השר לשעבר גונן שגב ממשיך להוות סיכון ביטחוני גם בעת היותו כלוא בשל ריגול חמור לטובת אירן. כך עולה מהחלטתו של שופט בית המשפט העליון, עוזי פוגלמן, לדחות את ערעורו של שגב על מניעת שיחות טלפון בינו לבין עורכי דינו. שגב מוגדר כאסיר ביטחוני - בדומה למחבלים ופעילי טרור (וכמו יגאל עמיר).

שגב בן ה-64 נדון בפברואר 2019 ל-11 שנות מאסר, לאחר שהודה בריגול חמור לטובת אירן ובמסירת ידיעות לאויב, במסגרת הסדר טיעון שרוב פרטיו חסויים. שגב הגיע בחודש מאי 2018 לגיניאה המשוונית שבאפריקה, וזו סירבה להתיר את כניסתו לשטחה בשל עברו הפלילי. לבקשת ישראל, הוא הועבר לידיה ונעצר מיד לחקירה. השב"כ חשד, כי שגב מקיים קשרים עם גורמי המודיעין האירני ומסייע להם בפעילותם נגד ישראל. לטענת המשטרה והשב"כ, שגב גויס והופעל כסוכן מטעם המודיעין האירני.

בשנת 2012 נוצר קשר בין שגב לבין גורמים משגרירות אירן בניגריה, ומאוחר יותר הגיע פעמיים למפגשים באירן עם מפעיליו, כאשר ידוע לו שמדובר באנשי מודיעין. עוד עלה מן החקירה, כי שגב נפגש ברחבי העולם עם מפעיליו, בבתי מלון ובדירות המשמשות את שירותי המודיעין האירניים. שגב גם קיבל מערכת תקשורת חשאית להצפנת המסרים בינו לבין מפעיליו. לדברי המשטרה והשב"כ, עם מעצרו של שגב, הוא העביר למפעיליו מידע הקשור למשק האנרגיה, לאתרים ביטחוניים בישראל, למבנה ולבעלי תפקידים בגופים מדיניים וביטחוניים ועוד. כדי לעמוד במשימות שהטילו עליו מפעיליו, קיים שגב קשרים עם אזרחים ישראלים הקשורים לתחום האבטחה, לביטחון המדינה וליחסי החוץ שלה. שגב פעל כדי לקשר חלק מהגורמים הישראלים לגורמי המודיעין האירניים, תוך שהוא מנסה להציג את האחרונים כגורמים עסקיים תמימים.

הפרקליטות מסרה לאחר אישור ההסדר, כי "שגב הודה שפעל בשירות המודיעין האירני במשך חמש שנים, עמד בקשר רציף עם מפעיליו באמצעות מערכת קשר חשאית ומוצפנת, מסר להם מידע מגוון לרבות מידע סודי ופגש אותם באירן ובארצות שונות ברחבי העולם בדירות מסתור. שגב אף ניסה לקשר בין אזרחים ישראלים הקשורים לעולם הביטחוני למפעיליו האירנים". ההגנה אמרה כי "שגב היכה על חטא והביע חרטה. הוא סיפר על חייו, על גלגוליו ועל המקום העגום שהוא הגיע אליו בסיומה של פרשה זו".

החלטתו של פוגלמן (10.11.20) מגלה, כי שירות בתי הסוהר אסר על שגב לקיים שיחות טלפון עם עורכי דינו, בעוד שהותר לו להיפגש עימם. האיסור התבסס על חוות דעתו של השב"כ, ולפיה לא ניתן להימנע מהטלת מגבלות עליו. עוד התברר, כי בעבר הותר לשגב לשוחח טלפונית שלוש פעמים עם בת-זוגו, וכי הוא יוכל לבקש שיחות נוספות כאלו כ"חריג הומניטרי". בית המשפט המחוזי בנצרת דחה בספטמבר השנה את עתירתו של שגב נגד האיסור באומרו, כי הטענות העקרוניות שהעלה בנוגע לשיחות טלפון של אסירים ביטחוניים כבר נדחו שוב ושוב בפסיקה.

שגב ביקש לערער לבית המשפט העליון, אך פוגלמן דחה את בקשתו. לדבריו, טענותיו של שגב - הן העקרוניות והן אלו הנוגעות אליו - כבר נדחו, כולל בידי בית המשפט העליון, ואין עילה לדיון נוסף בהן. עוד מציין פוגלמן, כי שגב (שלא היה מיוצג בהליך זה) יכול להיפגש עם עורכי דינו בהתאם לבקשותיו הפרטניות ולנוהלי השב"ס, והוא יוכל לטעון נקודתית נגד קצב הטיפול בבקשותיו.