פרקליט המדינה, ערן שנדר, החליט (יום א', 7.11.04) על סגירת תיק החקירה נגד נחמה רונן בגין חשד לקבלת שוחד מהקבלן דודי אפל. ההודעה על סגירת התיק נמסרה "בתום בחינת התיק בעניינה של נחמה רונן, ובעקבות השימוע שנערך בעניינה, וקבלת עמדתם של הגורמים המקצועיים בפרקליטות שטיפלו בתיק" - מסר דובר משרד המשפטים.
בכל הנוגע לחשד כי רונן לקחה שוחד בתמורה לטיפולה בנושא הבוצה בשכונת "גני אביב", בעת ששימשה מנכ"לית המשרד לאיכות הסביבה בשנים 1996-1999, הוחלט לסגור את תיק החקירה בגין העדר ראיות מספיקות; ואילו בכל הנוגע לחשד, כי רונן לקחה שוחד מדוד אפל כנגד תמורה עתידית במידה ותבחר לכנסת, הוחלט לסגור את תיק החקירה בשל העדר אשמה.
יחד עם זאת, במכתבו לסנגורה של רונן, ציין פרקליט המדינה, כי קבלת כספים בהיות רונן מנכ"לית המשרד לאיכות הסביבה, בייחוד מאדם שהיתה עמו בקשרים במהלך תפקידה, מהווה מהלך פסול, ואף שבנסיבות אלה לא עלה הדבר לכדי עבירה פלילית, יש בו כדי להוות חשד לעבירת משמעת.
בכך מסתיימת פרשה נוספת של איש ציבור המואשם בקבלת שוחד מדודי אפל, אחרי סגירת תיק האי היווני נגד ראש הממשלה ובנו גלעד שרון.
נזכיר, כי רונן היתה חשודה, כי בעת שכיהנה כמנכ"ל המשרד לאיכות הסביבה, קיבלה שוחד בסך 50 אלף ש"ח מאיש העסקים והקבלן דוד אפל.
בתקופת כהונתה היתה מעורבת בטיפול בבעיית הבוצה, הסמוכה לשכונת גני אביב, אשר גרמה לעיכוב בהשלמת פרויקט גני אביב (אותו בנתה מגדלי הזוהר, שבבעלות אפל). לשם הטיפול בנושא הבוצה נועדה רונן בשנת 1996, לבקשת אפל, עם נציגי מגדלי הזוהר ועם אפל, ובעקבות פגישה זו נרתמה לטפל בבעיה".
"זמן קצר לאחר מכן", נטען על-ידי הפרקליטות: "סייע אפל לנחמה רונן, בעת שזו שימשה מנכ"ל המשרד לאיכות הסביבה ורשמה עמותה באמצעותה ביקשה להתמודד בבחירות לכנסת ה-15. בינואר 1999 העבירה סך של 50,000 ש"ח מחשבון חברת צביון בנייה ופרויקטים בע"מ, בה היה [אפל] אותה עת מורשה חתימה, לחשבונה של רונן".
"ביום 13.1.99 הפך חשבונה של רונן לחשבון העמותה לקידום ערכי איכות הסביבה והשלטון בישראל. בשיחה שהתקיימה בין אפל לרונן, הבטיחה רונן כי בעתיד מה שאפל יצטרך 'זה מה שיהיה'". על-פי החשד, באותו חודש שילמה רונן אגרה בסך 50,000 ש"ח עבור בקשה לרישום מפלגה בפנקס המפלגות.
בעקבות הגשת כתב האישום נגד אפל, אמרה אז נחמה רונן, כי לאחר שנחקרה היא קיבלה מכתב רשמי מהמשטרה, ובו נמסר לה כי התיק בעניינה נסגר. כמו כן אמרה רונן כי היועץ המשפטי לממשלה בחן את תיק החקירה ולא מצא כל ראיה הקושרת אותה לפרשה שמצדיקה את החלטת הפרקליטות.