ראש הממשלה, בנימין נתניהו, מנוע מכל מעורבות ישירה או עקיפה במינוי בכירי רשויות האכיפה ובמינויים עתידיים של כל החוקרים שהיו מעורבים ב"תיקי האלפים". כך קובע (יום ב', 2.11.20) היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, בהסדר ניגוד העניינים הסופי שהטיל על נתניהו בשל משפטו. הסדר זה נוגע רק להשלכות המשפט, ואילו יתר ענייניו של נתניהו יוסדרו בנפרד.

מנדלבליט קובע, כי נתניהו אינו יכול לעסוק במינוי היועץ המשפטי לממשלה, פרקליט המדינה, מפכ"ל המשטרה, המשנה ליועץ לעניינים פליליים, ראש אגף החקירות והמודיעין (אח"מ) במשטרה, מפקדי להב 433 וכל החוקרים במשטרה וברשות ניירות ערך המופיעים ברשימת העדים במשפטו (כ-150 במספר). נאסר עליו גם להיות מעורב בחקיקה ממשלתית הנוגעת למינויים אלו - כמו למשל ההצעה לשנות את דרכי בחירתו של היועץ המשפטי. על נתניהו גם להימנע ממעורבות פרטנית בנוגע למעמדם ומילוי תפקידם של בעלי תפקידים אלו - למשל בשאלת פיצול סמכויות היועץ.

עוד נקבע, כי על נתניהו להימנע ממעורבות במינוי שופטי בית המשפט העליון ובית המשפט המחוזי בירושלים (בו מתנהל משפטו). עליו להימנע מכל השפעה שהיא על נציגי הממשלה והכנסת בוועדה לבחירת שופטים (אבי ניסנקורן, מירי רגב, אסנת מארק וצבי האוזר). כאשר עניינו של אחד הנאשמים האחרים (שאול אלוביץ, איריס אלוביץ ונוני מוזס) או עניינו של אחד מ-336 העדים נדון באחד ממשרדי הממשלה, נתניהו מנוע ממעורבות בכך. עם זאת, כאשר מדובר בעובדי מדינה - מותר לו לעמוד איתם בקשר שגרתי, אך חובתו להבטיח שעובדת היותם עדים במשפטו לא תשפיע על עניינם ועבודתם השגרתית.

מנדלבליט נמנע מהטלת מגבלה גורפת על עיסוקו של נתניהו בענייני ענף התקשורת, אלא קובע שהסוגיה הנקודתית תונח לפתחו בידי הדרג המקצועי והוא יחליט האם ועד כמה להגביל את נתניהו. כמו-כן, על נתניהו להימנע ממעורבות בחקיקה הממשלתית העלולה להשפיע על משפטו ועל תוצאותיו, כולל החוק הצרפתי או שינויים כלשהם בסדר הדין הפלילי. מנדלבליט מדגיש, כי כל המגבלות הן במישרין ובעקיפין, כולל על-ידי התערבות בסמכויותיהם של שרים. אותם איסורים יחולו גם על עובדים במשרות אמון במשרד ראש הממשלה ובראשם מנכ"ל המשרד. לבסוף ממליץ מנדלבליט, כי נתניהו יקבע כבר כעת מיהו השר שיטפל בעניינים שהוא מנוע מלטפל בהם, וימנה גורם בלשכתו שיסייע לו להבטיח את עמידתו במגבלות.