בהרכב של תשעה שופטים קבע בית המשפט העליון (יום א', 26.11.06), כי גדר ההפרדה באזור ביר נבאללה, שבצפון ירושלים, הוקמה בתוואי ראוי, ועל כן הקמת גדר ההפרדה הינה חוקית ופוגעת רק פגיעה מידתית בחיי התושבים.
בהחלטה המנומקת שנכתבה בידי הנשיא (בדימ.) אהרן ברק, הוחלט פה אחד לדחות את תביעותיהם של תושבי ביר נבאללה, שעתרו על הפגיעה באדמותיהם ובמרקם חייהם, כמו גם את תביעותיהם של תושבי גבעת זאב שביקשו להרחיק את תוואי הגדר מיישובם ומכביש 436.
במסגרת התוכנית להקמתה של גדר ההפרדה, הוחלט על הקמת גדר שתעטוף את אזור ירושלים ותמנע חדירת מחבלים אליה. ביצוע הגדר נחלק לשני שלבים: השלב הראשון, שהושלם בשנת 2003, חוצץ בין אזור צפון ירושלים וגבעת זאב לאזור רמאללה, ובשלב השני, בקטע הדרומי, חוצץ הקטע בין ירושלים לבית לחם. מדרום לגדר הצפונית נוצר מרחב ביר נבאללה בו 5 כפרים פלשתינים, שחלק גדול מתושביהם מחזיקים בתעודות זהות ישראליות. בהחלטה שהתקבלה בסוף שנת 2003 החליטה הממשלה על השלב השני בהקמתה של גדר הביטחון, לפיה לא יכללו הכפרים שבמרחב ביר נבאללה בצידה "הישראלי" של הגדר. משיקולים ביטחוניים הוחלט להקיף את כפרי מרחב ביר נבאללה בגדר, ולחברם באמצעות כבישים שיסללו לצידה "הפלשתיני" של הגדר.
הגדר המקיפה את מרחב ביר נבאללה חוסמת מספר כבישים ודרכים המחברים את תושבי המקום עם מרחב ירושלים ממזרח, מרחב רמאללה מצפון, ומרחב בידו-בית סוריק ממערב. תושבי ביר נבאללה שיבקשו להגיע לאזור א-ראם, כמו גם ישראלים תושבי ביר נבאללה שיבקשו להיכנס לירושלים, ייאלצו מעתה להיכנס דרך מעבר קלנדיה. החקלאים שאדמתם תישאר מחוץ לגדר, יוכלו לעבור אליה בשעות מוגדרות דרך שערים מיוחדים. כדי להקל על תושבי האזור הוחלט על בנייתם של שלושה כבישי מרקם, ולצורך הקמתם נתפסות קרקעות בגודל של מאות דונמים מתושבי הכפרים במרחב ביר נבאללה.
העותרים מחו על המצב של "עם שולט ועם נשלט"
העותרים בעתירות הכפרים במרחב ביר נבאללה דרשו לבטל את תוואי גדר הביטחון, שלטענתם הקמתה נוגדת הן את המשפט הבינלאומי והן את אמות המידה שנקבעו בפסיקת בית המשפט בפרשת בית סוריק ובפרשת אלפי מנשה. לטענתם גדר הפרדה, הנבנית בתוך שטח כבוש, מנוגדת למשפט הבינלאומי ולדיני זכויות האדם. כמו כן טענו העותרים כי השיקולים שעומדים בבסיס בקמת הגדר אינם ביטחוניים, כי אם מדיניים, ומטרתם לספח לתחום ירושלים את גבעת זאב ואת הישובים הישראלים הסמוכים לה.
