הרב הראשי לישראל, הרב יונה מצגר, עתר היום לבג"צ באמצעות עורכי דינו פרופ' דוד ליבאי ועו"ד אלעד רט. בעתירה, שהוגשה כנגד היועץ המשפטי לממשלה, מבקש הרב מבית המשפט העליון לקבוע כי הפרק "הלבר פלילי" בדוח שפרסם היועמ"ש כנגד הרב מצגר בטל מעיקרו, וזאת בשל העובדה שנשללו מהרב זכות השימוע וזכות הטיעון.
החקירה הפלילית נגד מצגר עסקה בשלוש פרשיות שונות. ביוני 2003 שהתה משפחת הרב במלון "פרימה המלכים". את התשלום בעבור חדרם של הרב ואשתו מימנה הרבנות הראשית, ואת התשלום עבור חדרם של שלושה מילדי הרב מימנה עמותת בית הכנסת "ישורון".
הפרשה השנייה היתה אירוחה של משפחת מצגר במלון "מצודת דוד" בארבעה חגים בין אוקטובר 2003 לאוקטובר 2004. בתקופה האמורה עמדה לרשות הרב דירת שרד בירושלים, במימון המדינה, ולפיכך נבחנה הן שאלת ה"מימון הכפול" והתעריפים המוזלים שקיבל בבית המלון.
הפרשה השלישית נגעה לשהייתו של מצגר במלון "רנסנס". בנובמבר 2003 חתם מצגר על חוזה שכירות על דירה בירושלים, כשתחולתו נקבעה רטרואקטיבית מאוגוסט 2003. המדינה מימנה הן את שכירת דירת השרד והן את שהייתו במלון "רנסנס" בירושלים באותה התקופה.
לפני כחודש, החליט מזוז לסגור את התיק כנגד מצגר מחוסר ראיות, ואולם, היועמ"ש לא הסתפק בכך ומתח ביקורת חריפה על מצגר בקובעו כי אין הוא ראוי להמשיך בתפקידו:
"המשך כהונתו של הרב מצגר בתפקידו כדיין וכרב ראשי לישראל, עלול לפגוע פגיעה קשה במעמדם של גופים אלה ובאמון הציבור בהם, ולפיכך אני סבור כי על הרב מצגר ליטול אחריות על מעשיו, ולהסיק מסקנות אישיות, וככל שלא ייעשה כן על שר המשפטים לשקול לנקוט בהליך לפי סע' 16א' לחוק הדיינים, התשט"ו-1955, ולהביא את עניינו בפני הוועדה למינוי דיינים כדי שתשקול את סיום כהונתו".
בעקבות פרסום הדוח קראו גורמים פוליטיים להתפטרותו של מצגר, אחד מהנחרצים שבהם היה הרב יצחק לוי מהמפד"ל שאמר: "הרבנות צריכה לסמל לעם את הערכים היהודיים של מוסר ויושר ציבורי, אסור שיוטל בה חשד לשחיתות". אחרים, בהם אלי ישי הביעו תמיכה במצגר: "חזקה על הרב המצגר, שפעולותיו הן לתכלית פארה של הרבנות" דברי ישי.
היום, משיב מצגר מלחמה שערה, בעתירתו טוען מצגר כי: "עצם פרסום הדוח גרם נזק לשמו הטוב, לכבודו ולתדמיתו הציבורית וזאת למרות שלא ניתן לו כל שימוע".
לטענת פרופ' ליבאי, פגיעה בשמו הטוב של אדם, תוך קביעה של היועץ המשפטי לממשלה שאותו אדם שנבחר לתפקידו איננו יכול להמשיך עוד בכהונתנו, ללא מתן זכות שימוע, מהווה דריסה של כללי הצדק הטבעי ופגיעה באחד מעקרונות היסוד של כללי המשפט המנהלי.