"רק החיילים שלנו עוצרים רשעים. צריך להתפלל עליהם. נמצאים בתוך גוב של אריות, מסכנים את עצמם. הם מוסרים נפשם בכפם". כך אמר (מוצ"ש, 1.3.08) מנהיגה הרוחני של שס בהתייחסו למצב הביטחון בדרום. בשיעורו השבועי בבית כנס "היזדים" בירושלים, אמר הרב עובדיה יוסף כי אלמלא החיילים, תלמידי הישיבות לא היו יכולים להמשיך ללמוד.
"השם ישמור אותם וינצור אותם, השם יצליח את החיילים שלנו", אמר הרב יוסף, שקרא לקהל לומר "מי שבירך" לחיילי צה"ל לא רק בשבתות, כנהוג, אלא גם בימים שני וחמישי, שבהם קוראים בתורה. בנוסף, בירך הרב עובדיה יוסף תפילה להחלמת הפצועים.
בהתייחסו להמשך ישיבת שס בקואליציה, גיבה הרב את ההחלטה. "יש שלא מאמינים שהשרים שלנו שומעים לי, כאילו גונבים את דעתי. כל השרים שלנו - כולם נאמנים, כולם ישרים, כולם צדיקים, כולם אהובים. אני מודה לקדוש ברוך הוא ששלח לי כאלה שלוחים...שום דבר הם לא עושים אלא על דעתי". לדבריו, כל החלטה מתקבלת על ידו, לאחר התייעצויות עם גנרלים,כלשונו.