הפרופסור (לרפואה! ומי שהיה חבר כנסת, פרופ' אריה אלדד, כותב בהארץ על "פרשת רפי רותם": "יש חשש אמיתי כי המערכת עודנה רקובה, ורק קצה קרחון נחשף כשכמה בכירים ברשות המיסים הובאו לדין והורשעו. האשמותיו של רפי רותם קשות ומדאיגות הרבה יותר. רותם פירט קשרים ושיתוף פעולה לכאורה בין בכירים ברשות המיסים ובין עבריינים כבדים, מבריחים, טייקונים, כשכרוך בפרשה מוות מסתורי של אחד מהמודיעים שלו, שלדעתו נרצח בידי עבריינים לאחר שנחשף והוסגר לידיהם בידי מי מעובדי הרשות".
