ב-5 בנובמבר 1941 הגיע המופתי אמין אלחוסייני לברלין אחרי שברח מעירק בעקבות כשלון ההפיכה שם שבה היה מעורב. כעבור כשלושה שבועות הוא נפגש עם אדולף היטלר. הפגישה התקיימה למרות הסתבכותה של גרמניה הנאצית במלחמה נגד רוסיה במסגרת מבצע ברברוסה. הנאצים מינו את המופתי לעמוד בראש התעמולה בשפה הערבית, העניקו לו קצבה חודשית המוערכת בעשרות אלפי דולר לחודש, העמידו לרשותו משרד בברלין "המשרד הערבי, משרד המופתי הגדול" (Das Arabische Buro Der Grossmufti) וכן עשרות עוזרים שקיבלו את משכורותיהם ישירות ממשרד החוץ של הרייך השלישי. מבין המקורבים לו במהלך שהייתו בברלין בלט חסן סלאמה, אביו של הטרוריסט הפלשתיני עלי סלאמה המכונה "הנסיך האדום" - ממבצעיו של טבח הספורטאים הישראלים באולימפיאדת מינכן בספטמבר 1972.
במסגרת תפקידו החדש, פיקד המופתי על תחנת השידור הנאצית "רדיו ברלין בשפה הערבית" ששידרה בערבית הסתה ותעמולה אנטישמית במשך שנות קיומה (1945 - 1939). תחנה זו הייתה פופלרית ונקלטה בכל מדינות המזרח התיכון. המופתי היה גם אחראי להפצת תעמולה כתובה לארצות ערב שנועדה לעורר מהומות נגד הבריטים והצרפתים. המופתי שהה בגרמניה עד מאי 1945 - תום מלחמת העולם השנייה - ובמשך כל תקופת שהותו שם הוא עסק בריגול, חבלה, פעילות טרור נגד הבריטים והיהודים וכן ובתעמולה אנטישמית.
במסגרת מאבקו לעצמאות ולשחרור לאומי כביכול, ניסה המופתי למנוע את הגעתם של יהודי אירופה לפלשתינה וכן למנוע את הקמתו של בית לאומי יהודי בארץ ישראל. כך אומנם טען בספר זכרונותיו. אלא שהאמת שונה לחלוטין. למעשה, פעל המופתי ללא הרף לגירושם ולהשמדתם של יהודי ארצות-ערב ויהודי ארץ-ישראל. מסמכים שהגיעו לידי לאחרונה מעידים על עומק איבתו ליהודים ועל ההסתה והתעמולה הפרועה שיזם נגדם. שאלות רבות נשאלות בהקשר זה, כמו עד כמה קרוב היה המופתי, רעיונית ומעשית, לגישה הנאצית של השמדה המונית של היהודים. שאלה נוספת שנשאלת היא מה היה קורה לעם היהודי באירופה וברחבי העולם, לו ניצחו הנאצים במלחמת העולם השנייה, רמזים או תשובות חלקיות ניתן ללמוד מן ההצהרות של המופתי כמו למשל קריאתו החוזרת ונשנית לבני עמו בשידורי הרדיו מברלין: הרגו את היהודים בכל מקום שתמצאו אותם, הדבר נושא חן בעיני אלוהים, ההיסטוריה והדת.
ב-2 בנובמבר 1943, ביום השנה להצהרת בלפור, ארגן המופתי בברלין עצרת מחאה שבה השתתפו רבבות מהגרים מוסלמיים שהתגוררו בגרמניה. בנאומו ציין המופתי את הדברים הבאים:
"לפני 26 שנה קיבלו היהודים את הצהרת בלפור על-מנת להקים בית יהודי לאומי. הבריטים בגדו בערבים ובאיסלאם למען היהודים. היהודי הוא יצור אגואיסטי. הוא חושב שהוא העם הנבחר וכל העמים האחרים אמורים לשרת אותו. היהודי הוא אויב האיסלאם. הוא שהרג את הנביא מוחמד".
המופתי הוסיף: "השר הבריטי היהודי ד'יזראלי (בנג'מין) קנה את תעלת סואץ, ובכך סלל לבריטים את הדרך לכבוש את מצרים. יהודי אלג'יר סייעו לצרפת לכבוש את אלג'יריה.
