צו איסור הפרסום שהוטל בפרשת המחתרת היהודית הוסר (יום ב', 27.5.02), והותרו לפרסום פרטי האירוע שקדמו לחשיפת המחתרת וממצאי החקירה של משטרת ישראל ושירות הביטחון הכללי.
הפיגוע שתוכנן נחשף באקראי. ביום 29.4.02 בסביבות השעה 3:30 בבוקר הבחין סיור משטרתי ברכב חשוד עם עגלה נגררת נוסע בשכונת א-טור בירושלים. הרכב החנה את העגלה בסמוך לבית החולים מוקאסד במזרח ירושלים. במקום נמצא גם בית ספר לבנות.
השוטרים, שחשדו בנוסעי הרכב, ביקשו משני נוסעיו להזדהות. אחד מהם ניסה לברוח, אך השוטרים הצליחו לעצרו.
בדיקה ראשונית של העגלה העלתה חשד כי מדובר במטען חבלה. למקום הוזעק חבלן שזיהה כי מדובר במטען שכוון להתפוצץ בשעה 7:30. המטען פורק, ושני הנוסעים, ירדן מורג ושלמה דביר מהישוב בת-עין, נעצרו לחקירה.
המטען הותקן באופן שיגרום נזק מאסיבי לכל מה שנמצא ברדיוס רחב ככל האפשר. המטען כלל 2 לבנות חבלה במשקל 250 גרם כל אחת, שני בלוני גז גדולים, שתי חבילות סולר מעורב בבנזין, ברגים במשקל כולל של כ-3 קילוגרם, ושעון שכוון לשעה 7:30 - זמן בואן של הילדות לבית הספר.
במהלך החקירה נעצרו שלושה ישראלים נוספים, פעיל הימין הקיצוני נעם פדרמן, יוסי בן-ברוך, ועופר גמליאל.
ממצאי החקירה מצביעים על כוונה של השותפים לבצע פיגוע תופת שיביא לפגיעה המונית ורצח בדם קר של נשים, זקנים וילדים. הקבוצה ביצעה סיורים מקדימים ותצפיות כדי לבחור שעה מוצלחת לביצוע הפיגוע ביעילות מירבית.
המעורבים ראו עצמם כשליחים בעלי הרשאה הלכתית, אשר נמצאים מעל לחוק. העגלה ששימשה אותם הינה עגלה לנשיאת ציוד פינוי והצלה, אשר נגנבה מהישוב היהודי בחברון. הרכב אשר שימש את המפגעים היה רכב הביטחון של הישוב בת עין.
העצורים התבקשו לסייע לחבלן בפירוק המטען, לאחר שהוסבר להם שפירוק המטען מבלי שהוא מכיר אותו, מסכן את חייו. אחד המעורבים, שלמה דביר, סירב לסייע.
ממצאי החקירה, על-פי מה שנמסר, מצביעים על מעורבות ישירה של נועם פדרמן, מראשי הפעילים הימניים הקיצוניים, בפעילות.