משרד החוץ הגיב הלילה (ג', 15.9.09) לדוח של הוועדה לחקירת עזה שפורסם היום ואמרה כי היא "מזועזעת ומאוכזבת" מן הדוח. "הדוח מתעלם לחלוטין מזכותה של ישראל להגנה עצמית, טוען טענות חסרות-בסיס על כוונתה וקורא תיגר על ערכיה הדמוקרטיים של ישראל ועל חוקיה", לשון תגובת משרד החוץ. עוד נאמר כי הדוח מתעלם, ובכך מעודד את פעילותו של החמאס ההופך אזורים מאוכלסים באזרחים לשדות קרב.

המשרד מתח ביקורת חריפה על הוועדה והאשים אותה בניסיון לפתוח במסע תעמולה פוליטי נגד ישראל. "הדוח אינו טורח להסתיר את מטרתו לעורר תעמולה פוליטית נגד ישראל, והמלצותיו מכוונת לערב את מועצת הביטחון, את מועצת האו"ם הכללית, את בין הדין הבינלאומי, את המועצה לזכויות האזרח, ואת כל הקהילה הבינלאומית בתעמולה הזו".

המלצותיו של הדוח הינן חד-צדדיות בדיוק כמו הממצאים", כתב משרד החוץ והוסיף כי המילה "טרוריסט" כמעט שאינה מוזכרת בדוח. על גלעד שליט נאמר כי "נחטף בזמן פלישה של האויב", ועל בכירי החמאס נאמר כי נציגים של ועדת החקירה של האו"ם "נפגשו עם הרשויות בעזה".

משרד החוץ הדגיש כי הוועדה הייתה ביקורתית ביותר גם ביחסה לאמצעי החקירה הפנימיים של ישראל. באשר להמלצותיה של הוועדה, אמר משרד החוץ כי הינן "חד-צדדיות בדיוק כמו ממצאיה", כאשר הניסיון הוא לערב את הגופים השונים של האו"ם ולארגן מסע תעמולה נגד ישראל.

לסיכום, אמר משרד החוץ, כי מבחנו האמיתי של הדוח יתגלה בעתיד כאשר תחול עלייה או ירידה באופן שבו מכבד האו"ם את החוק הבינלאומי. "לצערנו, דוח חד-צדדי שכזה, הטוען כי הוא מייצג את החוק הבינלאומי, יכול רק להחליש את מקומו של החוק בסכסוכים עתידיים".