המחלות האוטואימוניות תופסות מקום נכבד ברשימת המחלות חשוכות המרפא. מדובר בשורה של מחלות שונות זו מזו, שהמשותף להן הוא שהמערכת החיסונית תוקפת בטעות איברי גוף שונים.
במחלת סוכרת הנעורים למשל, פועלת מערכת החיסון נגד תאים בלבלב והורסת אותם, ואילו בטרשת נפוצה התגובה החיסונית פוגעת במעטפת המבודדת את סיבי העצב במוח. בדלקת מפרקים פועלת מערכת החיסון נגד הסחוס והעצם והמפרקים נהרסים בהדרגה.
המחלות האוטואימוניות הן מחלות כרוניות, דהיינו: הפגיעה באתרי היעד נמשכת עד שהם יוצאים מכלל פעולה. מחלות אוטואימוניות נוספות הן: זאבת (לופוס), פסוריאזיס, דלקת מפרקים שגרונית בילדים, מחלת קרוהן, אנקילוסינג ספונדיליטיס ועוד.