הוועדה לביקורת המדינה דחתה את ההצעה לבקש ממבקר המדינה לקיים בדיקה בפרשת הצוללות, ברוב של שבעה מתנגדים מול שלושה תומכים. יו"ר הוועדה ח"כ עפר שלח אמר בפתח הדיון: "לנתניהו יש הרבה מה להסתיר ולהסביר, איך החליט על צוללת שישית כשמערכת הביטחון טוענת עד עכשיו שצריך רק חמש? איך קנינו כלי שיט יקרים דווקא בטיסנקרופ, כדי להגן על אסדת גז שבסוף הוצבה 10 ק"מ מהחוף? בדיוק בשביל זה יש מבקר, ובדיוק בגלל זה ביבי הורה לאנשיו למנוע ממנו לחקור".

ח"כ משה בוגי יעלון ערך סקירה מקיפה על השתלשלות האירועים ואמר: "החלטות רכש כלי השייט והצוללות ממספנת ׳טיסנקרופ׳, מחייבות בדיקה של מבקר המדינה, כמו גם וועדת חקירה ממלכתית. גם תהליך קבלת ההחלטה למכור צוללות מתקדמות למצרים, מחייבת בדיקה, הן של מבקר המדינה והן של וועדת חקירה ממלכתית, ובהקדם".

יו"ר הקואליציה ח"כ מיקי זוהר איים על ח"כ מיש עתיד עפר שלח כי הוא עלול לשלם בתפקידו כיו"ר ועדת ביקורת המדינה בכנסת, בעקבות החלטת שלח לקיים דיון בוועדה בנושא פרשת הצוללות. ח"כ מיקי זוהר פנה ליו"ר הוועדה ח"כ שלח ואמר: "אני לא חושב שהדיון היום הוא ענייני או מקצועי. כשאני רואה את ח"כ יעלון סוקר את הסקירה מתוך רצון לפגוע בראש הממשלה נתניהו, המסקנה שהדיון הזה הוא חסר תוחלת. אני לא פוסל את האפשרות לבחון להחליף אותך כיו"ר הוועדה לאור ההתנהלות הלא מקצועית שפוגעת בשמה הטוב של הוועדה וייתכן שיש לשקול את המשך כהונתך בראשות הוועדה. נבחן את האפשרות שיש בפנינו."

תא"ל (מיל') שמואל צוקר, לשעבר ראש מנהל הרכש במשרד הביטחון: "אירוע שכזה הוא חריג וחריף, לא ייתכן שעד היום, אירוע כה לא נבדק ולא נבחן בתוך המערכות עצמן ואצל מבקר המדינה. איש לא ראה לנכון לזמן אותי על הפרשה. הסטודנטים שלי יודעים יותר על הפרשה מאשר האנשים שמקבלים את ההחלטות. המקרה הזה, שכולם מדברים עליו, עד היום אנחנו לא יודעים כמה זה יעלה. אולי סוף-סוף מישהו ייתן תשובה למה הדבר הזה לא תוחקר. זה אירוע חמור שמקרין על אירועים אחרים."

עו"ד אליעד שרגא, יו"ר התנועה לאיכות השלטון, שעתרה לבג"ץ בנושא: "כל הצמרת הביטחונית מתייצבת מאחורי הדרישה להקים ועדת בדיקה בנושא. שווה לא לישון טוב בלילה כי בסופו של דבר מדובר בביטחון הלאומי של מדינת ישראל. כל אחד צריך להיות חרד שלידנו משייטות ארבע צוללות מצריות. צריכים לקחת את המלצת המשטרה ולבצע מהלך של ועדת חקירה ממלכתית."

במהלך דבריו של עו"ד שרגא התפתחו חילופי דברים קשים בינו חברי הכנסת מהליכוד קטי שטרית, שלמה קרעי ואופיר, שטענו כלפי עו"ד שרגא שהוא אובססיבי לנתניהו, משמיץ אותו מעל כל במה, ומונע מתוך האג'נדה הפוליטית האישית שלו."