משרד הבריאות מצוי במתח מובנה קבוע בין היותו הבעלים של בתי החולים הממשלתיים לבין היותו המאסדר של המערכת כולה. למרות שמצב זה ידוע מזה שנים והועלו המלצות כיצד לכל הפחות לצמצם אותו, דבר לא נעשה. כך מגלה (יום ב', 4.5.20) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן. התוצאה היא, שקופות החולים מקבלות הרבה פחות מאשר בתי החולים הממשלתיים תמורת אותם טיפולים.

מחצית מבית המיטות הכלליות מצויות בבתי חולים ממשלתיים, ובסך-הכל המשרד הוא הבעלים של 24 בתי חולים כלליים, גריאטריים ופסיכיאטריים. ועדות ציבוריות בחנו בעבר את סוגיית מעמדו המעורב וריבוי כובעיו של המשרד וקבעו, כי יש לעובדה זו השפעות שליליות והמליצו על דרכים להפרדת תפקידיו. באוגוסט 2015 ובאוגוסט 2016 התקבלו החלטות ממשלה על הקמת חטיבה במשרד הבריאות אשר תהיה אחראית למרכזים הרפואיים הממשלתיים, והוגדרו תחומי הפעילות והסמכויות של החטיבה וכלי הניהול שישמשו אותה. החטיבה הוקמה, אך ריבוי הכובעים נותר בעינו.

אנגלמן ממליץ: "לצורך מתן מענה לסוגיית המתח המובנה, ראוי שמשרד הבריאות ינחה את החטיבה לנקוט פעולות לשם הגשמת ייעודה ליצור הפרדה בין תפקידיו בתחום האסדרה לבין תפקידיו בתחום הניהול של בתי החולים והפיקוח עליהם. הדבר יאפשר למשרד לקבל החלטות על בסיס שיקולים ענייניים ואובייקטיביים לטובת מערכת הבריאות כולה ולטובת הציבור כולו, לשפר את הרפואה הציבורית ולהצמיח התנהלות יעילה ומועילה של כלל בתי החולים".

על-פי הדוח, בשנים 2018-2014 נוצרה שחיקה של 600 מיליון שקל בין הכנסותיהן של קופות החולים במסגרת סל הבריאות לבין הוצאותיהן המשולמות, בהתאם למחיר יום אשפוז. שחיקה זו נובעת מהפרשי השינויים בין מדד מחיר יום אשפוז למדד יוקר הבריאות, והיא משפיעה באופן שלילי על מצבן הפיננסי של קופות החולים. המשרד לא עדכן את המחירים שיכולות קופות החולים לגבות בבתי החולים שלהן, וכך למשל נוצר פער של פי שתיים בין התשלום לצנתור שמקבל בית חולים ממשלתי (39,000 שקל) לבין זה שבבית חולים של שירותי בריאות כללית (19,000 שקל). במקביל, ולמרות ההעדפות הניתנות להם בידי משרד הבריאות, שקעו בתי החולים הממשלתיים בגרעון שהגיע בשנת 2017 ל-1.5 מיליארד שקל. המדינה העניקה להם סיוע תקציבי לכיסוי הגרעונות, אך משרדי האוצר והבריאות לא דרשו מהם להתייעל.

פרק נוסף בדוח מותח ביקורת על שירותי בריאות הציבור - האגף במשרד הבריאות המוביל את המאבק בקורונה - וזאת בנוגע לטיפולו בזיהומי מזון. שירות המזון הארצי אינו מבצע בדיקות מדגמיות מספיקות לאיתור חיידקי ליסטריה ושאריות של חומרי הדברה; כלל אינו בודק את הימצאותו של חיידק הקמפילובקטר; פעל באיטיות רבה כאשר התגלו חיידקי סלמונלה בהיקף נרחב במוצרי מזון בשנים 2018 ו-2019; ומסתפק בקנסות מינהליים נמוכים על הפרת נהליו בידי יצרנים, מייבאים ומשווקים. "על משרד הבריאות לפעול לכך ששירות המזון הארצי ישפר את הבקרה והפיקוח שלו על מוצרי מזון וכן את פעולות האכיפה נגד עוסקים במזון שהפרו את הוראות החוק", קובע אנגלמן.