היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, אישר כחוק ומראש את כל פעולות החקירה נגד בנימין נתניהו בתיקים 1000, 2000 ו-4000. כך אומרת הפרקליטות (יום ב', 21.12.20), בהודעה שמסרה לבית המשפט המחוזי בירושלים בעקבות טענות פרקליטיו של נתניהו ולפיהן החקירות נוהלו שלא כחוק.

לדברי הפרקליטות, האישור הראשון ניתן ב-25.12.16 ונגע לחשדות לעבירות מתחום טוהר המידות; מנדלבליט אף הודיע על כך שבוע לאחר מכן. ב-5.1.17 נתן מנדלבליט אישור נוסף. בהודעתו בתחילת ינואר ציין מנדלבליט, כי האישור ניתן "לאחר בחינת ממצאים של הליכי בדיקה שנערכו בעניינים השונים הקשורים אליו". עוד אומרת הפרקליטות, כי לאורך החקירה הנחה מנדלבליט את המשטרה, על-פי הראיות שהוצגו לו, "להרחיב את הבדיקה כך שתכלול גם את בירורן של טענות נוספות מסוימות שעלו תוך כדי ניהול הבדיקה". הוא גם מי שהחליט בכל שלב האם לעבור מבדיקה לחקירה.

הפרקליטות מציינת, כי מנדלבליט החליט שלא להמשיך את הבדיקה בטענות נוספות נגד נתניהו, ובהן מימון נסיעותיו לחו"ל ומימון אסור בבחירות 2009. לעומת זאת, חשדות אחרים הבשילו לתיקים 1000 (המתנות) ו-2000 (נוני מוזס), והוא אישר לחקור את נתניהו כחשוד. בתחילת פברואר 2018 אישר מנדלבליט לחקור את נתניהו כחשוד גם בתיק 4000 (בזק).

עוד מתייחסת הפרקליטות לטענת ההגנה, ולפיה עוזי ארד - לשעבר ראש המטה לביטחון לאומי - התבקש בשנת 2016 למסור באופן כללי את הידוע לו על נתניהו ומשפחתו. ההגנה טוענת, כי העדר המיקוד מלמד שהחוקרים ניהלו מסע דיג במטרה למצוא חשד כלשהו נגד נתניהו. תשובת הפרקליטות היא, שארד פנה מיוזמתו וביקש למסור דברים בעניינו של נתניהו, החוקרים לא ידעו מה בפיו ולכן שאלותיהם היו כלליות. לדבריה, מנדלבליט אישר לגבות את עדותו של ארד, למרות שהחוק אינו מחייב לקבל את אישורו של היועץ המשפטי לכל מהלך חקירה בעניינו של ראש הממשלה, אלא רק לעצם פתיחתה. תגובת הפרקליטות הוגשה באמצעות עוה"ד אלון גינדין, קרן צבירן-לצטר והדר וינשטיין.