ראש ממשלת יפן, שינזו אייבה, הסכים (יום ב', 9.10.06) עם נשיא ארצות הברית, ג'ורג' בוש, לפעול באופן "מכריע" נגד צפון קוריאה במסגרת מועצת הביטחון של האומות המאוחדות, אשר תתכנס הערב בניו-יורק. סוכנות הידיעות AP מדווחת, כי שני המנהיגים, אשר שוחחו טלפונית, הסכימו כי הניסוי הגרעיני שהובילה ממשלת צפון קוריאה מהווה איום חמור על הביטחון הגלובלי.
שר החוץ של יפן כתב בהצהרה רשמית שפורסמה בשעות הצהריים, כי המנהיגים הדגישו את חשיבותו של שיתוף הפעולה בין המדינות. ראש ממשלת יפן שוחח עם הנשיא בוש לאחר שיחה ארוכה עם נשיא דרום קוריאה, רו מו-יון.
במהלך היום, שיגרה טוקיו שלושה מטוסים שטסו מעל הים היפני וחצי האי הקוריאני, במטרה לבדוק את רמת הקרינה באזור לאחר הניסוי של צפון קוריאה. לפי הצהרת משרד ההגנה ביפן, המטוסים טסו בגובה נמוך יחסית, ולקחו דוגמיות של האוויר לצורך בדיקה של רמת הקרינה. לפי הערכות, משרד ההגנה יורה על טיסות נוספות בהמשך השבוע.
מוקדם יותר, התייחסו גורמים בכירים בממשל היפני אל הניסוי שהובילה צפון קוריאה כ"אתגר רציני" לבטחון המדינה, והדגישו כי טוקיו לא תהסס להגיב בחומרה ובאופן מיידי נגד כל איום. "אם לוקחים בחשבון שצפון קוריאה כבר הוכיחה שהצליחה לשפר את הטילים הבליסטיים שלה, אשר מסוגלים לשאת בראשי נפץ בלתי קונוונציונאליים, הניסוי הזה מדאיג הרבה יותר", אמר יאסוקיזה שיאוזאקי, חבר בממשלה היפנית.
"הניסוי מהווה אתגר רציני לבטחון המדינה, ולא ניתן לסבול את זה", הוסיף שיאוזאקי ואמר כי מדינתו שוקלת לנקוט בצעדים באופן מיידי. הוא סירב לפרט על איזה צעדים הוא מתכוון. עוד הוסיף שיאוזאקי כי יפן תהדק את יחסיה עם ארצות הברית, ותגביר את רמת הכוננות שלה. לארצות הברית כ-50,000 חיילים הפרוסים ביפן, ובכוונתה לפרוס סוללות של טילי פטריות בבסיס צבאי בדרום יפן לקראת סוף השנה הנוכחית.
ראש ממשלת יפן שהה בסאול כשסוכנות הידיעות הרשמית של צפון קוריאה דיווחה לראשונה כי הממשלה המקומית ביצעה בהצלחה את הניסוי הגרעיני התת-קרקעי שלה. אייבה גינה את הניסוי באופן מיידי: "קוריאה צפונית בעלת יכולת גרעינית וטילים בליסטיים מהווה איום חמור", אמר במסיבת עיתונאים. במקביל, הקבינט ביפן נפגש על-מנת לדון בתגובות אפשריות לניסוי.
גורמים בכירים בממשל היפני אישרו כי יפן מתכוונת לפעול בשיתוף פעולה הדוק עם מדינות נוספות כדי לגבש תגובה לניסוי של צפון קוריאה. שר החוץ היפני, טארו אסו, אמר כי דרום קוריאה, ארצות הברית ויפן, צפויות להדק את יחסיהן.
שגריר ארצות הברית ביפן, תומאס שיפר, אמר כי ארצות הברית ויפן יבקשו ממועצת הביטחון לרכז את המהלכים נגד צפון קוריאה: "ללא ספק מדובר במצב חמור מאוד. אם צפון קוריאה ביצעה ניסוי גרעיני, מדובר בסוגיה מסוכנת מאוד", אמר.
