עמית בר: "ברגע שמלכה אומר 'זה לא קשור' - החקירה נמשכת הלאה. הוא מנווט אותה". שפיצר: "נכון, כך זה היה". בר: "יש לך הסבר אינטליגנטי לכך?". שפיצר: "לא. לא הייתה שום הנחיה לשבת ולברר איתו".

בהמשך שאל בר: "הייתה החלטה או הסכמה שלא רבים עם ערן?". שפיצר: "לא מכיר החלטה כזאת. אכן לא הייתה שום התנגחות איתו, שום הליכה עד הקצה בדברים שהראית לי. אני לא מכיר שום מדיניות או החלטה לאתרג את מלכה. לא הייתה הנחיה כזאת, לפחות לא דרך האוזניים שלי". שפיצר שב ואמר פעמים רבות, כי ההחלטה מה לשאול את מלכה לא הייתה שלו, אלא של הממונים על החקירה - דובי שרצר ודרור תא-שמע.

שפיצר שאל את מלכה על טיב הקשר שלו עם מנכ"ל נתיבי ישראל דאז, אלכס ויז'ניצר, תוך שהוא מסתמך על מחקרי תקשורת - וזאת למרות שבידי מח"ש היה מסמך ולפיו להב 433 התייחסה בחשד לקשרים אלו. שפיצר השיב, כי לא ראה את אותו מסמך, שנשלח במישרין מאגף החקירות לראש מח"ש דאז, אורי כרמל. מלכה אמר שאין כל קשר משמעותי, והחוקרים לא המשיכו לחקור אותו.

שפיצר גם לא בדק את תיק המשטרה נגד האחים קבלני התשתיות אביב ויוסי נחמיאס, שהיו מהנאשמים בתיק, למרות שמלכה אמר בעדותו שהוא ופישר הוציאו מהם כסף תמורת סגירת התיק - לאחר שכבר נסגר. ההגנה טענה, כי בדיקת התיק הייתה מעלה, כי לא היה ממש בדבריו של מלכה, שכן התיק נותר פעיל לאחר שלדבריו נסגר. שפיצר השיב, כי הוא לא הונחה לבצע בדיקה כזאת. "יש דברים שבהחלט אפשר היה לבדוק, אפילו כדי לחדד אותם", הסכים. שפיצר גם אישר, כי הוא לא בדק איכונים כדי לאמת את דבריו של מלכה על פגישות שלו עם פישר. לדבריו, ייתכן שנעשו איכונים עליהם לא ידע.