"...על הערבים ככלל ועל המוסלמים בפרט לגרש את היהודים מארצות ערב. זהו הפתרון הטוב ביותר. בפתרון זה עשה שימוש הנביא מוחמד לפני 1300 שנה.
"...חוזה ורסיי היה אסון לגרמניה ולערבים, אבל הגרמנים יודעים כיצד להיפטר מהיהודים, והסיבה שמביאה אותנו לקִרבה כזאת עם גרמניה וממקמת אותנו במחנה שלהם, היא שגרמניה מעולם לא גרמה נזק למוסלמים והיא נלחמת נגד האויב המשתף שלנו - היהודים. אולם מעל לכל הם פתרו סופית את הבעיה היהודית. הזמן פועל נגדם (נגד היהודים) גם כשבעלות הברית עוזרות להם (על-פי ספר זיכרונותיו, היה המופתי מודע לפתרון הסופי כבר בקיץ 1943)".
ב-19 במארס 1943 נאם המופתי במסגד האיסלאמי בברלין לרגל החג לציון הולדתו של הנביא מוחמד, ובו אמר בין השאר: "היהודים הצליחו בעזרת השפעתם לשלוט באנגלים ובאמריקנים. ההוכחה לכך היא ההצעה שעברה לאחרונה בקונגרס המאפשרת ליהודים להקים בית לאומי בפלשתינה.
"...היהודים ניצלו את המלחמה הקודמת כדי להתנחל בארץ הקודש. הסכנה היהודית אינה צפוייה רק לפלשתינה, אלא על כל מדינות ערב, משום שבעלות הברית מתכוונות לאכלס בתוך מדינות ערב את מיליוני היהודים שגורשו מאירופה. על הערבים להדוף בכל הכוח מזימה זו ולשים קץ לתוכניות אלה".
משרפות השמדה בעמק דותן מדברים אלה ניתן להסיק חד-משמעית שהמופתי היה מודע לפתרון הסופי ועל השמדת היהודים באירופה כבר בתחילת פעולות ההשמדה. מדיווחים אחרים גם עולה כי המופתי עצמו ביקר יחד עם היינריך הימלר במחנות ההשמדה בפולין. אולם הוא לא הסתפק בכך, והמשיך לתכנן את השמדתם של יהודי ארצות ערב ושל ארץ ישראל. בעודו מדבר בגלוי על גירושם של יהודי ארצות ערב, הוא פעל בחשאי ומאחורי הקלעים להקים מחנות השמדה שיקלטו את כל יהודי מדינות ערב וארץ ישראל וליישם את הפתרון הסופי במזרח התיכון.
מי שחשף עניין זה הוא החוקר, העיתונאי ומפקד המשטרה בזמן המנדט חביב כנען שכתב ספרים רבים בנושא התעמולה הנאצית. כנען, שאחרי פרישתו מן המשטרה עבד כעיתונאי בעיתון
הארץ, חקר את נושא הקמת מחנות ההשמדה. הוא חשף שהמופתי תכנן להקים משרפות ליהודים באזור עמק דותן. הוא ביסס את דבריו על עדותו של פאיז ביי אדריסי שהיה בכיר הקצינים הערביים במשטרת המנדט ומפקד נפת הכפרים במחוז ירושלים שסיפר:
"צמרמורת חולפת כיום בגופי כאשר אני נזכר במה סופר בחוגי המשטרה ובקרב תומכי המופתי באותם החודשים (כאשר גנרל-פילדמרשל ארווין רומל עמד להיכנס למצרים במסגרת המערכה של אל-עלמיין בקיץ 1942). חאג' אמין אלחוסייני עמד להיכנס לירושלים בראש עוזריו חיילי הלגיון הערבי שהקים במסגרת החיילים המוסלמיים בצבא הגרמני. תוכניתו הגדולה (של המופתי) הייתה להקים בעמק דותן, בקרבת שכם, משרפות ענקיות דוגמת אושוויץ, שאליהן עמדו להיות מובאים יהודים מארץ ישראל וכן יהודי עירק, מצרים, תימן, סוריה, הלבנון ואפילו מצפון אפריקה, כדי להשמידם בשיטות הס.ס. שהופעלו במחנות ההשמדה באירופה".