לטענתם הפגיעה בזכויותיהם ובמרקם חייהם איננה מידתית, וכי תוואי הגדר יוצר "טבעת חנק" סביב הכפרים. בניית הגדר פוגעת, לדבריהם, בחופש העיסוק שלהם, על-ידי חסימת הגישה לאדמות החקלאיות, ומשטר השערים החקלאיים איננו מספיק. בנוסף, טענו הכפרים כי הגדר פוגעת בחופש התנועה ובזכויות הקניין של בעלי הנכסים, כמו גם בגישה לבתי ספר ולבתי חולים. לדברי העותרים הכבישים המתוכננים לא ירפאו את "המחנק" בהם הם חיים, והקמתם תיצור מציאות משפילה של "עם שולט ועם נשלט". לתיק זה אוחדה גם תביעתם של תושבי גבעת זאב, שטענו כי כביש 436 המוביל אליה, חשוף לירי ולפיגועים, ולכן יש להרחיק את תוואי הגדר.
בית המשפט: ההחלטה הינה מידתית
בית המשפט השתמש בהלכה שקבע בפרשת בית סוריק ובאלפי מנשה, לפיה על-פי דיני התפיסה הלוחמתית, מוסמך המפקד הצבאי להורות, משיקולים צבאיים, על הקמת גדר ביטחון, ולתפוס לשם כך חזקה במקרקעין אשר בבעלות פרטית. בית המשפט קבע כי על המפקד לשקול שלושה שיקולים: השיקול הראשון הוא השיקול הצבאי-ביטחוני, לפיו רשאי המפקד לשקול שיקולים שעניינם ההגנה על בטחון המדינה. השיקול השני בודק את טובתם של בני האוכלוסיה הערבית. בשיקול השלישי על המפקד לדאוג להגנה על חייהם וביטחונם של הישראלים. שיקולים אלו ייעשו תוך איזון בין האינטרסים המתנגדים ותוך שקילת מבחני המידתיות החוקתיים.
לאחר שבחן את כל הטענות, החליט כאמור בג"צ, כי תוואי הגדר לא נקבע משיקולים מדינתיים, וכי ביסוד ההחלטה על תוואי הגדר עמדו שיקולים ביטחוניים, תוך שיקולים שעניינם צמצום הפגיעה במרקם חייהם של תושבי הכפרים. בנוסף, את ההחלטה על תוואי הגדר הגדיר בית המשפט כשיקולים ביטחוניים שבמומחיות הצבא, ולכן בחר שלא להתערב בהם. בכך דחה בית המשפט את בקשת העותרים להעדיף את הצעת המועצה לשלום וביטחון, שביקש לשנות את התוואי שנקבע.
בית המשפט החליט כי המשיבים עשו מאמץ רב לתכנן את תוואי הגדר באופן שיצמצם את הפגיעה בתושבים, ועל כן פגיעה זו הינה מידתית. מסקנה זו מבוססת על ההנחה כי ההסדרים שנקבעו, בהם כבישי מרקם החיים וההסדרים שבמחסום קלנדיה, יפעלו כראוי. לדברי בית המשפט, הפגיעה בתושבים הישראלים שיאלצו לעבור דרך מחסום קלנדיה הינה מידתית, שכן זכויותיהם אינן מוחלטות וניתנות להגבלה.לגבי הפגיעה בקרקעות ציין בית המשפט כי עבורן משולמים דמי שימוש ראויים. משטר השערים החקלאיים בהם יעברו התושבים לצורך עיבוד אדמתם לא נבחן ע"י בית המשפט, שכן העותרים לא ביקשו לעשות זאת. בכך נותרה השאלה האם המעבר דרך השערים הינו מידתי בצריך עיון, תוך שבית המשפט מותיר פתח לתושבים לעתור על הסדרים אלו, במידה ולא יספקו אותם.
בעתירתם של תושבי גבעת זאב קיבל בית המשפט את עמדתו של המפקד הצבאי, לפיה תוואי הגדר מספק הגנה סבירה לתושבי היישוב ולכביש 436 המוביל אליו. בית המשפט בחר לסרב להצעתם של התושבים להרחיק את הגדר, שתנגוס בכפר אל-ג'יב ותפגע פגיעה נוספת בחיי תושביו.