לאחר בדיקה נוספת, הוחלט ברשות המיסים, כי ב-5,170 מקרים שבהם נשללה אמש הזכאות למענקים לעצמאים בפעימה הראשונה והשנייה, עקב עידכון דוחות ותיקוני שומות, יושב המצב לקדמותו ושלילת הזכאות תבוטל. ב-1,343 מקרים השלילה תישאר על-כנה, אך, כפי שהודיעה הרשות, היא לא תפעל בשלב זה לגביית המענק ששולם ביתר.
 
במסגרת המהלך, נמצאו 14,477 מקרים בהם הוכרו עצמאים כזכאים חדשים למענק, או שהוגדל סכום המענק ששולם להם. סה"כ שולם במסגרת זו סכום של 40 מיליון שקל.
 
שלילת המענק ב-5,170 מהמקרים הללו, נבעה בין היתר, מבדיקת נתוני הדיווח למע"מ, כך שבכל המקרים בהם דווחה הכנסה מעסק לשנת 2018 ולא נמצא לגביהם דיווח מקביל למע"מ, בוצעה שלילת זכאות. לאחר בחינה של קריטריונים נוספים, הוחלט להשיב את המצב לקדמותו והודעה בעניין תשלח למגישי הבקשות. שווי המענקים שהוחזרו 22 מיליון שקל.
 
ביתר 1,343 המקרים בהם נשללה הזכאות, לא נעשה שינוי בהחלטה, שכן, בהתאם לעידכון נתונים בשומות, שנעשה מאז תשלום המענק, נמצאו מקרים אלו כבלתי זכאים, על-פי הקריטריונים לזכאות. שווי המענקים במקרים אלו עומד על 5 מיליון שקל.
 
יובהר כי במקרים רבים ישנה חפיפה בין הזכאים לפעימה הראשונה והשנייה, לכן מספר המקרים אינו מהווה מספר העצמאים אלא מספר המענקים ששולמו.