כנען מספר כי פגש בגרמניה במסגרת תחקירו דיפלומט זקן שלא הצטרף למפלגה הנאצית שאמר לו: "אינני יכול לומר בוודאות מה היה צפוי ליהודי ארץ-ישראל. אך ידעתי כי מר ואיום צריך היה להיות גורלם" אילו רומל היה מצליח לכבוש את המזרח התיכון. התחקיר של כנען פורסם במלואו בעיתון הארץ ב-2 במארס 1970. על מערכת אל-עלמין כתב כנען ספר בשם "מאתיים ימי חרדה - ארץ ישראל מול צבא רומל" (מול-ארט, 1974) שבו תיאר את הכנות הישוב למלחמה במקרה של פלישה נאצית לארץ ישראל דרך מצרים.
השמדת יהודי תל אביב לצורך איסוף מידע על-אודות תוכניתו של המופתי, נסע חביב כנען כאמור לגרמניה, שם נפגש עם גורמים שהיו מודעים לתוכניותיו של המופתי. למעשה, אחרי התבוסה במערכת אל-עלמיין בקיץ 1942 וגם בחזיתות האחרות, הבין המופתי שימיו של הרייך השלישי ספורים, ולכן הוא הכין תוכנית נוספת - כיבוש המזרח התיכון באמצעות הצבא הנאצי ובראש וראשונה השמדת רבע מיליון היהודים של תל אביב. השמדת היהודים עשויה הייתה להערכתו לעורר את ערבי פלשתינה למרוד באנגלים במדינות נוספות כגון במצרים ולגרום למלחמת קודש (ג'האד). "לוחמי הקודש" האלה ישחררו את שאר הארץ ואת המדינות שנמצאות בשליטת הקולוניאליזם הבריטי והצרפתי. לדברי כנען, במסגרת התוכנית השקיעו הגרמנים כספים רבים ואף הוקמו במדינות ערב בסיסים ורשתות ריגול. תוכנית זדונית זו, מספר כנען, נדונה עם בכירי אנשי הביטחון הגרמניים וראשי ה-.ס.ס. דוגמת היינריך הימלר, הרמן גרינג ואחרים, ואולם לא הועלתה בפני אדולף היטלר. העובדה שמרבית מדינות ערב היו פרו-בריטיות עוררו קשיים רבים ביישום התוכנית, מה גם שצבא הרייך השלישי החל להתמוטט בכל החזיתות.
המופתי והפליטים היהודיים ממדינות ערב תעשיית השנאה והאנטישמיות של המופתי ליבתה את היצרים וגרמה לפגיעה ביהודים במרבית מדינות ערב. אין זה מקרה שכמה חודשים אחרי כניעתה של גרמניה הנאצית, דווקא ב-2 בנובמבר 1945, ושוב לרגל ציון הצהרת בלפור, נשרפו בתי כנסת רבים במצרים ועשרות יהודים נהרגו ברחובות קהיר. ואין זה מקרה שבאותו יום הותקפו גם יהודי לוב. מאות מהם נהרגו ונפצעו, תשעה בתי כנסת חוללו והוצתו, מאות בתי מגורים, חנויות ובתי עסק של יהודים נשדדו, נבזזו, נשרפו, נהרסו וניזוקו. פגיעות אלה ביהודים של מצרים ולוב דווקא ביום השנה להצהרת בלפור הם ללא ספק תוצאה של ידו המכוונת של המופתי, והשפעתו על העולם הערבי ועל מקבלי ההחלטות שם. השפעה זו היא גם תולדה של התעמולה שהפיץ במשך שנים רבות, ושל דורות רבים שחינך המופתי וגידל, כדוגמת משפחת סלאמה, שהכשירו את הקרקע לפגיעה ביהודים של מצרים, עירק, סוריה, לבנון ומדינות נוספות.
בימים אלה מונחת על שולחנה של הממשלה, בתיאום עם האמריקנים, תוכנית לפיצוי יהודי-ערב שנטשו את ארצות מושבם בעקבות ההתנכלויות והרדיפות. חשוב שהפוליטיקאים בישראל ידעו לא רק את הרקע ההיסטורי שהביא לאסון שנגרם ליהודי ארצות-ערב. עליהם גם להדגיש את הקשר הישיר בין גורלם של יהודים אלה לבין מה שמכונה ה"נכבה" הפלשתינית.
