פרקליטות המדינה תוקפת את העיתונאי עמית סגל וטוענת שהתחקיר שפרסם על טיוח לכאורה של ניגוד עניינים של אחד מחוקרי פרשיית מעונות ראש הממשלה היה מגמתי, מסולף ומוציא דברים מהקשרם. בתחקיר טען סגל כי רב-פקד אבי רוטנברג, שהיה בקשר זוגי עם ג'ודי ניר מוזס, היה מעורב בחקירת תיק 2000 שבה היה מעורב אחיה, מו"ל ידיעות אחרונות ארנון מוזס.
 
"בתגובה לפרסום בחדשות 12 נבקש להבהיר, לאחר בדיקת הדברים, כי הכתבה כולה מגמתית, מסולפת ומוציאה דברים מהקשרם. בניגוד לנטען, קצין המשטרה רוטנברג כלל לא היה מעורב בחקירת תיק 2000; החלטות החקירה בתיק 2000, כמו גם ביתר תיקי ראש הממשלה, התקבלו משיקולים ענייניים בלבד של בירור האמת; כך למשל בתיק אחר, בו לא היו ראיות שקשרו את ראש הממשלה לחשדות, הוא גם לא נחקר כחשוד; הטיפול של מח"ש בתלונה בעניין רוטנברג נעשה אף הוא משיקולים ענייניים בלבד - ההחלטה נומקה בספק בדבר קיומו של חשד לעבירה פלילית; פרקליט המדינה לשעבר לא "גונן" על מפכ"ל המשטרה לשעבר מטעמים הקשורים לחקירת תיקי נתניהו. זוהי הצגה מניפולטיבית של העובדות", טענו בפרקליטות.
 
עוד טענו כי בניגוד גמור לנטען בכתבה, החוקר בדימוס רוטנברג כלל לא היה מעורב בחקירת תיק 2000, בו נאשם נוני מוזס. "למעשה, הוא עזב את היחידה החוקרת בחודש יוני 2016, כחצי שנה טרם החלה חקירת הפרשה, בשלב בו נגבתה רק עדות מקדמית ראשונה ויחידה, שאינה עדות של מי מהחשודים בתיק, ואף בה הוא לא נמנה על צוות החוקרים. למעשה די בכך כדי לשמוט את עיקר הבסיס מן הפרסום", ציינו. עוד אמרו שעניינו של רוטנברג פורסם עוד בשנת 2017 על-ידי העיתונאי רביב דרוקר.

דובר הפרקליטות טען עוד כי חוות דעת שצוטטה על-ידי סגל, שלפיה יש כביכול מקום לפתוח בבדיקה בעניינו של רוטנברג, היא חוות דעת ראשונית בלבד. "בחוות הדעת עצמה הובהר כי כלל לא ברור מהו חלקו בחקירת פרשה 2000 (ואכן כאמור לא היה לו בה כל חלק). לאחריה נכתבו עוד חוות דעת שונות.
הקביעה בכתבה כאילו במח"ש "קבעו כי אין מנוס מחקירה", היא כוזבת. כל שהוצע הוא לקיים בדיקה להבהרת העניין בהיותו "מעורפל". בשום שלב לא הומלץ על פתיחה בחקירה על-ידי מי ממנהלי מח"ש דאז", ציינו.

בפרקליטות הוסיפו כי בהמשך, במסגרת חוות הדעת המסכמת הומלץ על גניזת התיק. המלצה זו כללה התייחסות לפרישתו של השוטר מהמשטרה, לצעדים הפיקודיים שננקטו עניינו עוד קודם העברת העניין לבחינת מח"ש, לעובדה שלא נמצאו אינדיקציות הקושרות אותו להשפעה כל שהיא על החקירה, וביחס לספק הממשי בדבר קיומה של עבירה פלילית בעניין זה. "מנהלת מח"ש קיבלה המלצה זו על דעת המשנה לפרקליט המדינה", טענו והוסיפו כי גם אם היה מדובר על מי מבין החוקרים בתיק 2000, הרי שמדובר בתיק בו היו מעורבים חוקרים רבים, המלווה על-ידי בכירי המשטרה והפרקליטות וממילא ספק אם יש לו יכולת השפעה של ממש. "מכל מקום, כאמור החוקר רוטנברג כלל לא היה בצוות החקירה".

"נדגיש, כי בניגוד לנטען בכתבה, עיון בהחלטת הגניזה מעלה כי ההחלטה שלא לפתוח בבדיקה או חקירה בעניין התקבלה במנותק לחלוטין משיקולים הנוגעים לתיק 2000, בו ממילא החוקר רוטנברג כלל לא היה מעורב. הסיבות היו מקצועיות, ענייניות ואין כל ממש בטענות הקונספירטיביות שנטענו בכתבה גם בהקשר זה", אמרו בפרקליטות.

ביחס להודעת דואר אלקטרוני ה"סודי" כביכול ששלח פרקליט המדינה דאז, שי ניצן, למנהל מח"ש דאז, אורי כרמל, אמרו בפרקליטות כי אין מדובר כלל במייל "סודי", אלא בהתכתבות פנימית בין מנהלים שצוטטה למרבה הצער באופן חלקי ביותר.

"המייל וההתכתבות כולה עסקו אך ורק בשאלה האם יש מקום שפרקליטות המדינה תתקוף פומבית וחזיתית את מפכ"ל המשטרה, בתגובה להאשמות שהטיח במח"ש. כעולה מההתכתבות, פרקליט המדינה דאז סבר כי יחסים הולמים בין הרשויות אינן עולים בקנה אחד עם התקפות פומביות. בהתכתבות אין כל זכר לתיקי נתניהו והקישור בין הדברים הוא מופרך. לראיה גם מנהל מח"ש בתשובתו פירש את השיקולים המערכתיים עליהם דיבר פרקליט המדינה ניצן כנוגעים לצורך לשמור על יחסי הפרקליטות והמשטרה, ולא לתקוף זה את זו בפומבי. באותה העת פרסם פרקליט המדינה דאז הודעה מתאימה המגבה את מח"ש ודוחה את האשמות המשטרה. גם הניסיון לצייר עניין זה כקשור בתיקי האלפים הוא מופרך, תלוש, ומוציא הדברים מהקשרם באופן מניפולטיבי ומצער", טענו.

לטענת הפרקליטות, המייל של פרקליט המדינה לשעבר כלל לא עסק בשאלה אם האזרח שנהרג היה מחבל או חף מפשע. "מכל מקום בהחלטה הסופית על גניזת התיק פרקליט המדינה התייחס לכך וקבע כי קיימות אינדיקציות לכאן ולכאן בנושא זה ולא ניתן להגיע למסקנה ברורה בעניין זה", לשון תגובת הפרקליטות.