בשל התפרעות ערבים בהר הבית סגרה המשטרה את ההר לכניסת יהודים. קבוצה של תיירים לא יהודים עלתה להר הבית וקבוצה של כמאה וחמישים ערבים החלה ליידות לעברם אבנים.

בתגובה ליידוי האבנים ירו השוטרים על הר הבית רימוני הלם לעבר מיידי האבנים והצליחו לגרום להם להפסיק להתפרע.

מן המקום פונו לקבלת טיפול רפואי שני שוטרים שנפצעו מיידוי האבנים ושני מתפרעים. מייד לאחר מכן פתחו מפקדי המשטרה בהידברות עם המנהיגים המוסלמיים במקום. הפרות הסדר התרחבו לעיר העתיקה, ובסך-הכל נפצעו תשעה שוטרים באורח קל. שישה מהם פונו לבית החולים ושלושה קיבלו טיפול רפואי בשטח. נפצעו 17 מוסלמים בהם 15 מידויי אבנים ושניים מפגיעת גז מדמיע. המשטרה עצרה רק חמישה חשודים במעורבות במהומות.

כמאה יהודים שתכננו לעלות להר הבית בערב יום הכיפורים הפקידו בשעה 07:30 את תעודות הזהות שלהם בכניסה להר, על-פי הנהלים, כאשר שמעו יריות. "שמענו כמה בומים חזקים מההר וראינו המום שוטרים עולים למעלה. אמרו לנו שהתחילו התפרעויות של ערבים", אמר יעקב, אחד המתפללים, ל-News1.

לדבריו, קבוצה של תיירים לא יהודים הספיקה לעלות אל ההר בבוקר עוד לפני שהחלו ההתפרעויות.

גורמי ימין דתיים, התומכים בעלייה להר הבית, הביעו זעם על כך שהמשטרה סגרה בפני יהודים את מתחם הר הבית בשל ההתפרעויות.

ח"כ מיכאל בן ארי (האיחוד הלאומי) ציין כי "המשטרה חייבת להפנים שתפקידה המרכזי הוא טיפול בפורעים הערבים ולא הגבלת המתפללים היהודים".

במהלך הלילה פקדו עשרות אלפי מתפללים את רחבת הכותל המערבי בירושלים לקראת יום הכיפורים. המתפללים קראו את הסליחות וערכו את טקס התרת הנדרים.

בתוך כך הוטל בחצות סגר כללי על שטחי יהודה ושומרון. הסגר, שהוטל לרגל יום הכיפורים, יוסר מחר בחצות בהתאם להערכת מצב. במהלך יום הכיפורים יורשה מעבר פלשתינים לישראל במקרים הומניטאריים, רפואיים וחריגים, כל זאת בכפוף לאישור המנהל האזרחי.