אף שהמדינה זכאית לתשלום בגין 25% מהזכויות באגד, משרדי התחבורה והאוצר לא היו מעורבים בהיערכות אגד לקראת הכנת הערכת השווי של החברה. כך מגלה (יום ג', 19.10.21) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן. חברי אגד קיבלו התחייבות לפדיון מניותיהם על-פי שווי חברה של 1.3 מיליארד שקל - שגם היא הוכנה ללא מעורבות המדינה. על-פי הסכם ההפעלה, הממשלה משתתפת במימון עלות פרישתם של עובדים אשר אמורים לפרוש לפנסיית חובה, והדבר מגלם הטבה נוספת לאגד שאיננה מהווה תמריץ להתייעלות החברה. חלקה של הממשלה במימון עלויות הפרישה הוא 868 מיליון שקל לאורך כל שנות ההסכם.
