יו"ר סיעת ש"ס, ח"כ יאיר פרץ נחקר (יום ה', 18.7.02) ביחידה לחקירות הונאה בבית ים, בחשד לקבלת תואר פיקטיבי מאוניברסיטת בא-אילן.
על-פי החשד, ניסה פרץ לרכוש את התואר - נוסף על זה שקיבל משלוחת אוניברסיטת ברלינגטון בישראל, גם כאן שלא כדין. בגין זאת נחקר פרץ לפני מס' חודשים. המשטרה המליצה להעמידו לדין.
הפעם, מדובר רק בניסיון לכאורה, שכן פרץ לא הצליח לקבל את התואר. החקירה העלתה, כי לא היה שיתוף פעולה בינו לבין גורמים מהאוניברסיטה.
במקביל לחשדות אלה, חוקרת המשטרה את ח"כ פרץ גם בפרשת הנפקת הנפקת אישורי כניסה לישראל. בפרשה זאת, אשר נחקרה בעבר, המליצה המשטרה להגיש כתבי אישום נגד 17 חשודים. לאחר סיום החקירה, הגיע לידי יחא"ה מידע, לפיו גם ח"כ פרץ היה מעורב בפרשה.
על-פי החשד, במהלך התקופה שכיהן בתפקיד יו"ר הוועדה לעובדים זרים בכנסת, קישר בין חברות כוח אדם לגורמים במשרד הפנים באופן לא חוקי. חקירתו בנושא זה נמשכה כשש שעות, למרות שהיה זה צום תשעה באב.