הרב הראשי לישראל, הראשון לציון שלמה עמאר אומר כי עניין שחרור מחבלים תמורת פדיון שבויים הוא שאלה של שילוב מקצועי בין הדרג הביטחוני לרבנים. בערב עיון (יום ג', 10.11.09) במלאת 15 שנים לפטירת הרב הראשי שלמה גורן שנערך בבית כנסת הגדול בירושלים, אמר הרב עמאר כי כדי לפסוק הלכה בנושא "יש לברר מה הסכנה ומה המקרה, ומבלי לברר את המציאות ולחקור עמוק, אי-אפשר לפסוק".
לעומתו, אמר רבה של חיפה, אליהו מנחם שאר ישוב הכהן, כי בעיית פדיון השבויים אינה בעיה של תלמידי חכמים, אלא של השב"כ, המוסד והממשלה. הרב הכהן, שהיה שבוי בידי לגיון הערבי הירדני, הוסיף כי "זו אחריותם של ראשי המדינה והצבא", אמר, "אין ספק ששחרור מחבלים זו שאלה ביטחונית ומדינית הנמצאת באחריות של ראשי המדינה והצבא". לעומת זאת, אמר הפותח, הרב מיכה הלוי, כי העקרון של הרב גורן היה, שבכל נושא שבעולם, כולל הנושא הנדון, יש לשמוע דעת תורה.
אלוף (מיל.) יעקב עמידרור אמר שבנושא זה אכן חייבים להחליט אנשי המקצוע. לדבריו, אין זה נכון שמדינת ישראל תשחרר מחבלים תמורת חייליה ואזרחיה, אך צריך לזכור שעל המדינה מוטלת האחריות להביא לשחרורם בפעולה צבאית בכל מחיר, גם אם יש בזה סיכון של הרג חיילים. הוא סייג את דבריו, ואמר כי המקרה של משפחת שליט יוצא-דופן מאחר ששם "איבדה מדינת ישראל את הזכות המוסרית שהייתה בידיה להמשיך במלחמה נגד ארגוני הטרור, ועל כן עליה להמשיך במשא-ומתן מול החוטפים, ואין לה הזכות לבקש ממשפחת שליט להמשיך ולסבול". לדברי עמידרור, מדינת ישראל צריכה להחליף את צורת ההתנהגות שלה בנושא פדיון השבויים, ולהצטרף לארה"ב שאיננה מנהלת משא-ומתן עם חוטפים. "אם מישהו באנשי ההלכה חושב שיש מציאות ברורה במקרה של שליט, הוא טועה. המציאות היא לא פשוטה", דבריו.
עמידרור מנה ארבעה נימוקים נגד עיסקת חליפין:
- שחרור מחבלים-רוצחים יחזק את המוניטין והפופולריות של חמאס ברחוב הערבי;
- השחרור ימריץ את חמאס, ואולי גם גורמים ערביים אחרים, לחטוף עוד חיילים, כדי להשיג שחרור של מאות ואלפי מחבלים נוספים;
- כוח ההרתעה יאבד במידה רבה. מחבל שייתפס יידע, כי גם אם ייגזר דינו למאסר ממושך, יש להניח שישוחרר בעסקת חליפין לאחר זמן מה;
- המחבלים-הרוצחים שישוחררו הם אנשי מקצוע בתחום החבלה והפיגועים, ויחזקו את כוחו ויכולתו של חמאס.
עמידרור לא הזכיר נימוק בסיסי נגד שחרור מחבלים – הצורך והחובה לקיים פסקי דין של בתי הדין. עם זאת אמר עמידרור, כי התנגדותו אינה חלה על המקרה הספיציפי של גלעד שליט. עמידרור אמר עוד, כי שחרור מחבלים אינו דומה לחילופי שבויים, הנערכים בסיומה של מלחמה. עמידרור: "לאחר מלחמה מחליפים שני הצדדים שבויים כדי לפתוח דף חדש. אנחנו באמצע מלחמה נגד חמאס, ולא בסיומה".
ראש ישיבת אור עציון, הרב חיים דרוקמן, הגדיר את העניין "מסובך ורגיש". לדבריו, יש סיכונים גדולים מאוד בשחרור מחבלים, כי הניסיון מלמד שהם חוזרים לסורם, והשחרור עלול לעודד חטיפות נוספות. "על מדינת ישראל לחפש את כל הדרכים ובמיוחד הדרך הצבאית כדי שלא נזדקק לשחרור מחבלים". הרב דרוקמן הוסיף כי "25 שנה יושב יהודי שאפשר לשחרר אותו ללא שחרור מחבלים, ואיננו עושים מספיק כדי לשחרר אותו. אני קורא לראשי המדינה לעשות הכל על-מנת לשחרר את יונתן פולארד".
בכינוס, המתקיים שבועות אחדים לפני פרסום הקוד האתי לעסקות שבויים שגיבשה ועדת שמגר החדשה, התכנסו פוסקי הלכה, והזכירו כי הרב גורן ביקר בזמנו בחריפות את עסקת ג'יבריל, במסגרת תשובה הלכתית ששלח לראש הממשלה דאז, יצחק רבין.
